武德九年，也就是公元六二六年，是李淵的三個兒子之間爭奪政權的鬥爭最後總爆發的一年。在這前後，李建成和李元吉因為受到李淵的袒護，從地方上私募驍勇士卒數千人，遠遠超過了秦王府中的所謂“八百勇士”，這使太子集團的力量大增，明顯超過秦王集團的勢力。
由於剪除秦王府武將方麵的計策連遭失敗，李建成、李元吉與部下謀士們經過認真地分析研究，又準備對付秦王府的文官了。
李建成說道：“在統一天下的戰爭中，秦王所以能戰必勝，是因為在他身邊有一個智囊集團，在為他運籌帷幄、出謀劃策。如今，這些人仍然在為秦王獻計獻策，極盡挑撥之能事。我們必須想辦法打掉這個智囊班子，徹底孤立秦王。”
李元吉點頭說：“此話有理，秦王府裏的這群狗頭軍師，正是秦王力量的源泉。謀略的寶庫，除掉這個智囊團，像剜了秦王的心髒一樣哩！”
李建成說：“我認為，秦王府智囊團的核心人物，主要是房玄齡和杜如晦，若能將這兩個人清除出秦王府，那個智囊團也就不足懼了。”
李元吉讚同地說：“我多次隨秦王出征，知道房玄齡、杜如晦確實是謀略過人，秦王許多決策來自於這兩個人。不過，父皇特別信任他們，尤其是房玄齡，父皇多次說他能幹，有本領，是個人才。”
李建成笑道：“四弟，你怎麼糊塗了，現在天下安定，沒有仗打，房玄齡再有能耐，也沒有用武之地了，再說，父皇還是維護我們的，隻要是能夠壓製秦王發展勢力，穩定我這太子地位的辦法，父皇都會全力支持。”
李元吉又說：“那也得有個理由，才能將他們清除出去。”
李建成走到李元吉身邊，在他耳邊輕輕說了幾句話，李元吉欣喜萬分地說：“大哥變得越來越高明了！”
兄弟二人立即進宮，向李淵奏道：“秦王府的房玄齡、杜如晦二人，利用文學館講壇，公開抨擊朝政，煽動人們仿效曆史上的謀反人物，居心叵測啊！”
李淵自稱帝之後，最怕部下有人謀反，一聽此話，急忙問道：“他們怎麼說的？”
李建成造謠說：“他們公開讚揚秦朝末年的陳涉，說他有大誌，即使在躬耕隴畝時，也胸懷鴻鵠之誌，這不是明目張膽地鼓吹造反嗎？”
李淵一聽，生氣地問道：“他們敢這麼大膽地吹捧造反的陳涉，世民能答應嗎？”
李元吉忙說：“啟稟父皇！秦王不但不製止，甚至也公開頌揚過陳涉，又說項羽是一個大英雄！其實，秦王自己早就想謀反了，他在洛陽時——”
李淵聽到這裏，急忙打斷他的話，說道：“這話你已說過多遍，說他謀反，又無證據，你們是同胞兄弟，怎麼能不顧手足之情，相互猜疑，成什麼體統！”
李建成忙又告狀道：“父皇！秦王收養那麼多的人才，不就是另有想法嗎？讓房玄齡、杜如晦這樣居心不良的人在秦王身邊時間久了，整日散布謀反的言論，不是助長秦王非分之想嗎？”
李淵說道：“你們說得也對，俗話說：近朱者赤，近墨者黑。秦王府裏的有些人，是該將他們清除出去。不過，房玄齡為人正直而能幹，是一個人才，難道他如今也變壞了？”
李建成和李元吉聽到這裏，知道父皇已經讚成了他們的意見，便接二連三地編造事例，誣陷房玄齡和杜如晦，挑撥太子和秦王的關係，故意地製造他們兄弟不和。
李元吉更是有鼻子有眼地證實說：“早在攻打洛陽時，房玄齡和杜如晦就多次吹捧秦王，有意貶低太子，甚至說太子的唯一長處，就是年長。”
李淵一直在設法維護太子的地位，製止李世民的奪嫡行動，聽到這些言論，更加助長了袒護李建成的思想。
李淵很快接受了他們的建議，下旨將房玄齡、杜如晦一起逐出秦王府，責令他們各自回家，並規定以後不準再私自去見秦王。這一事件如一顆炮彈在秦王府炸開了！
房玄齡、杜如晦向李世民告辭說：“臣等無能，既得罪了太子、齊王，也終不為朝廷所容，實在是辜負了秦王的教誨……”
說到這裏，兩人禁不住淚水滾滾而出，哽咽得連話也說不出來了。
李世民流著淚水說：“是我不好，才使你們二位遭遇池魚之殃，蒙受不白之冤，唉——”
房玄齡、杜如晦起身要走，被李世民上前拉住說：“你們急什麼，快坐下來，我們一起商量一下對策。”
杜如晦立即說道：“太子與齊王一直在向秦王府展開強大攻勢，他們借皇上的權威，想一舉壓倒秦王，秦王也總不能一直采取守勢，不能不抵抗呀！”
他的話音剛落，程知節、秦瓊、尉遲敬德等人來了，李世民忙招呼他們坐下，程知節大聲說道：“老天爺也來湊熱鬧，天氣這麼早就熱流滾滾，真是形勢逼人！”
尉遲敬德也大聲說道：“程總管外放，房、杜二學士又被逐，如此下去，秦王的手臂都被剪除，秦王還能安然嗎？”
李世民隻好應聲說：“剛才我和房、杜學士正在這裏議論此事，諸位將軍可以直言不諱。”
秦王府的參軍事薛元敬說道：“日前聽說太子派人到楚中，招納了三十個亡命之徒，領進府中去了。”
蔡允恭也說道：“據臣所知，河州刺史盧士良奉太子之命，送壯漢四十人到東宮，這是本月初的事情。昨天夜裏，又有四十餘人，說是關外人，揚言是去東宮報到。請秦王想一想，太子不掌禁兵，又不習武征遠、護衛宮廷，招納這些亡命的武士何用？”
秦王聽後，正要回話，步軍總管鄭仁泰說道：“今早臣家的門仆薑元在炒麵店裏，看見七八個大漢在店裏吃麵，一邊吃，一邊大聲說話。內中有個人說：‘太子待人真是熱情大方，一出手就一百兩，那白花花的銀子也喜人！’其餘的人也都誇讚太子如何厚道、實在。他們正說得高興時，又有兩人進店，見麵就說：‘我們到處找你們，未想到你們來這裏吃麵了！太子已經回宮了，等著向你們訓話呢！’於是，他們便一窩蜂地走了。臣家的薑元認得後來的那兩個人，他們是太子府的雜役，一個叫王慶玉，另一個叫餘尚全。”
主簿薛收道：“看樣子，東宮和齊王府忙著招納武士，擴大力量，同時又借著皇上的權威，不斷地削弱我們秦王府的力量，這一增一減，真是司馬昭之心-路人皆知了。”
門房的隨從又時來報告：“秦王！皇上派人來問：房、杜二學士離開秦王府沒有？若再不走，就派禁卒來拘捕了！”
聽了這話，在座的所有人都納悶了：“這是怎麼回事，房、杜二學士犯了什麼罪了？”
程知節性格剛烈，說道：“依我說，你們就是不要走！難道真的要應驗當時的什麼‘飛鳥盡，良弓藏；敵國滅，謀臣亡；狡兔死，走狗烹’嗎？”
房玄齡、杜如晦走到秦王麵前，淚流滿麵地告辭，李世民也同樣流著淚說道：“你們，你們暫時回家去比一比風頭，有朝一日，我定會恭請二位回來！”