2.必須以刑罰為主，優先適用刑罰。如非法轉讓、倒賣土地使用權價額達到法定的價額標準時，決定移送公安機關追究刑事責任，應同時決定中止行政處罰程序，因為刑罰比行政處罰更為嚴厲，具有更為明顯的不可替代性而且刑事偵查程序要求迅速，所以犯罪行為一經發現就要移送司法機關，而過早拆除或者沒收，必然會對刑事審判帶來不利影響。刑罰優先原則，也是實踐中通常的做法。
3.某些土地違法犯罪行為可單獨采取行政處罰。土地管理部門受理立案後，通常進行事實調查並實地測量，在確定違法性質後進行地價評估，若違法情節輕微，經法院認定可免予刑事處罰的，可交由土地管理部門予以行政處罰。土地管理部門可根據案件的不同情況，予以訓誡或者責令具結悔過，賠禮道歉，賠償損失或者由主管部門予以行政處罰或行政處分。
4.在同一權益或同一對象物上，同時實行刑罰與行政處罰時，刑罰應優先於行政處罰。首先，土地違法犯罪行為在罰金和罰款上的銜接上，在處以罰金之後不再由行政機關處以罰款，因為通過犯罪人財產上的損失已達到製裁的目的其次，不能以罰款代替罰金。但是同時，如果行政機關已經作出罰款，法院並不能否認它的效力，如前所述，非法轉讓、倒賣土地使用權的罰金一般在其價額5%以上20%以下課處，而罰款則在非法所得50%以下課處，因此，可能罰款的實際金額比可能被課處的罰金更高，在這種情況下，罰金就可以不再執行，當然，一般不能在這種情形下，隻單處罰金。但如果實際科處的罰款數額不高，與犯罪行為的嚴重程度不相適應，是可以另行處以罰金，而已受罰款處罰必須成為罰金裁量的一個考慮因素。
5.刑罰處罰與行政處罰的對象有些不同。行政處罰的當事人，按照《土地管理法》第四十七條的規定，應為非法買賣土地使用權的雙方，刑罰處罰的對象是非法轉讓、倒賣土地使用權的犯罪責任人一方（雙方共同實施犯罪的除外）。刑罰一般可以對單位犯罪采取雙罰製，包括該單位和單位的直接負責的主管人員和其他責任人員而行政處罰隻能對違法的單位適用，不能對直接負責的主管人員或者其他直接責任人員予以處罰，除非課以行政處分時。
6.在某種情況下，不能適用行政處罰的方式。未全部支付土地出讓金，取得土地使用權證書而非法轉讓、倒賣出讓土地使用權的，按照《城市房地產管理法》第六十五條的規定，隻能處以沒收違法所得，可並處罰款。不能適用拆除、沒收地上建築物的處罰措施。
（三）民事責任與行政責任的競合
同一土地違法行為構成不同性質的民事、行政責任，在實踐中是經常發生的。對於應承擔民事責任的一些行為，如對土地所有權和使用權的侵權行為，對土地的破壞性使用的侵權行為、對土地承包經營權的侵權行為，對土地所有人或使用人相鄰權的侵權行為等，在通常情況下可以隻承擔民事責任，但行為所造成的後果非常嚴重，不隻侵犯了個人權益同時也對公共利益造成了破壞，如果隻用民法來調整，不足以恢複受損的公共利益與個人權益，在這種情況下，除了以民法來調整以外，還應介人行政部門的力量，並且在同一權益或同一對象物上，同時實行行政罰款與民事賠償時，民事賠償應優於行政罰款。
在土地行政執法過程中可能同時發現行為人的民事或行政違法性，在民事審判中也經常發現行為人的行為構成民事違法或行政違法。然而在我們的民事審判和行政執法實踐中還沒有製定嚴格而有效的相互移送製度和慣例，在執法中往往各自為政，相互間缺乏配合和協調。比如在民事審判中，經常可以發現行為人的行政違法行為，如對於未經有批準權的人民政府審批同意並辦理出讓手續擅自轉讓劃撥土地使用權的，按照《房地產管理法》第六十六條規定，“由縣級以上人民政府土地管理部門責令繳納土地使用權出讓金，沒收違法所得，可以並處罰款。”應該說，這種非法轉讓劃撥土地使用權的行政違法性是非常明顯的，其相應的行政責任也十分清楚。然而近些年來，人民法院所審理的大量因非法轉讓劃撥土地使用權而產生的民事糾紛案件，判決結果一般隻是簡單的認定轉讓行為無效，由非法轉讓方返還收取的轉讓費並賠償一定的損失，而很少有以《司法建議》的形式向行政主管部門提出建議，以追究違法轉讓人應當承擔的行政責任，使得違法行為人在承受了微不足道的民事責任後仍能獲得髙額暴利。