呂留良是在死後49年時，即清雍正十年（1732年），受湖南儒生曾靜反清一案牽連，被雍正皇帝欽定為“大逆”罪名，慘遭開棺戮屍梟示之刑。其子孫、親戚、弟子廣受株連，無一幸免，鑄成清代震驚全國的文字冤獄。雍正七年（1729年）的“曾靜案”，使呂留良獲罪的原因主要是他的著作、日記和書信。他在日記中多有“謗議及於皇考”的言論，被定為“思想罪”。雍正十年（1732年）判決：呂留良及其子葆中已身故，俱戮屍梟示；次子毅中改斬立決，諸孫發遣寧古塔給披甲人為奴。
呂晚村紀念亭坐落在浙江省桐鄉市崇福鎮中山公園的呂園內。此亭是專門為紀念崇福曆史上非常有名的人物呂留良於1988年修建的。現在的呂晚村紀念亭是清一色水泥鋼筋構造的一座仿古亭，坐南朝北，占地約12平方米，呈正方布局，一級踏步上下，四邊臨風，地麵鋪大方磚。亭身用四根 24厘米方柱和4根簷梁構架，穹頂為上小下大稻桶式。四坡落水，十字亭脊，亭角彎翹，亭尖做成圓杵狀，全亭不加任何雕飾，給人以一種質樸端實、莊嚴肅穆的感覺。亭子正中基座上，豎有高約兩米、寬70厘米、厚20厘米的紀念石碑。碑的正麵刻“先賢呂晚村先生紀念碑”10個大字，由我國教育界先驅蔡元培親筆題寫並撰聯，碑的背麵刻有介紹呂氏生平簡要事跡的碑文。