陳乃芳卸任後，兩度被教育部聘為教育部直屬高校巡視員，一次是2007年3月至2010年2月，一次是2010年4月至2013年3月。她首批巡視了山東大學、對外經濟貿易大學、東南大學、華南理工大學、複旦大學、蘭州大學、北京林業大學七所高校。盡管中途丈夫生病住院，耽誤了兩個多月的巡視工作，但她嚴謹認真的辦事作風卻還是一以貫之的。陳乃芳不求老有所為，但求老有所用。作為一名多年堅守在教育一線的教師，巡視員的工作至少能讓她發揮一些餘熱；作為一位曾經的大學校長，她覺得這是一次難能可貴的學習機會。
沒錯，陳乃芳性格溫和，可工作起來卻會一絲不苟到不留情麵的地步。每到一所高校，她和其他巡視員都要廣納群言、細致考察。我們問陳乃芳，對幾年的高校巡視有何心得體會。她直言不諱地說：“總體來說，我們的高等教育在突飛猛進地發展，取得了很大成績，值得慶賀，但問題也比較嚴重。比如，一些高校的黨政領導工作起來還沒有做到‘無縫融合’，存在領導稱‘老大’‘老二’，計較‘出鏡’和‘台前露麵’多少的現象。領導借行政職權占領教學科研資源的問題也時有發生。不少高校的規模在擴大，學生在擴招，但辦學資源卻跟不上發展的步伐。此外，有些學校的定位還不夠明確，辦學特色不夠突出……”其實，陳乃芳結束完第一輪的巡視工作後，就針對高等教育的痼疾，撰寫過一篇題為《對直屬高校巡視工作的幾點思考》的文章。後來，這篇文章被收錄到了教育部直屬高校巡視組的內部資料中。十年樹木，百年樹人，她直率的建議和批評發自責任心，更源自使命感。
巡視工作結束後，陳乃芳笑稱：“過去我沒有這樣深入學習的機會，沒法吸收眾家之長，如果再讓我當校長，我會做得比以前好！”活到老，學到老，這不是戲言。
世界大學女校長論壇
自2001年起，陳乃芳就一直是世界大學女校長論壇的積極策劃與參與者。卸任後，她的熱情不減當年。五屆主論壇和數次分論壇成功舉辦以來，陳乃芳除了2012年8月在津巴布韋首都哈拉雷舉辦的非洲論壇沒有參加外，從來沒有缺席過。在2006年8月召開的“第三屆世界大學女校長論壇”暨“第四屆亞洲傳媒論壇”上，她擔任了“大學女校長與女性領導力”分會的主持人，和來自以色列、德國、尼泊爾、波蘭、尼日利亞以及中國的女校長們共同探討了大學女校長和現代大學體製的問題。她在這次會議上的發言稿《大學校長與高等院校發展》後來被收錄到此次論壇的論文集《大學女校長與現代大學體製》中。2008年6月，在日本城西國際大學紀尾井町校區舉辦的“第四屆世界大學女校長國際論壇籌備會”暨“老齡化背景下的女性高等教育研討會”上，陳乃芳結合自身的經驗，談了卸任校長角色轉換和社會擔當的議題——“實現女性校長社會角色和諧轉換的根本在於要有平和心態，心平氣和、心靜氣順，才能盡快完成角色轉換，才能從被動轉換變為主動適應。”