4.實質性進展階段（1999年~2005年）
在這一階段以對技術應用開發類科研機構企業化轉製、社會公益類科研機構分類改革為重點，有力地促進了結構調整和機製轉變，加速了高新技術產業化和創新體係建設。
1999年8月中共中央、國務院發布了《關於加強技術創新、發展高科技，實現產業化的決定》提出要進一步深化科技體製改革，全麵優化科技力量布局和科技資源配置，形成有利於技術創新和科技成果轉化的體製和機製。
為貫徹中央上述精神，北京市提出了《關於市屬技術開發型科研院所轉製意見》進一步推動技術開發型科研院所轉製，加速以企業為主體的技術創新體係的建設。科研院所可自主選擇轉製方式，並製定了配套政策，為改革創造優良的大環境。
通過5年的改革大部分技術開發類機構完成了企業化轉製。科技成果產業化的規模和效益大幅提高，技術創新能力持續增強。
1999年12月北京市委提出的《加強技術創新，發展高科技，實現產業化的意見》指出：從首都經濟社會發展急需和關鍵問題出發，實施首都“二四八工程”。
總體目標是：集成首都科技資源，加快中關村科技園區建設，構建首都區域創新體係，依靠科技進步全麵推動首都經濟和社會的發展。為貫徹十六大提出的全麵建設小康社會的奮鬥目標和北京市第九次黨代會確定的“新北京、新奧運”的戰略構想，必須以“三個代表”重要思想為指導，落實“以人為本，全麵、協調、可持續”的方針，深化二四八工程，進一步加強創新體係建設，自2003年初，提出了繼續深化科技體製改革，實施一、二、三工程設想。即一個轉變，兩個加強，三大行動。
一個轉變是實現由院所高校為中心的技術主導型的創新體製向以企業為中心的市場主導型的創新體製轉變；兩個加強是加強科技創新資源向郊區縣的輻射、擴散；加強科技對城市發展、城市管理和社會發展方麵的支持。三大行動是：①實施“引擎行動”，促進企業成為創新主體；②啟動“湧泉行動”，完善區域創新體係；③推進“科技奧運行動”，用科技手段全麵促進社會發展。
2003年，為全麵貫徹黨的十六大關於完善科技服務體係、推進國家創新體係建設的精神，提倡中介機構麵向社會開展技術擴散、成果轉化、科技評估、創新資源配置、創新決策和管理谘詢等服務活動，有效降低創新創業風險、加速科技成果產業化進程，科技部確定2003年為科技中介機構建設年，大力推進科技中介機構建設。根據上述精神，北京市出台了多項有關政策、規定，有力地促進了科技中介機構的發展。據不完全統計，到2003年北京地區有科技中介機構近五千家，其中53家是以促進科技成果產業化為宗旨的科技企業孵化器，三十多家是以科技型中小企業為服務對象的生產力促進中心，以及科技人才服務中心、工業設計中心、新材料中心、軟件促進中心、生物和新醫藥中心、可持續發展中心、農村服務中心等一批專業化服務中心。
隨著科技體製改革的深入發展，科技管理體製也在不斷改革和加強。2005年，在全國現行科技管理體製的基礎上，北京市啟動實施了以技術領域為支撐、以經濟社會目標為引領的科技工作主題計劃。主題計劃改變了過去以單一手段、組織單純性技術研發項目的傳統做法，強調以經濟社會發展需求為目標，通過項目、公共政策、財政資金、軟科學研究、社會智力、國際合作等多種手段的協同運用，實現大規模的資源組合，放大項目群體的集聚效應和外部影響，從而增加研究開發的強度，提高科技計劃的管理效能，在戰略層麵上解決突出問題和主要矛盾，為獲取重大技術突破和社會經濟效益提供可能。
這一階段的改革，在促進科技與經濟緊密結合，注重發揮科技的社會功能、優化科技係統結構和創新體製建設等方麵，邁出了實質性的步伐，科技中介機構得到了蓬勃發展，科技管理體製得到了加強，為首都經濟社會建設奠定了堅實的基礎。
三、成效科技體製改革的成效是難以用統計數字描寫概括的，其真正意義並不在於我們邁出的步子是大是小，而在於整個科技界在改革實踐中已取得了認識上和決策思想上的一致；在於近年來廣大科技人員的精神麵貌、科技工作與經濟建設的結合是建國以來最好時期；在於北京市科技工作已在較少震動的情況下，向新體製邁出了關鍵的第一步。改革的成效應從整體上、全局上，從長期的與潛在的績效上來描述。
（一）觀念轉變改革是由人完成的，目的是為了創新和發展，因而人的開拓精神和創造性思維就成為改革的主體。隻有衝破舊觀念和心理上的種種阻力，打破習慣勢力，研究新情況，解決新問題，才能有行動上的轉變和改革上的突破。
科技體製改革的步步深入是伴隨著科技人員思想上的一次次解放，觀念的不斷更新而進行的。例如實行科研責任製是在打破平均主義分配方式的思想束縛而提出的；核減科研單位事業費，是在衝破科研單位吃國家“大鍋飯”是天經地義的思想阻力中實施的；衝破技術成果具有商品屬性的禁區，才使技術交易首先得以在北京興起；排除認為搞“三保一掛”是提倡“短期行為”，是追求科研院所的自我完善等主觀片麵的認識，才使科技承包經營責任製取得令人信服的成績。
觀念的轉變具體表現在：
（1）從單純科研型向科研經營型轉變，樹立了市場經濟觀念。從以計劃需要和科技發展為導向，轉變到以市場為導向，根據經濟、社會發展的需要，實現科研成果的開發和應用。從不計成本盲目追求高、精、尖，轉變為創造社會經濟效益，講求科研效率、拚爭知識產權。
（2）從完全封閉型轉向開放型，增強了聯合、協作觀念。從單純依靠政府和本單位自我積累轉向開展國內外合作，實行優勢互補，多方籌措資金。通過實施各種產、學、研聯合體，使科技人員樹立了橫向聯合思維，不但汲取了知識也開拓了思維的廣度和深度。
（3）解放思想，提高創新性思維能力。過去行政幹預多，條條框框多，從而束縛、抑製了人們的創新精神。通過科技體製改革啟發科技成果的研究者和接受者的好奇心和獲得利益的價值觀，讓人們放開手腳按客觀規律和社會實踐需要去思考、去實踐、去幹事業，提高了創新能力。
（4）在成果應用上，樹立了產業化意識。從滿足於科技成果轉讓、推廣，轉向與創辦科技企業的結合，實現高新技術產業化、規模化，形成經濟發展新的生長點。
（5）在利益分配上，樹立了效益優先觀念。從吃國家和單位的“大鍋飯”，安於平均分配，轉向按效益、貢獻業績大小進行分配，重獎有突出貢獻的科技人員，體現按勞分配多勞多得。