為了徹底解決圖們江江源的問題，光緒十三年（1887年），中朝雙方第二次進行勘界。中國除仍派遣德玉、秦瑛之外，以補用知縣方朗代替賈元桂，作為勘界代表；朝鮮代表仍是李重夏。這次勘界，中朝雙方對圖們江的源流重新做了勘查。由於茂山以東圖們江水流清晰可辨，為兩國天然界限，在第一次勘界時已有定論，而雙方所爭執的是圖們江究竟應以茂山以西的哪一條水流為源頭，因此從三月下旬直到五月初旬，雙方代表“於茂山城起，督同測量委員溯江而上，隨處測量，遍勘水道，務將茂山以西二百八十餘裏知之未明者，逐細考量，確尋江源”。（注：《清季中日韓關係史料》，見楊昭全、孫玉梅編：《中朝邊界沿革及界務交涉史料彙編》，長春：吉林文史出版社1994年版，第1050頁。）經過測量，除再一次明確了第一次勘界時已經勘明的西豆水、紅丹水及紅土山水的源流之外，又發現另一條河流石乙水，在紅土山水之南。如前所述，紅丹水應是圖們江正源，但因朝方糾纏不清，中方於是決定“姑讓數十裏，循石乙水為界，以稍厭其心”。（注：徐曦著：《東三省紀略》，上海：商務印書館民國四年（1915年）版，第22頁。）這是中國在邊界問題上所做出的讓步，而朝鮮勘界代表李重夏雖然不得不承認“圖們、豆滿乃是一水”，（注：《清季中日韓關係史料》，見楊昭全、孫玉梅編：《中朝邊界沿革及界務交涉史料彙編》，長春：吉林文史出版社1994年版，第1055頁。）但又“改而爭紅土山之一小水，以為圖們之源，其無據之說，至此已三變矣”。（注：吳祿貞撰：《延吉邊務報告》，收於徐世昌撰：《東三省政略》（邊務·延吉附件），李毓澍主編：《中國邊疆叢書》第1輯，台北：文海出版社1965年版，總666頁。）在圖們江江源中，南源為西豆水，正源為紅丹水，北源為石乙水，而紅土山水又是石乙水的源頭。為達成邊界協議，在第一次勘界時，中國就未提出以南源西豆水劃界，在第二次勘界時，又主動將正源紅丹水讓給朝鮮，雙方爭議之點是在石乙水與紅土山水之間，應以何者作為雙方共同認定的圖們江江源。按照國際以江河劃界的慣例，應以水源流長、水量充沛者作為界河，而“以石乙、紅土兩水分流處相較，石乙水寬約三丈有餘，紅土水僅寬二丈，石乙水源亦較長於紅土水源”。（注：方朗撰：《吉朝分界案》，見楊昭全、孫玉梅編：《中朝邊界沿革及界務交涉史料彙編》，長春：吉林文史出版社1994年版，第1100—1101頁。）因此，中朝以石乙水為界是非常合理的，但朝鮮對這一中國已經讓步的界限還是毫不退讓，堅持必以紅土山水為界，企圖將紅土山水以南的中國領土劃歸朝鮮，中國對此已經無法再事退讓，雙方就此問題沒有達成協議，石乙水與紅土山水之爭成為中朝邊界遺留問題。（注：吳祿貞在《延吉邊務報告》中，曾經就中朝第二次勘界時中國提議以石乙水為界闡明自己的觀點，並對秦瑛、方朗等人的勘界稟文多有評論：“此次勘界固為專尋水源，而於水源則仍不明，故其結果於何源分界，亦終未能確定。原稟有曰，茂山以西之江流原勘隻有西豆、紅丹、紅土三水，合此次尋出之石乙一水，共有四流，雖較原勘加詳，而所謂四流，則實未確。考圖們江源實隻西豆、紅丹、石乙三水，紅土、石乙本為一流二源（紅土山水發源於北，石乙水發源於南，二水會流而合於紅丹水，其會流以下則通稱石乙），今雲四流，似於石乙、紅土二水源流仍有誤會，否則即不應舍紅丹正流不論，而專爭紅土、石乙同流之二水源也。至紅丹水實為圖們正源，與碑文西鴨綠、東土門相對之意適合，此前次所已會勘明確者。又查欽定會典圖說載明，大圖們江出長白山東麓，二水合東流；小圖們江出其北，二小水合東南流來會。今以紅丹水考之，實出長白山東麓，大小紅丹二水合而東流，故應為圖們江之正源；自其北來會者，即為紅土、石乙合而東南流之二小水也。則紅丹水為大圖們江，紅土、石乙合流來會為小圖們江，尚何疑義？且紅土山水源西距白山約百裏，石乙水源亦距數十裏，皆不得謂為出白山東麓。惟紅丹水源實出分水嶺之三汲泡，方與東麓之語相合。當時舍紅丹而爭石乙，雖為調停而以求速了之計，然山川難移，豈可誣也。我國交涉每每務求寬大，以致外人得步進步，皆坐此弊。彼使明知其然，而仍堅執紅土山水，雖雲受彼政府密意，亦見君子可欺，遂生得隴望蜀之心也。”收於徐世昌撰：《東三省政略》（邊務·延吉附件），李毓澍主編：《中國邊疆叢書》第1輯，台北：文海出版社1965年版，總691—692頁。吳祿貞對清政府在界務問題上對朝鮮一讓再讓之做法頗有微詞，但即便如此，朝鮮仍得寸進尺，中朝邊界之爭沒有得到徹底解決，終於留下隱患。）
至此，在朝鮮被日本控製之前，中朝兩次關於界務問題之談判宣告結束。縱觀這一時期的中朝邊界糾紛，可以分為三個時期。從光緒九年（1883年）朝鮮鍾城府使照會開始，朝鮮創圖們江與豆滿江是兩江之說，先是指海蘭河為圖們江，“繼又謂流入鬆花江上源之黃花鬆溝子兩岸有土如門，複堅執既移之碑、封禁之堆為國界確證，屢變其詞，自相矛盾”，吳祿貞將這段時期稱為“圖們江源流辯論紛紜之時期”。到光緒十一年（1885年）中朝第一次勘界時，經過實地勘查圖們江之源流，朝鮮“知前事之誤，雖猶支吾強辯，實已自任其非，故於圖們天限不複更有異說”，吳祿貞認為這是“圖們江流勘定之時期”。兩年以後，中朝雙方再次對圖們江之源頭進行勘查，澄清了圖們江到底應以哪一源頭為正源的問題。中國雖然已經舍棄真正的正源紅丹水，建議以石乙水為界，但朝鮮又堅持以紅土山水為界，以致此問題仍懸而未決。但盡管如此，這是“圖們江源勘明之時期”，雙方的爭議僅在於是以石乙水還是以紅土山水劃界的問題。（注：吳祿貞撰：《延吉邊務報告》，收於徐世昌撰：《東三省政略》（邊務·延吉附件），李毓澍主編：《中國邊疆叢書》第1輯，台北：文海出版社1965年版，總696—697頁。）清政府在與朝鮮所進行的兩次邊界談判中，對朝鮮所編造的種種邊界謬論進行了辯駁，表明在邊界問題上應當明確，但由於當時李氏王朝是清帝國的屬國，因此清政府對李朝圖謀中國領土的野心多少有些放鬆警惕，所謂“中國之於藩封，原無不在複幬之內，然我疆我理，亦不容稍有越畔”，就是當時清政府這一矛盾心理的真實寫照。（注：《清季中日韓關係史料》，見楊昭全、孫玉梅編：《中朝邊界沿革及界務交涉史料彙編》，長春：吉林文史出版社1994年版，第1044頁。）還有，清政府在兩次勘界時所派出的代表都是職位不高的官員，多少也表現出其對此事之漫不經心。另外，為了表示上國的寬懷大度，清政府對朝鮮的無理要求多有讓步之處。李氏王朝也注意到這一點，因此在邊界問題上反複糾纏，並且有時故做乞恩之狀，以期換得清廷更大的讓步。當中朝雙方在石乙水與紅土山水的問題上爭執不下的時候，李氏王朝就曾如此請求：“紅土山水、石乙水之間，即不過數十裏空山荒寒之地，竊謂普天之下，莫非王土，豈其為此區區尺寸之土，使敝邦不能保守其封履也？”（注：琿春副都統衙門檔案，見楊昭全、孫玉梅編：《中朝邊界沿革及界務交涉史料彙編》，長春：吉林文史出版社1994年版，第1231頁。）此話說得頗為巧妙，既強調紅土山水以南的圖們江上源之處是李朝之國土，又很能夠滿足清廷以上國自居的虛榮心理，中朝邊界之遺留問題與清廷的這種虛榮心理不無關係，從而埋下極大的隱患。日本在控製朝鮮之後，利用中朝邊界的遺留問題大做文章，並蓄意擴大事態，企圖將圖們江以北的大片中國領土劃入已被其所控製的朝鮮範圍之內，導致中國延吉地區禍患重重，幾不可保。
（二）清政府對越墾朝民之管理
如前所述，從同治年間開始，朝民越墾問題即已出現，之後，其越墾現象越來越普遍。在中朝邊界糾紛發生之前，就朝民越墾的問題，中朝雙方的態度已經如前所述。在兩國邊界糾紛發生之後，清政府一方麵與朝鮮進行談判，另一方麵鑒於越墾朝民越來越多的客觀現實問題必須解決，於是在光緒十一年（1885年）“設越墾局，劃圖們江北沿岸長約七百裏、寬約四十五裏為越墾專區”，（注：《清史稿》第526卷，見楊昭全、孫玉梅編：《中朝邊界沿革及界務交涉史料彙編》，長春：吉林文史出版社1994年版，第84頁。）用以安置朝鮮墾民。光緒十三年（1887年），吉林將軍希元認為，雖然朝鮮“堅請以紅土山水立界，齟齬難合，然未便以勘界之故，遂置越墾為緩圖。現在朝鮮茂山府對岸迤東之光霽峪、六道溝、十八崴子等地方，韓民越墾約有數千，地約數萬晌，此處既有圖們江天然界限，自可無庸再勘，該國遷延至今，斷難將流民刷回”，因此建議令越墾朝民“領照納租，歸我版籍，先行派員清丈，編甲升科，以期邊民相安”。（注：長順修，李桂林纂，吉林師範學院古籍研究所整理：《吉林通誌》上冊，長春：吉林文史出版社1986年版，第537頁。）光緒十六年（1890年），總理衙門認為：“吉林、朝鮮界務，前經兩次會勘所未能即定者，特茂山以上直接三汲泡二百餘裏之圖們江發源處耳。至茂山以下，圖們江巨流乃天然界限，江南岸為該國鹹鏡道屬之茂山、會寧、鍾城、慶源、慶興六府地方，江北岸為吉林之敦化縣及琿春地方，該國勘界使亦無異說。韓民越墾多年，廬墓相望，一旦盡令刷還，數千人失業無依，不特情實可矜，急切亦無辦法。若聽其以異籍之民，日久占住，主客不分，殊非久計。”於是也奏請將朝鮮墾民編入戶籍，其所墾之地清丈升科。從這一年開始，到光緒二十年（1894年）止，越墾局共“收撫墾民四千三百零八戶，男女丁口二萬零八百九十九人，統編一百二十四甲，較定四百一十五牌，丈報熟地一萬五千四百餘晌，歲征大租銀二千七百七十九兩有奇”。（注：吳祿貞撰：《延吉邊務報告》，收於徐世昌撰：《東三省政略》（邊務·延吉附件），李毓澍主編：《中國邊疆叢書》第1輯，台北：文海出版社1965年版，總589頁。）光緒二十年（1894年），清政府又對朝鮮墾民建立堡社製度，共“建設四堡三十九社，一律入籍，永泯客主之嫌”。（注：台北故宮博物院故宮文獻編輯委員會編輯：《宮中檔光緒朝奏折》第8輯，台北故宮博物院1974年印行，第725頁。）具體情況是：“鎮遠堡建於黑頂子，分設八社，與韓之慶興府對峙；寧遠堡建於光霽峪，（注：今吉林省龍井縣光開。）分設十三社，與韓之鍾城府對峙；安遠堡建於章母得基，（注：今吉林省龍井縣南坪。）分設七社，與韓之茂山府斜對。計四堡三十九社。”（注：吳祿貞撰：《延吉邊務報告》，收於徐世昌撰：《東三省政略》（邊務·延吉附件），李毓澍主編：《中國邊疆叢書》第1輯，台北：文海出版社1965年版，總589頁。有一堡吳祿貞未列其名。據孫運來、沙允中主編：《吉林省邊疆民族地區穩定和發展的主要問題與對策》，北京：中央民族大學出版社1994年版，第52頁：另一堡為杉鬆背綏遠堡，與韓之會寧府對峙。）清政府對朝鮮墾民的管理，是在朝鮮無意招回墾民的情況下進行的，而且是在茂山以下圖們江北岸的中國固有領土上實施的，這一段邊界中朝雙方已經沒有爭議。因此，清政府所采取的管理朝鮮墾民的措施是完全合理的，並且也是十分必要的，因為當時“朝鮮流民越寓琿春已十有餘年，戶過數千，丁逾二萬”，在這種情況下，如果不采取任何措施，勢必會“釀成釁端，貽患將來”。（注：台北故宮博物院故宮文獻編輯委員會編輯：《宮中檔光緒朝奏折》第8輯，台北故宮博物院1974年印行，第725頁。）事實果然如此，當日本控製朝鮮之後，為達到分割中國領土之目的，竟然指“茂山以下有圖們江天然界限之處，而亦謂屬清屬韓為未經確定之疆土”。（注：吳祿貞撰：《延吉邊務報告》，收於徐世昌撰：《東三省政略》（邊務·延吉附件），李毓澍主編：《中國邊疆叢書》第1輯，台北：文海出版社1965年版，總643頁。）由此觀之，盡管清政府當時對越墾朝民的管理有很多不盡完善之處，但如果沒有采取任何措施以管理茂山以下圖們江北岸的朝鮮墾民，後果將更加不可設想。