降至明末清初，梵淨山先後成為南明抗清鬥爭的根據地和吳三桂叛亂占據的重鎮之一。南明相國、抗清名臣呂大臨就曾在梵淨山一帶活動，並在鬆桃水月庵題寫摩崖。此外，南明石阡推官謝國梗抗清失敗後，就隱居於梵淨山，自號“天台逸人”，時值梵淨山少數民族起義，遷居印江。謝國梗有黃庭羨門之術，又通製藝，小楷亦為名家，印江周國棟等拜於門下，為其著名弟子，終成印江名士。清康熙初年，吳三桂發動叛亂，其叛軍一部占據梵淨山，周圍府、州、縣及土司均遭蹂躪。康熙十三年（1673），郎溪土司第十世正長官田養民的清敕封世襲印信號紙被吳三桂叛亂動劫奪燒毀。康熙帝派清軍分路進攻，吳三桂及其子吳世蕃敗亡，吳三桂之亂平定。
為了加強對梵淨山的控製，清政府一方麵繼續修建梵淨山以東的“邊牆”，另一方麵加強佛教對土家、苗族的教化作用。金頂摩崖明確記載了康熙賜封梵淨山的史實：“自我朝敕封以來，尤稱黔中之佳景也。”在印江天慶寺，保留下來的《大清康熙帝敕封天慶寺皇庵文》是繼明萬曆四十六年《敕賜碑》之後梵淨山地區又一皇家敕賜文的文字證據，這是長久夢寐以求卻不知何處找尋的重要曆史文獻資料，與梵淨山金頂摩崖相互印證，說明康熙對梵淨山敕封加冕的真實性。明萬曆皇帝、清康熙皇帝對梵淨山的兩次敕賜加冕，為梵淨山“彌勒菩薩道場”的形成奠定了堅實的基礎。由於篇幅限製，梵淨山彌勒菩薩道場的形成另有專文考證，此不贅述。
二、梵淨山佛教文化豐富深厚
梵淨山作為貴州乃至西南的佛教名山，積累了非常豐富的佛教文化。
第一，古代寺廟群星羅棋布。梵淨山古代寺廟群有“四大皇庵，四十八大腳庵”之稱，實際遠不至此數。梵淨山寺廟群往往沿朝山古道而形成，如在西朝山道就形成了五裏一寺，十裏一廟的古寺廟群及其文化景觀：印江縣城（西岩古寺、龍津寺）—河縫（觀音洞、江頭寺）—郎溪司（回龍寺、打兒洞）—合水場（孝慈寺）—永義鄉（紫薇神樹）—張家壩（鎮江寺）—團龍村（古茶樹王、梵淨貢茶）—蘇家坡（地母廟）—大園子村（護國寺、鍾靈寺、山王廟）—棉絮嶺（拜佛台、剪刀峽）—滴水岩（叫化洞、接引殿、通明殿、報恩寺、敕賜碑）—老金頂（玉皇殿、三清殿）—上茶殿（九皇洞、九皇殿、敕賜聖旨承恩寺、祖師塔、脈源宗譜碑）—下茶殿（鎮國寺）—新金頂（天梯、天橋、觀音殿、釋迦殿、彌勒殿）等。五大朝山古道最後彙集於朝拜地金頂，金頂成為寺廟群最集中的地方。
第二，金石文物意義重大。梵淨山留下了大量金石文物，“金”是指金屬佛教文物，主要包括佛像、佛印、佛鍾、佛磬、香爐等；“石”是指曆代碑刻摩崖。據筆者所知，梵淨山地區的佛印有欽命僧妙玄的鎮山之印，《敕賜碑》明確記載：“賜鎮山印曰‘古茶殿’。”但梵淨山曆經戰亂，此印已不知所終。另外，梵淨山“佛法僧寶”銅印已被印江縣政府收集，並珍藏於印江縣民族陳列館。該印證明梵淨山佛教具有統一的佛教組織，並由全山方丈統轄朝拜事宜，可與《鎮國寺碑》所載“全山公舉方丈”相印證。梵淨山地區曆代碑刻摩崖更是研究梵淨山佛教文化的主要資料。筆者多年訪求，已收集碑刻、摩崖、墓銘等百餘幀。由於地方史誌和私家文獻對梵淨山佛教的直接記載非常缺乏，這些碑刻、摩崖、墓銘就成為研究梵淨山佛教非常珍貴的第一手資料。它們全麵係統地反映了梵淨山佛教的源流演變和興衰更替，如金頂《院道摩崖》、《剪刀峽摩崖》、《河縫觀音洞摩崖》就反映了明清兩代至民國時期四百年印江曆代知縣負責管理西朝山大道的重要史實。《敕賜碑》、《新路觀音殿碑記》等則反映明萬曆皇帝、清康熙皇帝兩次對梵淨山敕封加冕的盛況。《天慶寺界碑》、《名播萬年碑》、《勒石垂碑》、《禁樹碑》等則記載了思南府、銅仁府，以及貴州省級官員嚴禁在梵淨山開采黃金、伐薪燒炭等事件，是官府處理僧商糾紛、保護寺廟和培修梵淨山風水的法律依據。此外，梵淨山金頂正殿和四大皇庵曾有規模巨大之塔林，現保留下來的墓銘也是研究曆代高僧生平和佛學思想的重要材料。以上碑刻、摩崖、墓銘等大部分已列入省、縣級重點文物保護單位。
第三，朝山習俗的形成。梵淨山作為彌勒道場，是中原佛教在南方少數民族地區長期傳播和明清兩代統治大力提倡的雙重結果。朝山習俗逐漸成為三省乃至南方善男信女重要的社會習俗。梵淨山五方朝山古道和沿線寺廟群就是遠近朝山僧眾數百年經營的結果。清康熙間銅仁詩人徐訚載：“三郡朝謁者歲如義聚，即鄰省西蜀、湖南亦絡繹不絕。”康熙《脈源宗譜碑記》載：“凡滇、黔、夢、蜀之人，無不爭趨朝者見，自明迄今，逾有百載。”《鎮國寺碑》也載：“數百年進香男婦，時來時往，若城市然。”梵淨山朝拜盛況一直持續到民國年間。民國初年，貴州佛教總會會長、著名高僧了塵和尚朝拜梵淨山，並與梵淨山方丈隆參和尚唱和，留下多首詩文，流傳至今。
第四，梵淨山佛教文化與少數民族文化相互融和，塑造了少數民族敦厚淳樸的社會風俗。梵淨山作為少數民族聚居地區，民風曾經十分彪悍。由於統治者有意加強佛教教化，在數百年佛教潛移默化影響下，佛教文化與少數民族文化互相融合，梵淨山地區少數民族形成了敦厚淳樸的民俗風氣。比如梵淨山環山各府、州、縣官員以及土司對梵淨山佛教都培護有加，他們或共同踏看，開砍山道；或親赴山巔，為民求雨；或捐資建廟，迎清高僧；或樹碑禁伐，保護風水。上有所好，下必甚焉。他們對梵淨山的培護形成了民間崇信佛教風氣，如梵淨山西側的思南府“思郡寺為多，觀百之一耳……舉郡屬計之，衣緇者不下數千人”。東側的鬆桃廳“廳屬寺觀之建，由都市以達村落，道相望也……寺以供佛，觀以奉道……廳地寺居其九，觀居其一。緇黃之資以生者，不下千人。”