1988年5月頒布的《國務院關於深化科技體製改革若幹問題的決定》（即29號文）提出科研機構以多種形式長入經濟，逐步實現科研機構的調整和科技資源的合理配置，以避免單純依靠行政手段進行調整所帶來的種種弊端和矛盾。為貫徹此文件精神，北京市科研院所在實現科技與經濟相結合的實踐中，探索出多種行之有效的形式。如進入企業集團、領辦或承包企業、合作研究開發、接受企業委托科研項目等，為企業開發新產品新技術、調整企業產品結構服務；為首都高新技術商品化、產業化服務；為區縣綜合開發服務。
在這期間，科研院所在市政府的專項資金支持下，開始建立高技術實驗室，到1990年底先後建立了“北京市植物細胞工程實驗室”等10個高技術實驗室，推動了高技術應用開發研究工作的進展。也為以後的“穩住一頭，放開一片”創造了條件。這一階段的改革，主要是圍繞科技運行機製進行改革，側重於改革科技撥款製度，開拓技術市場，增強科研機構活力，實行院所長負責製、各種承包製，以多種方式長入經濟，如：創辦、領辦企業、建立各種產、學、研聯合體，建立高新技術產業開發區等。引導科技工作麵向經濟建設主戰場。
3.突破性進展階段（1992年~1998年）
1992年，科技體製改革正式進入以組織結構調整為主的階段。中共中央確立了建立社會主義市場經濟體製作為我國經濟體製改革目標後，科技體製改革也進一步深化，力爭在20世紀末初步構築起適應社會主義市場經濟體製、符合科技自身發展規律、科技與經濟密切結合新體製的基本框架。
1992年，國家科委、國家體改委印發了《關於分流人才、調整結構，進一步深化科技體製改革的若幹意見》、1996年國務院《關於“九五”期間深化科技體製改革的決定》，使科技體製在進一步深化運行機製改革的基礎上，加大了組織結構調整和人才分流的力度。分別不同情況，推動絕大部分技術開發類機構轉變為企業，尤其是科技企業；引導和支持一批科技實力較強的大院大所與相關大企業聯合或組成企業集團；推動一批科研機構向科技服務業轉移。
1993年開始在勞動人事製度上有了新的舉措。北京在全國較早地試行了全員聘任製。全市科研院所普遍建立了聘任上崗、離崗待編，編餘安排等用人製度，以及與之相適應的分配製度，在一定程度上調動了科技人員的積極性，並為以後深入的人事製度改革和人才的合理流動打下了基礎。同時啟動了《北京市科技新星計劃》加強對青年骨幹科技人才的培養，以解決科技領軍人才年齡結構不合理及可持續不斷檔問題。
1996年，北京市科委、市體改委等部門為落實“穩住一頭，放開一片”的方針，進行了科研機構的結構調整與人才分流。
①以政府投入為主，組建若幹新型科研機構，保持一支精幹、高水平的科技隊伍，從事應用性基礎研究、高技術研究和有關首都長遠發展的重大研究工作（穩住一頭）。
②推動80%~90%的科技人員以多種形式、多渠道進入經濟建設主戰場（放開一片）。
③分類推動科研深化改革。④實行“一定、兩改、三高”工程目標責任製（一定：定所長任期目標。兩改：一是結構調整，人才分流；二是轉變機製。三高：高水平科技成果，高素質科技人員，高社會經濟效益）。
為深化改革，1998年北京市科委、市體改委根據改革中存在的主要問題製定主要改革措施有：
①以產權製度改革為突破口，實現無形資產與有形資產的優化組合。
②鼓勵科研機構通過各種方法盤活存量。
③在“九五”期間可繼續保留科研院所名稱，享受各項優惠政策等。
為更好地“穩住一頭”，北京市科委印發了《北京高技術實驗室（研究中心）管理辦法》，組建和完善一批有優勢和特色的高技術實驗室，其主要任務是根據首都經濟建設和社會發展的需要開展應用研究、高技術研究、社會公益性研究和重大的科技攻關活動。這一階段主要是按照“穩住一頭、放開一片”的改革方針，積極有序地推進人才分流、結構調整的試點工作，探索建立新型科技體製的思路和措施。