從創新角度來看，孵化器首先要營造良好的創新環境，包括體製、機製、管理、文化等方麵。提供信息交流環境，努力創造環境和條件提高企業家的“三商”，即“智商”、“情商”和“膽商”。膽商指的是勇於創新，不怕失敗，屢敗屢戰的精神。
（一）為在孵企業提供籌融資的資金服務平台
為在孵企業提供孵化資金（種子資金）、風險投資、金融信貸、融資擔保、產權交易、企業上市等籌融資的資金服務平台。孵化器的發展離不開資金的支撐。我市孵化器的發展普遍麵臨企業融資渠道不暢、服務水平較低等問題，應盡快建立以風險投資為主的多元化、多層次、全方位的投融資體製，完善孵化器的投融資環境。改革投融資體製，發展風險投資。
首先，改革國家投資體製。要轉換國家投資方式，加強以間接手段為主的宏觀調控，確立一批政企分開、資產管理與經營職能分開的國家投資主體。
第二，建立多元化的科技投入體係。要利用科技項目經費對重點項目進行支持和引導，鼓勵在孵企業加大科技投入，使企業成為科技投入的主體。要通過拓寬資金渠道、發展資本構成多元化的創業公司，規範創業投資企業產權製度，建立健全創業投資的市場準入機製。鼓勵銀行支持信用好、效益好的高新技術企業，逐步建立起以政府為導向、企業為主體、銀行為後盾的科技投入體係。
第三，完善銀行信貸政策。以扶持中小型高科技企業為重點，加快國有商業銀行的改製步伐，製定適應各類中小企業的信貸管理辦法，改善國有銀行的經營方式。加快組建各類信用擔保機構，為中小高新技術企業獲取貸款提供信用擔保。
第四，建立孵化基金體係。要探索建立包括創業種子基金、中小企業擔保基金、科技風險基金、科技保險基金、創新基金等在內的孵化基金體係。同時，要啟動孵化器建設重大科技專項計劃；要不斷增加各類基金的數額，並完善基金管理體製，提高運作水平，為中小型高新技術企業提供有效支持。
第五，發展風險投資。政府要為風險投資的發展創造良好環境，利用產權交易市場，探索建立適合孵化器的風險投資退出機製。尤其要發展多元化的風險投資，以風險投資公司和金融機構為主體成立風險投資協會，籌集社會閑置資金，為中小企業科技成果轉化提供雄厚的資金支持。
優化孵化企業引進培育政策機製，抓住蘇通大橋建成通車的機遇，進一步製定並完善孵化器科技招商政策，吸引國內外高新技術項目和優秀科技人才入駐孵化器。進一步完善投融資政策，建成多元化的科技企業投融資機製，為在孵企業創新創業提供良好的資金服務。製定孵化企業畢業落戶政策，完善畢業企業產業化政策，確保我市孵化器畢業企業在本地落戶並產業化。
（二）為在孵企業提供信息交流服務平台
為在孵企業提供國內外最新科技和產業信息、人力資源和市場信息、國家政策和法規信息、科技成果和專利信息等的信息服務平台。
孵化器是為高技術小企業提供綜合性服務的科技服務機構，它依托國家和地方政策法規，通過提供包括場地、資金開發條件、信息人才交流中心指導性管理在內的綜合服務為持有高技術成果的創業者創造局部優化環境，減輕企業初創階段的風險，達到扶持高技術企業的發展，培養現代企業家，促進科技成果轉化的目的。
要利用現代網絡技術，加快孵化器數字化和信息化建設，從而構建服務於高新技術企業發展的發達完善的信息交流平台。這樣不僅有利於高科技企業技術跟蹤科技發展動態，及時把握技術創新動向；而且有利於重組孵化器管理的業務流程，簡化商業運營程序，提高社會資源利用率，降低創新過程中的開發成本和交易成本。
（三）為在孵企業提供中介服務平台
為在孵企業提供財務管理、資產評估、投資谘詢、企業診斷、財務審計、法律谘詢、管理谘詢、稅務谘詢、專利代理、會展服務、人員培訓等的中介服務平台。
要加強孵化器在創新網絡中的溝通與聯結作用，要在各創新主體間穿針引線、鋪路搭橋，避免各創新主體基於自己的利益各自為戰，造成的技術資源浪費，以降低交易成本和創業風險，實現協同創新；要強化谘詢服務作用，要利用孵化器特有的資源，動員各方麵的專家，運用各類專門的科學知識和方法，以調查、預測、評價等手段，通過係統的分析研究，為孵化器各技術創新主體的合作提供服務；要提升孵化器在創新中的組織功能，要充分發揮引導和整合各創新主體創新資源的作用，使孵化器成為政府、高校和企業之間相互作用的“黏合劑”。
（四）為在孵企業提供創新技術服務平台
為在孵企業提供符合行業特點的集專業化技術實驗、測試、研發、試製功能的技術服務平台。
孵化器具有選擇技術創新項目的權利。孵化器在起步時依據當地的產業政策選擇科技成果孵化，當進駐到孵化器的企業完成科技成果轉化為產品時，還可以利用科技企業人員的優勢繼續開發新的產品，或通過聯營、合資等形式選擇新的技術創新項目，這樣孵化器就能利用自身的優惠條件進行高技術產品的開發。
孵化器創新平台是開放的係統，加強係統間的區域與國際合作，促進創新資源和創新成果快速流動，是區域創新活動的行為主體參與區域和國際競爭與合作的有效途徑，也是構建孵化器科研合作平台的主要目的。
為此，要提高我市孵化器的創新能力，必須加強科研合作平台建設，當前首先要加強南通市內孵化器之間的科研合作。其次，要廣泛開展對外科技交流與合作。要主動走出去，積極參加國內國際學術活動，學習前沿技術，把握孵化器發展的最新動態。第三，要利用科研合作平台加強自主創新。孵化器的技術創新應將自主開發與引進國外先進技術相結合，在模仿創新的基礎上實現自主創新，從根本上解決技術引進與消化吸收脫節的問題。
（五）完善孵化器自身激勵機製，推進效率提升
建立孵化器績效評估體係，對孵化器在培育科技型初創企業上作出的貢獻進行考核和激勵。建立風險分擔、受益共享的激勵機製。孵化器應建立創新獎勵基金，對在技術創新、科技成果商品化和產業化過程中創造巨大經濟效益或社會效益的人才實行重獎。要製定技術、管理等生產要素參與分配的規定，鼓勵專業技術人才以技術和管理入股共同創辦企業，將員工利益與企業發展緊緊聯係在一起。該機製不僅賦予專業技術人才充分的自主權和發展空間，而且為發揮他們的創新潛能提供了製度保障。
（六）加強孵化服務人才的引進和培育
首先，要大力引進和培養優秀的服務人才，堅持以人為本，建設一支具有創新精神、服務理念、學習型、職業化的創業服務隊伍。要進一步改革人事製度，製定吸引國內外技術專家、企業家等參與科研、生產和創業的優惠政策，形成開放、流動、競爭、協作的用人機製，為優秀人才脫穎而出創造機會和環境。鼓勵優秀服務人才參股孵化器和孵化企業，吸引更多的專業人才從事孵化服務行業，提高孵化服務人員對孵化企業的服務質量和責任感。
其次，加強培養培訓，建立孵化器經營管理隊伍。孵化服務具有很強的專業性，它要求孵化器經營管理人員既要具有寬廣的知識麵，又要具有科技背景；既要掌握經營、管理、投資、法律等知識，又要具備一定的國際交流能力。因此，要對現有人員加強培養培訓。通過邀請各類專家為孵化器管理人員舉辦培訓班，選送部分人員到高等學校、培訓機構甚至國外孵化器學習鍛煉，以了解科技發展趨勢，學習經濟、金融、法律等相關知識，掌握經營管理技能，提高綜合素質。
第三，要穩定已有人才。一是要以事業留人，要加快孵化器發展，推進孵化器產業化，使之成為一項大有發展前途的事業，為孵化器經營管理人員搭建發揮作用的舞台。二是要以待遇留人。要建立新型的分配製度，提高孵化器高級管理人員的收入水平；要突破傳統的分配方式，實行工作人員報酬與服務質量數量掛鉤，允許孵化器管理人員在孵化企業參資入股、根據工作能力和服務效果確定工資待遇等，逐步實現高素質人才收入市場化，一般人才收入本地化，不斷增強孵化器配置人才資源的能力。