佛教所謂的“根”，原是取植物根“能生長”的意思。佛教經典經常把它當作宗教道德和生理心理方麵的範圍來用，使用範圍就擴大了。這裏指那些能增長對佛教信仰品格的信根、善根、淨根等。把這樣的“根”單獨提出來，並作為眾生能接受佛教的內在依據，是《妙法蓮華經》的又一獨特的說法。這與其他大乘經典提倡的“佛性”或“法性”不同，“根”不是作為普遍的本質，永恒而等同地存在於一切眾生之中，而是由個人過去的全部思想行為積累起來，決定佛教信仰的態度和信仰程度的那部分“業報”或“福德”，也就是每個人現實表現的“本性”。因此，“根性”是因人而異的。
《妙法蓮華經》據此把眾生分為三大類：第一，“罪根深重及增上慢”者，“斯人甚少福德，不堪受是法”（《方便品》，指大乘法），所以當如來在集會上一開始講《妙法蓮華經》時，當即有男女僧俗五千人“從座起，禮佛而退”（《方便品》），說明這些聽眾至少在當時還不具備接受佛乘的根性，至於今後是否能夠接受，經裏沒有回答。第二，是“鈍根”者，“貪著於生死，於諸無量佛，不行深妙道”（《方便品》），這是指愛好小法的小乘人。第三，是“利根”者，有“佛子心淨，柔軟亦利根”（《方便品》），即“菩薩乘”人。如來就是這樣把眾生根性利鈍作為自己說法的依據，而說法的總目的，都在於引導到佛乘妙道。《譬喻品》中講了著名的“火宅三車喻”，說明三乘同是佛之子，“愛無偏覺”，“但以智慧方便於三界火宅拔濟眾生，為說三乘。”而“此三乘法皆是聖所稱歎。”
照佛教內部說法，三乘的差別可以舉出很多。但是不論就宗教信仰還是就現實生活都有重要意義的，主要是在解釋“解脫”與“涅槃”上的分歧。“十二因緣”以“三界”為桎梏，“四諦”以“寂滅”為終極，二者都以極度苦厭世間為前提。大乘諸經無不對此提出不同的意見，而《妙法蓮華經》也用“方便”之說，給予圓融，在《譬喻品》中說：“我雖先說汝等滅度，但盡生死，而實不滅……若人小智，深著愛欲，為此等故說於苦諦；眾生（由是）心喜，得未曾有；佛說苦諦，真實無異。若有眾生不知苦本，深著苦因，不能暫舍，為是等故方便說道（集）；諸苦所因，貪欲為本，若滅貪欲，無所依業，滅盡諸苦，名第三諦；為滅諦故，修行於道，離諸苦縛，名得解脫。是人於何而得解脫？但離虛妄名為解脫，其實未得一切解脫。佛法是人未實滅度，斯未得無上道故，我意不欲令至滅度。”意思是說，“四諦”也是一種方便說。由此並不能達到真正的“解脫”或“涅槃”。而佛之所以講了四諦的道理，隻是為了照顧到眾生還在著“深著五欲”，“誌樂小法”的根性。譬如高旅遠行於險路上，“疲極而複怖畏，不能複進，今欲退還”，時有“導師”以方便力，“化作一城，告眾人言：汝等勿怖，莫得退還，今此大城，可於中止，隨意所作……於是眾人前入化城，生已度想，生安穩想。”爾時“導師”滅此化城，告眾人曰：“此城為我所化作，為業息耳”，並非真實。二乘人所講的涅槃，就是如來為“心怯弱下劣”者設置的化城；“以方便力於中道為止息故說二涅槃”。及至眾生執住其中，佛“即便為說：汝等所說未辦”，“佛道長遠，久受勤苦，乃可得成”（《化城品》）。
據此，《妙法蓮華經》對曆來所傳的釋迦牟尼一生的經曆，也作了新的解釋。按照一般的說法，《如來壽量品》說：“釋迦牟尼佛出釋氏宮，去迦耶城不遠，坐於道場，得阿耨多羅三藐三菩提。”最後歸於涅槃。其實這也是一種譬喻詞，隻是用以教化的一種手段。故說：“為度眾生故，方便現涅槃，而實不滅度，常住此說法。”在佛教裏，方便、善權都是相對於“真實”、“實相”而言的。假若三乘以至涅槃都是方便之說，那麼佛的實在說法又是什麼呢？《妙法蓮華經》作了下麵的回答。《方便品》說：“今我喜無畏，於諸菩薩中，正直舍方便，但說無上道。”《譬喻品》說：“汝等……今所應作，唯佛智慧。”《化城品》說：“汝證一切智，十力等佛法，具三十二相，乃是真實滅。”這“無上道”就是阿耨多羅三藐三菩提，是唯有佛才能達到的一種覺悟。“佛智慧”，主要是指“一切種智”，即通曉大小乘各種通向佛地的智慧。“真滅度”，則是指圓滿成就三十二相的佛身了。因此，三乘歸一乘，由方便而真實。說到底，就是要舍棄關於三乘的成見，在理論上統一到佛慧上，在實踐上共走成佛之路。由於《妙法蓮華經》處處把阿耨多羅三藐三菩提隻是作為可以授記的標準，在授記之後，還要於來世經若幹劫修習才能成佛。因此，所歸之“一”與所顯之“實”，事實上就是指作佛而言了。這是一大特點，是大乘佛教經典由偏重理論說教而轉向偏重於對佛的崇敬的一個重要標誌，也是特別不同於《般若》類經典的一個表現。（按：《般若》類的經典抬高智慧的作用，認為佛也是智慧的產物，所以般若被稱之為“諸佛之母”。《妙法蓮華經》認為智慧屬佛所有，是佛的產物，眾生所學的智慧，叫做“佛之知見”，所以佛被稱為“眾生之父”。）