這種民族取消政策雖然一時能夠平息少數民族地區的動亂，達到穩定時局的效果。但長期裏勢必留下難以彌合的後遺症，並從反麵刺激這些受害民族的民族情緒，給分裂主義提供成長的土壤。
肅反擴大化的後遺症，在近幾年的民族動亂中有明顯的反映。波羅的海三國不斷升級的獨立浪潮，就源於它們對1941年幾萬同胞被流放到中亞的紀念活動。由於人口大批流放到中亞地區，引起了本地居民與外來居民人口比例的急劇變化，民族習慣、宗教信仰一時失調，異族之間的衝突由此產生。現在費爾幹納地區麥斯赫特土爾其人與烏茲別克人的流血衝突，也是當年肅反擴大化的直接產物。
經濟發展不平衡，民族地區相對落後
蘇聯經濟體製是單一的計劃經濟，中央政府指揮全國經濟運行。它依據經濟專業化分工理論，將工業製造業集中於俄羅斯聯邦，原料產地則分布在其他民族地區。這樣長期分工的後果沒有給民族地區帶來實際的利益和經濟發展，而隻是給這些地區帶來資源的流失和工業汙染。這些民族地區多為資源豐富的原料產地。這裏的居民生活與俄羅斯相比，明顯要落後一些。這是經濟發展不平衡性在蘇聯國內的表現。這種表現卻使得民族不發達地區的不滿情緒增長。
經濟的停滯與落後，也是一些加盟共和國要求獨立的直接原因。波羅的海三國原是北歐發達的資本主義國家。加入蘇聯以前與瑞典、芬蘭等國處於同等發達水平。而加入蘇聯後的四十多年裏，其經濟發展緩慢，居民生活下降。這三國認為，直接原因在於聯盟中央將他們大部分利潤上繳中央財政，用於其他加盟共和國的發展。這樣的“大出血”，勢必限製了三國自身的發展後勁。因此波羅的海三國最先打出獨立的旗幟，要求擺脫全蘇中央計劃經濟，重新回到資本主義市場經濟中去。這種經濟發展不平衡性在國家之間的表現說明，要證明哪種製度優越，要保持國家的統一，最根本的還是經濟的發展與人民生活水平的提高。
對民族分裂主義喪失警惕，對西方和平演變缺乏抵製
戈爾巴喬夫上台以來，大力鼓吹民主化、公開性，要求以全球價值觀代替社會主義價值觀。他的改革發展到取消黨的領導，修改憲法，改變國名與國家性質。他的政治改革造就了一大批反共反社會主義的政治反對派。許多民族分裂主義組織就是在支持改革的名義下，成為政治反對派的。它們也是在戈氏的支持下，成長起來而奪取共產黨領導權的。
波羅的海三國並入蘇聯後，一直存有離心傾向。這三國的政治反對派“人民陣線”、“爭取改革運動”等組織正是打著支持改革的幌子，利用民主化與公開性推行民族分裂主義。這些組織首先與共產黨展開議會鬥爭，1990年初奪取了議席多數，掌握共和國最高權力。然後利用人民公決投票的方式，宣布獨立。由於蘇共中央放棄了黨的執政地位，對民族分裂主義喪失警惕，一些主張分裂主義的政治反對派敢於向蘇聯共產黨挑戰，甚至提出分裂聯盟的主張。這一切的後果，可能是戈爾巴喬夫始料不及的。
在蘇聯民族危機中，西方的和平演變起了一定的催化劑作用。蘇聯在國際舞台上為了謀求與美國的合作關係，在處理一係列重大問題上，如國內人權問題、民族問題，總要與西方討價還價，進行妥協。對於美國幹涉其內政之舉不敢給予積極的抵製。波羅的海三國宣布獨立之時，戈爾巴喬夫曾打算派兵平息事態。布什總統立即聲明反對。布什致函戈爾巴喬夫，公開支持波羅的海人民“爭取自決的願望”。1990年3月，立陶宛宣布獨立後，美國參議院通過決議，要求布什政府考慮與立陶宛建交。1991年3月，美國國會通過決議，聲稱隻承認1933年時的蘇聯邊界。這實質上是公開煽動蘇聯國內的一些民族主義者起來鬧事。正是因為有了國際上的某些支持和鼓動，蘇聯的民族分裂勢力憑借外部的壓力，有恃無恐，越鬧越歡。此外，西方還利用各種反蘇僑民中心進入蘇聯境內，鼓動民族主義；還開設烏克蘭、白俄羅斯、波羅的海三國諸神語言的電台節目，煽動這些民族的反蘇反共情緒。這種政治戰、攻心戰在蘇聯民族危機中起到一定的效果，加快了蘇聯內部分裂因素的增長。
由以上所述可以看出，民族因素在蘇共垮台、蘇聯解體中起了不可忽視的作用。同樣，東歐各多民族國家由於在很多問題上仿效蘇聯民族政策時也有不少失誤，給國內少數民族造成了傷害。在東歐變革中，民族矛盾也不同程度地加劇了東歐社會主義國家的時局驟變。