“百花齊放、百家爭鳴”作為我們黨製定的重要方針，從其產生之日起就具有鮮明的階級性和確定的內容。它是無產階級的馬克思主義的方針，不是資產階級的自由主義的方針。它提出了同資產階級思想及其他錯誤思想做鬥爭並在思想學術領域中分清各種性質的是非、促進藝術發展和科學進步的任務；規定了必須遵循真理發展的客觀規律用自由爭論和充分說理的方法去解決思想領域中的是非問題；製定了十分明確的判斷是非的政治標準。上述“任務”、“方法”和“標準”三個方麵結合在一起，構成一個整體，才是“雙百”方針的完整的基本內容。忽視或否認其中任何一個方麵，都會導致對“雙百”方針的曲解。用簡單粗暴的態度和政治運動的方式去處理學術問題，違背了“雙百”方針，會導致混淆不同性質的問題，混淆是非曲直，妨礙學術文化的繁榮。抹煞不同思想觀點之間的是非界限，隻記住學術討論所必須遵循的方法，忘記了明辨是非的標準以及同錯誤思想做鬥爭的任務，把開展批評同貫徹“雙百”方針對立起來，也是對“雙百”方針的曲解。
鄧小平提出了“不搞爭論”的思想，他說：“不搞爭論，是我的一個發明。”如果看待“不搞爭論”與“百花齊放、百家爭鳴”的關係，是正確理解和貫徹“雙百”方針的又一個重要問題。堅持“百家爭鳴”，當然意味著要“爭”，而且是“百家”都來“爭”。將二者對立起來，用一個去排斥另一個，以為“不搞爭論”就是不要“百家爭鳴”，或以為提倡“百家爭鳴”就是否定“不搞爭論”，都是片麵的、不正確的。鄧小平既講過“不搞爭論”，也曾多次鼓勵爭論。他在1977年說過：“我們現在不同意見的爭論、討論不是太多了，而是太少了。”“我們要堅持百家爭鳴的方針，允許爭論。”在1978年黨的十一屆三中全會前夕召開的中央工作會議上，鄧小平說：“一個革命政黨，就怕聽不到人民的聲音，最可怕的是鴉雀無聲。”1979年，鄧小平在一次討論經濟工作的會議上說：“我主張采取辯論的方法，麵對麵，不要背靠背，好好辯論辯論。真理就是辯出來的。”1989年5月，在揭露搞資產階級自由化的人所謂的“改革”是“資本主義化”時，鄧小平指出：“我們講的改革與他們不同，這個問題還要繼續爭論的。”
那麼，如何才能將“不搞爭論”與堅持“百家爭鳴”、鼓勵爭論統一起來呢？鄧小平說：“不爭論，是為了爭取時間幹。一爭論就複雜了，把時間都丟掉了，什麼也幹不成。”可見，“不搞爭論”的精神實質，是不要耽誤時間、影響實踐。由於爭鳴是探索真理之重要的但並非惟一的方法，由於真理的最終裁定者是社會實踐而不是學術爭鳴，因此，當出現意見分歧而一時又不能取得共識時，不能因為爭論不休、議而不決而不去實踐，延誤了時機，而應該按照民主集中製的原則形成決議，統一行動，或同時進行多種試驗，並由實踐來回答理論上爭論的問題。另一方麵，在人們探求真理的過程中，不同觀點的產生是不可避免的，而且開展不同觀點的爭鳴是達到真理所不可缺少的方法，它是真理發展規律的客觀要求，因此，隻要不妨礙實踐，隻要所討論的問題是具有實踐意義或理論意義的問題而不是抽象空洞的或繁瑣無聊的問題，就應該鼓勵遵循“雙百”方針展開爭鳴。實踐與學術理論工作既緊密聯係，又相互區別。“不搞爭論”是解決實踐問題的辦法，而“百家爭鳴”是解決學術理論中是非問題的方針。不應該將這二者對立起來，而應該將它們用在各自該用的地方。
1996年黨的十四屆六中全會通過的《關於加強社會主義精神文明建設若幹重要問題的決議》總結新時期的曆史經驗，對如何正確貫徹百家爭鳴的方針做了進一步的闡述。《決議》中說：“堅持百家爭鳴的方針，提倡科學嚴謹的學風，鼓勵不同學術觀點的相互切磋。要注意區分學術問題和政治問題。對思想認識問題要積極引導。對事關政治方向、事關重大原則的問題，要旗幟鮮明，分清是非，保證哲學社會科學研究沿著正確的方向發展。”
為了在重大原則問題上旗幟鮮明地分清是非，必須密切關注意識形態領域的形勢，研究意識形態鬥爭的規律，研究學術問題和政治問題的關係，也研究敵對勢力從事意識形態滲透的策略和手法。社會意識的不同形式離經濟基礎有遠近之分。搞資產階級自由化的人往往從那些遠離現實生活的領域開始，以抽象思辨的形式提出和傳播他們的觀點，搞亂人們的思想，然後一步步逼近現實，把抽象的理論觀點變成現實的政治主張。學術問題與政治問題有區別又有聯係。搞自由化的人往往利用它們之間的區別，從學術領域人手，在學術討論的名義下散布錯誤思想，“打擦邊球”，然後又利用學術思想與現實政治的聯係，從錯誤的學術觀點引出自由化的政治結論。錯誤思潮的蔓延，起初往往是以人們不易察覺的“下毛毛雨”的方式，分散在不同的思想文化領域中進行滲透，發展到一定程度，便彙集起來，形成一個個“管湧”和來勢洶湧的潮流，猛烈地衝擊社會主義的思想陣地。因此，我們必須防微杜漸，細心區分學術問題和政治問題，及時發現錯誤思潮的苗頭，對思想認識問題積極教育和引導，對錯誤思潮不失時機地開展鬥爭。
黨的十五大在論述建設有中國特色社會主義的文化時，提出的首要的一條是，“以馬克思主義為指導”。馬克思主義在中國的指導地位是它在近代中國曆史進程中指引革命和社會主義建設事業取得偉大勝利的必然結果，也是由我國社會主義的經濟基礎和政治製度所決定的。以馬克思主義為指導，是社會主義精神文明的根本特征，是維護我國社會主義經濟基礎的客觀要求，也是鞏固人民民主專政所不可缺少的條件。正確認識和處理社會主義初級階段意識形態領域的階級鬥爭問題，集中到一點，就是必須始終堅持以馬克思列寧主義、毛澤東思想和鄧小平理論為指導。