江澤民同誌指出：“無論什麼樣的生產關係和上層建築，都要隨著生產力的發展而發展。如果它們不能適應生產力的發展的要求，而成為生產力發展和社會進步的障礙，那就必然要發生調整和變革。”任何一種社會製度都是對現存社會關係的肯定，但是一切社會關係都處在不斷變化和發展的過程中，而製度則是相對穩定的。因此，相對不斷變化發展著的社會關係來說，任何製度都有其保守性，這種保守性被稱為製度的惰性。當製度的惰性演變成為與社會現狀不相適應，阻礙社會發展和人類需要滿足的時候，在功能上就會表現為紊亂或不起作用，這種現象稱為製度功能的失調。
一般地，當社會製度出現功能失調的時候，可以通過兩種方式來解決：①通過革命的方式來建立新的社會關係和新的社會製度；②通過對舊的社會製度的改革來適應新的社會關係的變化，使社會製度的功能得以正常發揮。美國社會學家帕森斯和默頓從性質上將製度功能分為正功能和負功能。正功能是社會製度的積極功能，也就是一項製度對維持社會係統的良性運行與協調發展所具有的積極貢獻。負功能是指社會製度的消極功能，也就是一項製度對社會係統的運行所起的不良影響與作用，它使社會運行偏離其所期望的目標。帕森斯和默頓的研究發現，一項社會製度對社會係統運行的作用並不都是積極的和符合人們的期望的，它在對社會運行產生積極作用的同時，不可避免地會產生一些負麵影響和消極作用，來幹擾其正功能的發揮，影響其目標的實現。社會製度在顯示正功能的同時，必然會伴隨某些負功能，這是不以人的意誌為轉移的一種客觀現象。為此，在製定任何一種製度時，既要盡可能全麵地分析這種製度實施時各種因素可能對它產生的影響。以及製度實施後會產生的各種可能的後果，從而使製度盡可能地完善；又要對製度實施後可能產生的負效應能有足夠的估計，並采取積極措施以盡可能地縮小負功能所產生的消極影響。
土地製度是一國政治經濟社會體製的一項根本製度，其最主要的製約因素，一是社會生產方式，二是一定社會生產方式下人地關係及其中人與人的關係的矛盾。由此，土地製度必然要隨著社會生產發展及社會生產方式和人地關係中人與人的關係的變化而演變。我國家庭聯產承包製在實踐中顯示出了很大的製度績效，但隨著農村經濟改革的不斷深化和農村生產力水平的不斷提高，農村產業結構的優化，農村人口向非農產業的大量轉移，製度的效用呈現邊際遞減現象。
根據農業部固定觀察點辦公室於1997年9月到11月對觀察點係統的317個村進行的《農村土地綜合情況》專題調查和錢忠好同誌對江蘇、河南、寧夏三省（區）有關農村土地製度的問卷調查，以及其他相關資料，我國目前農村土地製度主要存在的問題可以歸納為以下幾個方麵：
（一）農村土地產權不明晰
土地產權可以表現為所有權、占用權、經營權、出租權、繼承權、抵押權、收益權等等，其中最基本的是所有權，而所有權的核心是處置權。根據我國的《憲法》和《土地管理法》，農村土地所有權歸集體所有，但對究竟屬於哪級集體組織卻沒有明確的規定。有資料表明，土地歸行政村或村民小組所有的村占84.4%，土地由二者共有的村占14.7%，其他組織所有的村占0.8%。一方麵，有集體所有權的集體卻很少在經濟上實現其所有權，也不能行使其應有的土地處置權；另一方麵，由行政村與村民小組共有的村因土地權屬關係不清，往往引發土地糾紛，激發矛盾。從法律上看，集體所有的土地的處置權由國家掌握，農村土地先由國家征用，然後再由國家以所有者的身份對土地進行處置，比如土地使用權的拍賣等，這種做法產生的結果是農民認為出售土地收益的分配不合理，感到自己拿少了，而國家拿多了。土地歸集體所有實為虛化，名不副實。此外，土地所有權內容界定不清或不完備，還可能造成地租、地稅製度的混亂。
（二）不能適應社會化生產和市場經濟的要求
由土地製度形成的生產關係製約生產力的發展，不適應社會化生產和市場經濟的要求。現代生產的特點是規模經濟和分工協作。以小規模獨立經營的個體農戶為基本生產單位的承包製，造成土地這種生產要素極為分散，產生規模偏小、經營分散、組織化程度低、抵禦自然災害能力差、農業科技推廣難等弊端，使本來呈弱質的農業更加弱化，尤其是在市場經濟條件下，無法更好地按照市場規則從事商品性生產，自然經濟觀念和生產方式在人多地少的地區仍占重要的位置。此外，承包土地的農戶在觀念上也認為包幹到戶就是分田到戶，不少農民認為承包的土地是家庭所有，造成土地公有意識淡化，阻礙了土地資源的集中，影響了土地資源的合理利用。而政策是否穩定的顧慮根深蒂固，使一部分農民不願增加對土地的投入，土地產出率增長緩慢，從根本上阻礙了農業現代化的發展。
（三）限製農業產業體係的構建
農村人與地的粘合度強，限製了農業產業體係的構建和整體功能的發揮。農業產業體係是由生產、經營、市場、科技、教育、政策、服務等諸方麵相互作用和相互依賴的具有提升農業地位，增強農業競爭力，促進農村經濟發展，推動農村現代化進程功能的有機整體。農業現代化的基本特征之一，就是具有一個健全的農業產業體係。目前，發達國家食品工業與農業產值的比一般都在3：1以上，美國則高達5：1.就農業產業內部來看，美國產值比為生產占25%，加工占33%，銷售占42%。而我國較為樂觀的估計，農產品加工品與初級產品產值比為0.8：1.由此可以看出，我國農業產業體係中農業產業鏈短而細，不僅不能適應市場需求的變動，效益低下，而且在市場中缺乏競爭力。其原因之一就是人與地的粘合度過高，農民惜土觀念強，農村二、三產業發展滯後，阻礙了從事直接農業生產的農民向農業其他領域分流。我國現有農村勞動力4.6億，其中農業生產子係統有勞動力約3.4億，占73%；鄉鎮企業子係統勞動力約1.2億，占25%；農業服務和流通兩個係統的勞動力合計僅為2%左右，說明了我國農村總體上仍滯留在重生產、輕服務、輕流通的傳統的自然經濟形態。現代農業產業體係的建立和整體功能的發揮，在現行土地製度下困難較大。
（四）農民對土地使用權缺乏穩定感
土地使用權變動頻繁，農民對土地使用權缺乏穩定感。目前，我國農村土地使用隨意性大，短期行為嚴重，土地肥力下降。為此，《中共中央關於1984年農村工作的通知》（1984年1號文件）提出：“土地承包期一般在15年以上。”然而，各地的實際資料表明，自20世紀80年代初實行聯產承包責任製以來，80%的村進行過土地調整，而且調整頻率較高，調整兩次以上的村占67%，7.08%的村甚至調整過五次。而城鎮建設、基礎設施和重點建設項目、農村居民點建設等，造成非農建設占用耕地數量巨大且呈上升趨勢，加上農業結構調整、災毀等，實際耕地呈下降趨勢。黨的十四屆三中全會上確立了我國將由計劃經濟向社會主義市場經濟轉變的方針政策，隨後又出台了國務院11號令，確定了完善農村承包的基本政策，具體包括：①延長土地承包期；②增人不增地、減人不減地；③經發包方同意允許土地使用權的有償轉讓；④在條件允許的地方發展適度規模經營。這是對土地承包便用政策的進一步調整和鞏固，但實際操作上仍有一些地區根據人口增減變化，適當做了調整，顯然在土地缺乏穩定機製和流轉機製的情況下，變更土地使用權，使農民缺乏承包土地的穩定感。此外，一些農民任意改變土地的使用方式，視土地的使用權為所有權，燒磚取土，蓋房壘墳，隨意處置。
（五）土地使用權流轉不暢
土地使用權流轉方式不盡完善，流轉不暢是目前農村土地製度需要完善的另一個方麵。使用權是一種占有支配權，其核心內容是從土地利用中獲得經濟利益。改革開放以來，隨著商品生產和市場經濟的發展，勞動力、資金、技術、管理、信息等各種生產要素都已逐步成為商品，走上市場，而惟獨土地還沒有成為真正的商品。按人分配的使用權，雖然要求搞活，但由於缺乏有效的土地流動機製，其流動形態仍主要限於農戶的承包和農戶之間的轉包，及集體對土地的局部調整。特別是隨著商品經濟的發展，農民的觀念不斷更新，經濟起步早且較發達地區的一些農民開始離開土地去搞第二產業、第三產業，土地粗放經營、甚至拋荒現象較為嚴重。即使一些開放地區和經濟發達地區，土地的合理流動仍然受到阻滯，土地商品化難以實現。雖為製止拋荒，有的地區采用了罰款等措施，但無法遇製這股風潮。黃海之濱的某鎮，人均耕地僅為0.043hm2，土地收益從1996年的每公頃5325元下降至1998年的4680元，農民沒有多少利潤可圖。由於土地流轉機製不暢，拋荒戶數從1996年的80%上升到1998年的45.1%。