吉藏既破諸家說，歸於言非真非之中道，為正因佛性。《涅槃經》謂：“佛性有因即是境界因，謂十二因緣也。”有因因“即是緣因，謂十二因緣皆所生觀智；有果即三菩提；有果果即是大涅槃。”然而吉藏說這四者依因果說。因則異果，果則異因，因果差別，則因是傍因，果是傍果，即非正因，隻有《涅槃經》說到的“非因非果”，才是正因。非因非果就是中道，名正因。……故經中說佛性是三菩提中道種子。所以佛道就是中道種。正因佛性非因即因，所以有二因，即境了二因；非果而果，故有二果，謂菩提與涅槃。故若緣若了，並非正因，非緣非了，乃是正因。若菩提涅槃並非正果，非菩提非涅槃乃是正果。……但因中名為佛性，至果便成性佛。故在因但名非因，在果則名為非果，隻是二個非因非果。……佛性在因，佛性在果，故果因名佛性，果果名性佛。此“不二二義，不二二，故二即非二。故雲二不二是體，不二二是用。以體為用，以用為體，體用平等不二中道，方是佛性。一切諸師釋佛性義，或言佛性是因非果，或言是果非因，此是因果二義，非佛性也。”
關於佛性是本有還是始有的問題，吉藏說：“一師雲眾生佛性本來是有，理性，真神、阿賴耶識。所以涅槃有二種，性淨涅槃本來清淨，方便涅槃從修始成。第二種解釋：經中既然說佛果從妙因而生。何容食中已有不淨？故知佛性始有。又有人說，本有於當，故名本有。問：如果這樣，就是本有嗎？答：又有始有的意思。……如果說始有，應該是無常。而說本有於當，這是什麼意思？定是本有還是定當體有？……一切有所得的意思，無不是從開始就有的……若執本有，則非始有；若執始有則本有。但地論師說佛性有兩種：一種是理性，一種是行性。理非造物，故說本有，行借修成，故說始有。……若說理性本有非始，行性始有非本者，更執成病，聖教非藥。”吉藏還說：“今一家相傳，說佛性非有非無，非本非始，亦非當現……至論佛性，理實非本始，但是如來方便講解是為了破除眾生無常病，故說一切眾生佛性本自有，以是因緣得成佛道。但眾生無方便，故執言佛性，性現相常樂；是故如來為破眾生現有病，故隱本明始。至論佛性不但非是本始，為破本始故，假說非本非始。若能悟得本非本始是非平等，始可得名正因佛性……無明初念與佛果相望……也都得是始得是本。……這生死涅槃也是這樣。所以生死為始，涅槃為本；涅槃為始，生死為本。所以生死涅槃，不是本有，不是始有，最終是無本無始，而今假名說故，更互為本始沒有差異。經中說本有今無，本無今有。本若是有，今則是無，今則是有。故今之為本，皆得名有，皆得名無……若悟假名，論有論無，最終總是無有無無。故言三世有法，無有是處。何異說新故本始，最終總是無有新故本始義？”
眾生是否都有佛性，這有理外行心與理內行心之分。理外行心，就是像外道所說的一切法有生有滅。理內行心，就是佛法所說的一切法不生不滅。這 裏先說“理外無佛性，理內有佛性。若自理外言，則理外即無眾生也無佛性……不但凡夫無佛性，乃至阿羅漢亦是無佛性……不但草木無佛性，眾生亦無佛性。”更自理內言：“則不但眾生有佛性，草木亦有佛性。《大集經》雲：諸佛菩薩觀一切法，無非是菩提。理內一切諸法依（報）正（報）不二。以依正不二故，眾生有佛性，則草木有佛性。……若悟諸法平等，不見依正二相，故理實無有成不成相，無不成故，假言成佛。以此義故，眾生成佛時，一切草木亦得成佛。故經雲一切諸法皆如也，至於彌勒亦如也。若彌勒得菩提，一切眾生亦應得。此明以眾生彌勒，一如無二。眾生既爾，草木亦然。故知理通。故欲作無往不得，是故得名大乘無礙，此是通門明義也。若論別門，此則不得然。何以故？明眾生有心迷，故得有覺悟之理，草木無心，故不迷。寧得有覺悟之義了喻如夢覺，不夢則不覺，以是義故，雲眾生有佛性，故成佛；草木無佛性故，不成佛也。成與不成，皆是佛語，何有驚怪也。”這是理外無佛性，理內有佛性。
關於理外有佛性，理內無佛性。據《般若經》說：“如是滅度無量眾生，實無眾生得滅度者。”《華嚴經》亦雲：“平等真法界，一切眾生入，真實無所入。”故吉藏認為：“既言一切眾生入，當知理外眾生入，而實無所入者，此入理內無複眾生，故言實無所入……當知理內既無眾生，亦無佛性，理外有眾生可度，故言理外眾生有佛性。”並說：“理外若無，理內則有，理內若無，理外則有，或時言內外俱有，或時言內外俱無。故經雲：‘闡提人有，善根人無，善根人有，闡提人無……’所以作此不定說者，欲明佛性非是有無故，時或說有，或時說無也。……至於佛性，非有非無，非理內非理外，是故若得悟，有無內外，平等無二，始可名為正因佛性也。”故《涅槃論》雲：“眾生有佛性非密，眾生無佛性亦非密，眾生即是佛，乃名為密也。”故吉藏大師說：“所以得言眾生無佛性者，不見佛性故。佛性無眾生者，不見眾生故。亦得言眾生有佛性，依如來藏故。亦得言佛性有眾生，如來藏為生死作依持建立故。”據此而吉藏大師結論雲：“若悟諸法平等無二無是無非者，十一家所說，並得正因佛性。”