關於《肇論》所說，知道僧肇的思想不外“有無動靜”和“體用一異”等幾個問題。在元代因康的《肇論疏》對其四論曾有過簡短的評論說：“第一，《物不遷》明有，申俗諦教。第二，《不真空論》明空，申真諦教。第三，《般若論》明因，申般若教。第四，《涅槃論》明果，申涅槃教。以此四論申彼四教，釋迦一化，理斯盡矣。”
《高僧傳》卷六《僧肇傳》記載有上述四論寫作之年代先後，順次為《般若無知論》、《不真空論》、《物不遷論》、《涅槃無名論》。其中《涅槃無名論》不僅文筆、體裁不同，甚至觀點與《不真空論》等有別，經近人考證，也可能是偽作，但在慧皎《高僧傳》本傳中已有節引，則其出世時間頗早，故一向有人認為真是僧肇所作。究竟如何，尚待研究。《肇論》一書在我國至南朝以後，幾乎曆代都有人注釋，其中以陳代慧達之《肇論疏》為最早，唐元康之《肇論疏》為最詳。
《中觀論疏》 凡十卷。又稱《中論疏》。是唐代嘉祥大師吉藏著。本書是解釋青目注釋之《中論》，並繼承僧朗、僧詮、法朗等三論宗之傳統，發抒一己獨特之見解。成書於隋大業四年(608)。本書字數甚多，雖標為十卷，但每卷又分“本、末”二部分。書中首先說明僧叡(378-444？)之《中論序》，其次逐一詳釋二十七品。在對每一品作闡釋時，作者總是先說明龍樹之所立該品的用意。全書采用舊式的科文，亦即將每一品分成幾個不同義理的段落來分別解說。有依作者觀點而言，中道乃佛菩薩實踐之道，其內容有世諦中道、真諦中道、非真非俗中道。此種三諦中道之說與曆來之真俗諦二諦說可謂大異其趣，即謂世諦並非眾生分別之境界，而係佛菩薩為度濟眾生之方便慧境地；而真諦則為真實慧之境地，故說依二諦產生真實、方便二慧。此二慧有如佛菩薩之父母。本書引用多數經論，並言及當時之諸學說，例如根據《涅槃經》之思想以解釋空之思想，此乃其他《中論》釋書中所未見之特色。縱觀本書，有下列四點之特點：
1.繁博而瑣碎。作者於本書中所述，可謂極盡繁博之能事。這大概是由於作者對有關《中論》的資料太熟悉的原故，但由於資料太多，因此形諸文字時，乃顯得細碎而繁雜，使人有讀此忘彼的感受。譬如：作者為了在解釋短短的一篇《僧叡序》時，竟然將該短文分成了七個部分來說明；為了要解釋《因緣品》這一名稱，居然分“通別門、正名門、釋名門、破申門、同異門”等五門來說明。這種寫法對現代感到有小題大作之感，怪不得馮芝生先生說吉藏之學“瑣碎已甚，不盡有哲學的興趣了”。
2.說理如走馬燈，使人不易把握其真意。如作者對《中論》一名在《中論序疏》中給予了五種解釋，而各種解釋之間往往是不相幹的，而使讀者易覺其附會；卷一對《因緣品》這一名稱與《中觀論》一名的關係，作種種複雜的說明，使人有無所是從的感覺。因此，現代有學者評論其“樂於以文字為戲”。
3.科文太細，太數字化，讀之有走入迷宮的感受。如卷一末說《中論》全書分為問、答二類型；其中“問有二種”，而第二種問(孤起問)又含有八義。卷二本分十門解釋“不生不滅”偈，而每一門下又往往分成好幾項。在每一品中都有很多，大項中又分小項，小項中又分若幹細節等。
4.在形式上有上述的缺點，但在內容上反映出的優點亦很多。征引的佛教思想史料及為豐富。例如：關於般若七宗的思想，南齊周顒的三論宗、興皇法朗的佛學思想等，此書中都曾加以評論和介紹，因此對研究中國佛教史而言，此書自是極為珍貴。而所引的佛教經論文字極多，亦是研究中國佛典翻譯者提供了不少的方便。本書闡述的《中論》義理也彼有可觀之處；吉藏大師一生講“三論”一百餘遍，所以本書對《中論》的內涵及外延問題，交待得極清楚周詳，是研究中觀學非常重要的參考書。
《大乘玄論》 亦是嘉祥大師吉藏所著，凡五卷。全書以空觀中道之基本思想，論證大乘佛法。嘉祥大師不僅為中國中觀學之集大成者，且對於當時佛教界所重視之《法華》(四部)、《大品般若》(二部)、《維摩》(四部)、《華嚴》、《涅槃》、《勝鬘》、《彌勒》、《仁王》、《觀經》、《無量壽》、《金光明》、《金剛》(各一部)等大乘經典之注疏亦多所研究，本書即包含上述經典之注疏亦多所研究。其內容分為：二諦義(十章)、八不義(六章)、佛性義(十章)、一乘義(三章)、涅槃義(三章)、二智義(十二章)、教跡義(三章)、論跡義(五章)等八門。二諦義闡明真俗二諦之義，並通論南北朝佛教界之問題，係三論宗最重要的教義之一；八不義提示“不一、不二、不常、不斷、不來、不出、不生、不滅”之義；佛性義闡明三因佛性；一乘義解釋《法華經》等所說之一乘；涅槃義解說涅槃之義，與佛性義、一乘義同受到當時《涅槃經》之影響；二智義辨說權實二智之義，與一乘義同為與《法華》教學有密切關係之論說；教跡義彰顯佛陀一代教化之跡儀；論跡義解說《大智度論》及“三論”大要，與《三論玄義》之後半共通點甚多。通觀本書，頗受當時流行之教判理論所影響。本書雖為吉藏之論著，然係由後人集錄而成者，為吉藏最重要的論著之一，亦為理解三論宗之重要典籍。本書博采《涅槃》、《維摩》、《大品般若》、《華嚴》、《法華》、《金剛》、《阿含》等經及《中論》、《百論》、《十二門論》及《大智度》、《成實》、《婆沙》等論，又援引鳩摩羅什、僧肇、道生等諸師之說，一一加以論評，義旨精深，為古來中觀學學者所重視。本書著作年代雖不詳，然可推知應為嘉祥大師晚年之作。