（二）建設規模偏小
科技企業孵化器總體規模的大小一方麵表明了各地對科技型初創企業的扶持力度，另一方麵表明了區域創新創業氛圍。我市科技企業孵化器在區域發展和建設水平上都極不平衡，總體規模偏小，還未能滿足創業孵化需求。根據省科技廳對全省109家科技企業孵化器的統計，截止到2007年底，全省孵化場地麵積達到489萬平方米，在孵企業數8252家；平均每個孵化器的孵化麵積為4.49萬平方米，平均在孵企業數為76家。而我市平均每家孵化器的孵化麵積為兩萬平方米，僅為省平均的44.54%；平均在孵企業數為27.3家，僅為省平均的35.53%。由此可見，我市的孵化器總體規模還比較小，承載能力相對較弱，大批初創企業還被擋在孵化器的政策覆蓋與服務輻射之外。例如，南通軟件園是我市孵化器麵積相對較大的專業孵化器之一，總麵積也隻有13000平方米，目前園區積聚軟件企業40家，而申請入園孵化的創業企業非常踴躍，目前還有15家企業申請入園孵化。
（三）服務能力不強
我市各級孵化器建設目前尚處在注重硬件投入的階段，在服務上以提供場地設施、物業管理、日常行政服務等常規服務為主，而在孵企業所急需的政策法律支持、財務與融資服務、技術及人才服務、經營管理支持等增值服務方麵做得不夠。據統計，僅58%的企業獲得了科技政策谘詢服務，51%的企業獲得了信息谘詢服務，41%的企業獲得了市場營銷支持服務，8%的企業獲得了人員培訓服務，其主要原因是缺乏專業的孵化管理服務人才。調查表明，全市孵化器服務人員84人，其中專職人員26人。除市創業中心外，其餘孵化器專職服務人員僅1-3人。市創業中心的10名服務人員，除承擔創業中心的服務工作外，還承擔著南通高新技術風險投資基金的相關日常運作任務和南通科技創業社區的基建與招商任務。人員不足使得各孵化器隻能提供配套設施管理、工商注冊代辦手續和日常行政服務等基本服務，甚至有些孵化器至今還僅停留在物業管理服務階段。孵化服務人員沒有定期培訓，專業知識缺乏，管理水平不高，難以開展融資、市場開拓、管理谘詢等深層次的增值服務。
（四）孵化效益不高
參照國家級高新技術創業服務中心管理辦法，我市各類各級科技企業孵化器都製定了入孵條件、畢業標準和企業淘汰機製。但大多數孵化器在運行過程中不能按既定的運行機製嚴格執行，出現了部分非高新技術領域的企業入駐，部分技術創新能力弱、市場前景差的企業入駐，部分超出入孵標準甚至是已有數千萬銷售收入的成熟企業入駐，影響了孵化資源的配置效率，混淆了孵化器與產業園的功能，降低了孵化產出效益。
（五）孵化器自身不具備盈利能力
目前我市的孵化器的盈利大多是靠場地租金和物業管理的收入，而沒有更多的其他服務的收入。如果這種現象長期得不到改善，孵化器隻能依靠政府的撥款和補貼，而不能實現盈利和自我滾動發展，這將不利於孵化器行業的發展，缺乏市場競爭力。
四、南通科技企業孵化器企業發展存在問題的原因分析
上述問題的存在，究其原因是多方麵的。比如企業孵化器在運行機製上、經營管理上、投資主體和盈利模式等各方麵帶有更多的行政和事業化的色彩，缺乏企業化和市場化運作；重視硬件建設，忽視軟件服務，尤其是孵化服務；投融資體製不夠健全，風險投資發展滯後；孵化器管理人員行政化，缺少專業經營管理隊伍等等。這些阻礙了孵化器的進一步發展。
（一）孵化器投資主體單一，資金嚴重不足
孵化器的初建階段，大部分資金由政府給予支持。根據企業孵化器的性質，它是對高新技術成果進行商品轉化、培育高新技術企業的社會公益型服務機構，不以盈利為目的，其投資主體主要為政府。南通市現已建成孵化器9家，其中六家屬於政府國有企業或事業單位。而地方政府的財力很難保證企業孵化器的資金需求，正是由於投資強度的不足，導致了一些企業孵化器不得不分散其孵化企業的精力去創收以彌補資金上的短缺。主要表現在提供初長期企業所需要的輔導、融資等增值服務的能力不強，服務方式方法單調，從而致使孵化器“產出”的畢業企業數量不多，質量不高。
（二）孵化器存在的機製不合理，政府色彩過於濃厚
我市的企業孵化器大多是由政府投資組建的，對孵化器的建設過於考慮地方政府的政績，而且使孵化器具有政府部門的某些功能；另一方麵，大部分的孵化器是由政府直接參與經營的，使孵化器的經營不習慣使用經濟手段，而依賴於行政手段。這些孵化器在政府無償投入的支持下，享受了很多優惠政策，使培育的企業風險降到了最低，企業經營者缺乏必要的磨煉和嚴格的培訓。在這樣的溫室中成長起來的中小企業往往非常脆弱，在真正的市場競爭中很容易夭折。
（三）孵化器內缺乏既競爭又合作的文化
孵化器內各企業之間缺乏既競爭又合作的文化。人們喜歡單幹，寧當雞頭，不為牛後，都要做老大。雖然成立了“孵化器協會”，但作用有限。辦孵化器的宗旨就是提供服務，把創新要素整合來，使孵化器中的企業互相交流、合作。所以關鍵問題是孵化器要營造一種有利於創新的文化，並形成一種能促使他們有交流和合作願望的動力。
（四）經營管理與市場行為失調
政府建立的孵化器具有促進科技成果產業化，推進科學技術的發展，培育新型科技產業，引導地方產業結構調整，服務地方整體經濟發展的社會功能。同時，企業孵化器是通過孵化具有獨立市場競爭力的企業來實現其上述社會功能的，這就要求孵化器必須按照市場規律和模式來運行，以企業的管理方法，才能孵化出真正具有市場競爭力的企業。
企業孵化器的運營管理普遍存在著行政行為與市場行為不協調的現象。主要表現在：孵化器沒有建立完善的創業企業引入機製和畢業機製，限製了社會其他資源的參與，而政府有限的投入遠不能滿足孵化器的運轉需要，導致孵化能力和孵化水平的降低；企業孵化器的許多管理人員來自於政府機關，普遍缺乏經營管理能力，缺乏激勵機製，不能充分調動員工的主動性和積極性，從而降低了服務質量。在這種經營管理狀況下，很難培育出具有市場競爭力的企業。
（五）孵化器自身服務功能不足限製其自身的發展
孵化器在傳統的經營模式下，雖然在興建之初投入了大量的資金，建設了較完備的硬件設施，但對創業企業急需的管理、谘詢和投資等增值服務卻提供不多，這不僅限製了創業企業的發展，也不利於孵化器取得較高的收入回報。
孵化經營中的重要一環，就是有效整合社會資源，並將其植入孵化企業中。目前，具備足夠實力而又願意為中小科技企業提供便捷服務的機構較少，客觀上阻礙了這種結合，而孵化經營管理者在促成服務機構與在孵企業合作上，尚缺乏細致的工作也是造成這一不足的因素之一。
企業孵化器為創業者創業提供所需要的資源、管理和服務支持，幫助和促進創業企業成長，最終目的是使其能夠在市場上生存和發展。因此企業孵化器也必須麵向市場，以市場為導向，利用市場機製配置創業企業所需要的資源，進行市場化運作，在市場中求生存，隨孵化企業的發展而發展。
此外，孵化器本身招商條件與手段不強，有些地方片麵追求孵化器產出規模，部分民營孵化器追求自身盈利，缺乏孵化器畢業企業落戶扶持政策等這些問題也阻礙了孵化器的進一步發展，因此，必須認真研究對策，采取有效措施，促進我國孵化器科技創新機製建設。
五、對策建議
由於存在諸如上述的因素阻礙了近期南通科技孵化器的發展，因此要為在孵企業提供籌融資的資金服務平台、提供信息交流服務平台、提供中介服務平台、提供創新技術服務平台等四個服務平台。要建立孵化器績效評估體係，對孵化器在培育科技型初創企業上作出的貢獻進行考核和激勵。要建立風險分擔、受益共享的激勵機製。通過完善孵化器自身激勵機製，推進效率提升。為了孵化器自身健康發展，要加強孵化服務人才的引進和培育。