元太祖以雄才大略，創曆史之新紀元，詎日中則昃，月盈則虧，不及百年，而此轟轟烈烈之局麵日趨衰亡之境。元室既弱，群雄紛起，朱元璋崛起濠泗之間，輾轉血戰十餘年，蕩平群雄，一統天下，定都金陵，是為明太祖。太祖以一布衣應運而興，恢複漢室舊疆，固亦一代之雄；惟性猜忌，即位後，不事遠圖，日惟以殺戮功臣為能事，武功不振，內外離心。其後，瓦剌猖獗於北，安南緬甸恣擾於南，東有倭寇之禍，西有吐魯番之患，可謂極四麵楚歌之淒涼，故終明一代，隻擁有本部十餘省，較漢唐全盛時代之幅員不及半耳。
明季文弱，無力靖邊，坐令藩屬破碎支離，降至清初，天山北路為蒙古族衛拉特四部所據。四部者：曰土爾扈特，曰杜爾伯特，曰和碩特，曰準噶爾，而統稱之曰漠西厄魯特，其中以準噶爾為最強；天山南路則為回族諸部所有。後經康熙、雍正、乾隆三朝相繼用兵，始複略有天山南北諸地。乾隆二十四年，設總統將軍於伊犁，並設參讚大臣及總督等官以資鎮撫。複劃烏魯木齊以東為迪化州，隸甘肅省。其於投誠之準部多封以王公台吉，皆世襲；對回部各城則設紮薩克及伯克各官分治之。列戍開屯，修城築堡，凡有益於軍國大計，福利民生者，莫不實事求是，以鞏固西陲，基是，西域晏然無事者凡百餘年。
西域地處遐荒，路途迢遙，交通多阻，消息隔閡，主政者每一意孤行，橫征暴斂，殘民以逞。迨鹹同之際，迫使強者揭竿而起，時又適值洪楊之變，用兵東南，新疆武事廢弛，陝西回教阿訇（阿訇為回教中師傳之稱）妥明乘機潛入新疆，據烏魯木齊以起事；複有回教徒金相印，據南疆之喀什噶爾，引安集延酋長阿古柏帕夏為助，陝西白彥虎應之。帝俄乘機以大兵入占伊犁，烽火彌天，全疆糜爛。同治三年，天山南北各地盡失。朝中震恐，時議士如雲，意見各異，李鴻章等主和派以亂事初平，民兵交疲，兼以強鄰窺伺，處處易啟外交關係，製動全局，主放棄新疆，屯田安西，閉玉門關以自守，上然之。時左宗棠任陝甘總督，督師隴右，聞之，力持不可，上疏力爭，謂：“……重新疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以衛京師。西北臂指相聯，形勢完整，自無隙可乘；若新疆不固，蒙古不安，匪特陝甘，山西各邊時虞侵略，防不勝防，即直北關山亦將無晏眠之日。”此公可謂獨具眼光也。其奏議中有雲：“臣一介書生，位極人臣，今年已六十有五，何敢妄貪天功，惟伊犁既歸俄有，阿古柏又據喀什噶爾，若置之不聞，必有日蹙百裏之勢，後患何堪設想。”左氏以垂暮之年，不避艱辛，其忠誠為國之情，溢於言表，上大感動，決出師西征。時穆宗已崩，德宗即位，光緒元年三月以左宗棠為欽差大臣，督辦軍務。翌年二月，左氏率師出塞。大軍西指，勢如破竹，屢克名城，威震天山南北，不數年盡複其地。惟伊犁一隅尚為俄有，左氏原欲乘新勝餘威，以武力解決之，詎清廷以連年兵連禍結，不擬重擾人民，議用外交方式以取勝。
新亂既定，左氏為謀長治久安兼防帝國主義之野心計，上書建議設為行省，以杜覬覦兼可鞏固邊防。奏入，朝廷以伊犁未歸，不果。六年秋，左氏被召入京備谘詢，命劉錦棠督辦新疆軍務。七年正月，伊犁事件經外交使臣曾紀澤交涉，卒以九百萬盧布贖回。其後，劉錦棠又奏請設省。十年詔許之，承乾隆時所命名：稱之為新疆省，簡稱新省，以迪化為省會。民國仍之。