後來大將胡大海知劉伯溫之賢，薦於洪武爺，言聽計從，魚水相投，每與密謀，出奇製勝，戰無不克，攻無不取，洪武爺信以為神而師之。丙午年十月，洪武爺要下浙江，劉伯溫備知朱亮祖之才，薦道：“朱亮祖膽勇可任，可為副將軍也。”洪武爺遂命李文忠統領水陸之師十餘萬，朱亮祖為副。亮祖對李文忠道：“杭州民物豐盛，攻陷則殺傷必多，守將平章潘原明與我為鄉裏，當先遣人說之以降，如其不降，亦當有以搖動其心，心搖則守不固，然後多方以取之。”李文忠甚以為是。亮祖遂遣婿張玉往說，選銳士三十人與俱雜處城中，俟戒嚴五日而後見之。潘原明大駭，自恃兵精糧足，效死以守，張玉多方開諭。潘原明道：“歸謝而翁，吾與張王誓同生死，委我重地，何忍棄之？”張玉道：“張王國蹙，何似漢王？君之親信，孰與五太子哉？今吳亡在旦夕，而君且執迷不悟，一時變生肘腋，獻門納師，身家戮辱，欲求再見，難矣。”潘原明終不忍背，謝而遣之，然而其心自此動矣。朱亮祖定計與李文忠道：“此城不煩一矢，保為君取之。”乃提兵駐於臯亭山，以威聲震驚城中，先與耿天璧竟攻桐廬。時張士誠的元帥戴元陳兵江上，朱亮祖分遣部將袁洪、孫虎圍富陽，從棲鶴山坑進兵，聯界四府，出其不意，諸郡震動。戴元力不能支，開壁出降。亮祖單騎入撫其民，複與袁洪合圍富陽，擒了同僉李天祿。遂引兵圍餘杭、臨安、於潛等縣，守將謝清等五人都望風歸順。潘原明勢孤，知不可為，乃遣員外方彝請見約降，亮祖迎至軍門。李文忠道：“師未及城，而員外遠來，得無以計緩我乎？”方彝道：“大人奉命伐叛，所過秋毫無犯。杭雖孤城，生齒百萬，擇所托而來，尚安有他意乎？”文忠見其至誠，引入臥內，歡笑款接，命條畫入城次第，翌日遣歸。潘原明遂封府庫，籍軍馬錢糧。文忠與亮祖入居城上，下令敢有擅入民居者斬。有一卒下借民釜，即磔以殉。由是內外帖然，民不知有更革事。凡得兵五萬、糧二十萬石、馬六百匹。文忠與亮祖複攻蕭山、紹興路，克之。從此浙西一路盡為我明朝有矣。洪武爺以潘原明全城歸順，民不受鋒鏑，仍授浙江行省平章，遂開浙江等處行中書省於杭州，升右丞李文忠為平章政事。丁未年，升朱亮祖中奉大夫、中書省參知政事，代李文忠守浙。那時，亮祖弟亮宗自懷遠來，以功入侍。亮元仍避跡山野，不肯歸於我明，亦奇人也。亮祖後同徐達、常遇春等破滅了張士誠，洪武爺敕加禦史大夫，賜金三十錠、彩二十匹。
那時獨有浙東一路為方國珍所據。始初洪武爺攻婺州之時，遣使往慶元，就是如今的寧波府，招諭方國珍。國珍與其下謀議道：“方今元運將終，豪傑並起，惟江左號令嚴明，所向無敵。今又東下婺州，恐不能與抗。況與我為敵者，西有張士誠，南有陳友諒，宜莫若姑示順從，藉為聲援，以觀其變。”遂遣使奉書幣以溫、台、慶元三郡來附，且以其次子關為質。洪武爺道：“古人慮入不從，則為盟誓，盟誓變而為交質，皆由未能相信故也。今既誠信來歸，便當推誠相與如青天白日，何自懷疑而以子為質哉？”乃厚賜其子關而遣之。洪武爺後察其意終是陽附陰叛，心懷二端，乃遣博士夏煜、陳顯道諭方國珍道：“福基於至誠，禍生於反複。大軍一出，不可以其言釋也，爾宜深思之！”國珍始惶懼，對使者謝道：“鄙人無狀，致煩訓諭。”使者歸國，遂遣人謝過，且以金玉飾馬鞍轡來獻。洪武爺卻之道：“吾方有事四方，所需者文武材能，所用者布帛菽粟，寶玩非所好也。”庚子年，洪武爺以方國珍雖以三郡來附，不奉正朔，又遣人諭之。國珍道：“當初奉三郡時，嚐請天朝發軍馬來守，交還城池，不至。今若奉正朔，實慮張士誠、陳友諒來，救援若不至，則危矣。姑以至正為名，彼則無名罪我。況為元朝首亂，元亦惡之，不得已而招我四兄弟授以職名，我弱則不容矣。要之從命，必須多發軍馬來守，即當以三郡交還。”洪武爺知其心持兩端，道：“且置之，俟我克蘇州，彼雖欲奉正朔遲矣！”
始初國珍約降之時，原說俟下杭州即當入朝獻地，及降了杭州，破滅了張士誠，他仍據境自若；又累假貢獻，覘我虛實，又北通擴廓帖木兒，南交陳友定，圖為犄角之勢。洪武爺累書責其懷奸挾詐，陽降陰叛，且征其貢糧二十三萬石，國珍不報。洪武爺遂遣湯和率師討之，國珍遁入海島，師勞無功。劉伯溫奏道：“方國珍倚海保險，狡黠難製，苟不識沿海形勢、港泊淺深、礁巉突兀、避風安嶴、藏舟邀擊之處，難以避敵扼險、設奇出伏決勝也。臣昔與朱亮祖弟亮元共學，曾出其叔父朱思本《測海圖經》示臣，自粵抵遼東邊海險要皆注圖說，其關階快捷方式計裏畫方，確有成算。亮元能熟諳之，此人不可不招致。亮祖亦頗知之。浙東主將，非亮祖莫可任使。”洪武爺複以亮祖為浙江行省參知政事，統領馬、步、舟師三萬人，開府浙東。有詩為證：萬裏波濤萬裏山，山礁突兀千水灣。
圖經測海千秋事，亮祖當時鎮百蠻。
話說洪武爺聽劉伯溫之言，命朱亮祖統領馬、步、舟師三萬人討方國珍於慶元，弟國瑛、國璋於台州。亮祖領兵攻關嶺山寨，一鼓破之，乘勝至天台，縣尹湯盤以城降，遂統水陸二軍進向台城。方國瑛率勁兵出戰，前鋒擊卻之，遂乘山攻打，焚其東門，士卒潰亂不守。國瑛自料抵敵不過，夜從間道出興善門，以大船載了妻子奔於黃岩縣。亮祖入城撫安其民。始初國瑛要遁入海島，適值國珍入慶元，治兵為城守之計，使都事馬克讓來諭國瑛堅守地方，國瑛遂據住黃岩縣。國珍見勢事危急，複結海中大盜來援，又分遣人引日本島倭入寇。探事人來報瞭亮祖。亮祖遣兒子朱暹同朱忠邀其來路，各領舟師二百人伏於牛頭、釣崩兩嶴。時賊船十餘隻過昏山，朱暹舟突出占住上風，出其不意，賊船驚散。朱忠兵船四麵合圍夾攻，標槍毒矢，斃其篙師，又用善伏水之人鑿其船底，上攻下鑿，賊莫能支。火箭火炮亂施，賊船火發，船底之水又滔滔的滾將入來，再無逃避之處，溺死千餘人，生擒二百餘人，賊首陳敬、陳仲被我兵拿住，叩頭乞命。朱暹責問道：“我父子兵取紹興，至台州，所向無敵，方國珍兄弟父子不日便要授首，爾敢助賊以撓我師，此是何意？”陳敬、陳仲道：“方殿下以重幣金銀器皿約我兄弟共退大兵，取台州、紹興，畫江以守，許封我侯爵。”朱暹笑道：“爾等也要圖封拜？方國珍剽劫小寇，僅得三州，欲抗王師，若釜中魚耳。我朱殿下聖文神武，四海屬心，應天順人，輿圖並有大半。爾在海上劫掠猶為未足，複黨叛賊，欲圖僥幸，自來送死，還思求活耶？”敬、仲二賊哀求免死，後當捐軀報德。朱暹叱道：“叛賊逆天，罪宜族滅。”令朱忠領兵押其黨，搗彼海島巢穴，俘其家屬，悉來就戮。朱忠至彼，焚毀其巢，械其妻子家屬，並虜中積聚，載之以隨。敬、仲與妻子對泣，朱暹亦憐之，送父軍前，乞赦其死。亮祖諭之道：“胡元亂華，群雄並起，雖海陬奸宄亦蓄異誌。爾所從非人，敗則為虜。今日至此，萬無生理。按軍法當分屍梟示方是。我今體上天好生之心，推吾主不嗜殺人之念，當請之主上，待爾不死。”乃親釋其縛，以妻子財物還之。敬、仲二人叩首，願將財物獻上，以完軍費。亮祖不受道：“爾得此改心易慮，為浙東布衣，能不負保全之意否？”敬、仲複叩首道：“愚民抗犯王師，自甘天誅。將軍有再生之恩，即令赴水火，當捐軀以報，敢再反耶！”亮祖推心以待之。敬、仲感激思奮，對朱暹道：“聞方氏遣使臣厚資禮物，往結海島，通市倭主，大小琉球、薩摩州五島，伊岐、對馬、多藝等島借兵，各船集泥湖礁，約定分蹤往取蘇、杭、常、太、建康等府，奪朱殿下地方。今約日將至，將軍須早為之計。”朱暹道：“吾家為元朝經略邊海，自廣、閩、浙、淮、山東、遼、冀，延海八千五百餘裏，凡海島諸山險要，及南北州縣衛所、營堡關隘禦敵處，各有方略，何懼倭夷百萬？我主帥周知地利險夷，各島出沒皆有常處，備禦多方，用兵如神，百勝百戰。倭夷烏合之眾，吾當以計盡剿滅之。”陳仲道：“我等蒙再生之恩，當效死力。”亮祖因問道：“島中倭主未必齊來，若來，爾有何計待之？”敬、仲對道：“我兄弟往來海島二十餘年，各島倭主相識信任，且知我為方王所用。若以十船帶善駕識海之人，假方王旗幟，多備牛酒充犒師之物，願為前驅往獻，可知各倭消息。主帥可設應敵之方。”亮祖大喜，撫其背道：“此言正合我意。方欲為此，無可遣者。公懷此忠義，殆非降虜可比也。”遂與之同飲甚歡，刺血為盟，以心腹委之。十月小汛，亮祖令朱暹、朱忠同陳敬、陳仲並其黨能知倭情、通夷語及我兵善駕舟識海道者，通共千餘人，統領十舟，下迭蘆葦，上列牛酒水米，盡用方王旗號，自海門出洋，過大陳山而去。有詩為證：
假張旗幟混方王，夷狄攻夷計策良。
自是伯溫能報主，薦賢為國靖封疆。
話說亮祖得夷狄攻夷狄之法，以陳敬、陳仲做了心腹，裝載船隻，假張方王旗號，開出海洋，果遇方國珍遣人迎倭船四隻而來。陳仲通了倭話，跳上倭船，盡將倭夷殺死；並以其所齎物往迎，直抵五嶴，有八島倭船主先集約八千餘人。陳敬、陳仲呈上國珍所送書禮，盛陳犒勞供饌，群倭甚喜。陳仲道：“方王望救甚急，令我弟兄來迎。”各許即日開洋，我船與倭船間行而來。
先是十月朔，亮祖簡閱精銳之士，陳兵龍王堂，祭了海神及前代經略海防功烈祠宇，統戰船二百艘，督兵二萬，駕出海洋，抵陳錢下八山，哨船連報瞭見倭船。亮祖命我兵避匿安嶴，遠遠瞭見倭船近溫州洋下碇。至於將暮，亮祖與兒子暹合船進發，號炮三聲，出其不意，突占上風，雜施火銃，長短標槍，弓弩齊發。群倭束手，不能出艙，駕舟舵公都被擊傷。煙焰障天，倭被我兵圍攏，竄水者俱被撓鉤搭起，殺死八千餘倭，一鼓而盡擒之，豈不暢快也哉！生擒倭酋哈日郎、薩多羅真、古歡昔容、夜郎孟哱羅等數十人，朱暹都綁縛到黃岩城下，一刀一個，斬了這些倭奴驢頭。那時哈兒魯守黃岩，心膽俱喪，實時迎降。亮祖入撫其城，遂取了仙居、寧海等縣。亮祖與兒子暹道：“方氏出沒海島，擅魚鹽之利，富甲天下，自謂閩、粵、浙、淮、燕、齊濱海之地，可分據以爭天下，計難卒破。”亮祖善察地理，每夜登高望山，見有一方王氣在楊氏山，遂發其地以破之。亮祖又同吳禎襲取明州，方國珍子明善知亮祖難與抵敵，急急浮海，奔於樂清之盤嶼。亮祖身先士卒，追至海門口與戰，自申至夜三鼓克之，大獲其戰艦士馬，乘機進兵溫州，紮兵馬於城南七裏。明善對父親道：“朱亮祖父子智勇絕倫，若至圍城，難以為備。今乘其初來疲困，以逸待勞，將銳兵三道擊之，可挫其鋒。”明善統領勁兵萬餘突出，與朱暹交戰良久。亮祖遣人束芻揚草，出其不意，從旁夾攻，明善大敗而走，破其太平等寨，餘兵潰奔入城。亮祖遣部將張俊、楊克明攻打西門，徐秀攻打東門，柴虎領遊兵策應，四麵攻打，遂破了溫州，拿其員外劉本易。方國珍父子急攜妻子遁去。朱亮祖入城撫安居民，分兵徇瑞安，守將同僉喻伯通亦降。國珍仍遁入海島。洪武爺複命廖永忠會湯和兵追之，海道郡縣相繼都下。湯和遣張玉持書招降國珍，諭以朝廷威德，及陳天命所在。國珍計窮力竭，甚是惶惑，乃遣子明善奉表乞降。亮祖迎之軍門，湯和乃遣使送國瑛於建康，得器械舟楫以萬計。亮祖乃撫定溫、台、明三郡，從此浙東悉平矣。遂進平章，後又同大將軍平山東，平陳友定，平兩廣。三年十二月，大將軍徐達征西，副將軍李文忠平沙漠，俱班師凱旋。丙申，詔封功臣。賜金書鐵券，略雲：朕觀古昔帝王創業垂統，皆賴英傑之臣。削平群雄，戡定暴亂。然非首將仁智勇嚴，何能統率三軍、弼成偉功哉？我朝副將軍亮祖宗臣有識，首應義旗，為朕將兵十有五年，池、泰轉戰，鄱陽援翊，滅漢殲吳，平方誅定，開拓南北浙、閩、江、廣、山、陝，席卷中原，威振塞外，擒王斬將，不可勝數。頃者詔令班師，星馳來赴。朕念爾勤勞既久，樹績尤多，今天下已定，論功頒賞，宜進高爵。爾辭疏屬，願就列候，足昭謹厚。是授爾開國輔運推誠宣力武臣，特進榮祿大夫、柱國少傅、中書右丞同平章事、永嘉侯、參軍國事，食祿一千五百石，俾爾子孫世世承襲。朕本疏愚，鹹遵先代哲王成憲，茲與爾誓：除逆謀不宥，其餘若犯極刑，爾免二死，子免一死。於戲！高而不危，所以長守貴；滿而不溢，所以長守富！爾當慎守斯言，諭及子孫，世為宗臣，與國同休，顧不偉歟！