（三）分類改革，試點先行改革
既要有大刀闊斧的氣勢，又要穩步推進。應有領導、有步驟、分類型的通過試點取得經驗再加以推廣。改革的不平衡性，決定了改革的多樣性，各種模式的探索必須經過試驗才能進一步推廣。全市一百多個研究院所分布的領域和行業很分散，其服務功能各不相同，不能“一刀切”。
首先是把研究所按其功能劃分為技術開發型、社會公益型、和“一所兩製”型，並製定了相應的政策措施和不同的考核指標。其次是要按每個研究所的實際情況進行核減事業費。無論是哪種類型，改革措施出台前都要試點先行。因為改革的探索性，在政策出台前避免引起大的波動，使改革的力度保持在群眾能夠接受的範圍，在每次改革新舉措出台前先在一部分院所中試點，如科研責任製是在市勞動保護研究所等四個研究所試點，然後在20個研究所試點，最後擴大到全市範圍。通過試點，使改革的政策措施，在實踐中得到檢驗、補充、完善，然後再推廣到麵上，這種由“點”到“麵”、穩步推進的做法，使群眾的智慧和經驗在改革的實踐中得到顯示和吸納，保證改革正確有效地進行，把風險與損失減到最小。
（四）發動群眾，探索創新
20年來科技體製改革，使北京市科研院所從封閉到開放，從單純科研到科研經營，從高度集中的計劃到發揮市場機製和調節作用，以實現科技資源動態優化配置的轉變。
這種“質”的飛躍是通過“量”的積累，穩步推進逐步實現的。從科研責任製到技術合同製、由科技承包經營責任製到全員聘任製，科技企業的股份製試點步步深化、層層推進，中間沒有大的爭議、大的曲折，是由於實施了“由群眾中來，到群眾中去”的工作方法。
其中比較突出的是建立了院所長研討會製度。科研院所改革是一項破舊立新的事業，既無先例可循，又不能照搬別人的經驗，隻能靠自己在實踐中不斷地探索、創新。院所長在院所改革中具有關鍵作用，為此發起成立了科研院所聯誼會。聯誼會經常召開研討會，根據當時改革中出現的難點、熱點問題，交流看法、集思廣益，找出解決辦法。各種改革政策在這些研討中逐步形成，具有了群眾基礎，也使院所長形成一種超前意識，增強了改革信心，為科學決策提供條件，使改革不斷得到完善和充實。
同時，在科技體製改革過程中也培養了一批敢於並善於改革的帶頭人，一批不怕艱辛、不畏阻力的院所長。直到現在院所聯誼會活動仍然堅持，繼續為院所改革與發展發揮作用。提倡群眾的創新思想，尊重群眾的首創精神。
在改革的實踐中，北京市科研院所根據改革的總體目標和各單位的實際情況，創造了許多推動改革和發展的新鮮經驗。這些作法是理論與實踐的結合，是群眾智慧的結晶。如在實行科技承包經營責任製中，在全國率先提出了“一所兩製”的模式；在高新技術的發展模式中選擇的“兩頭在內，中間在外”的發展道路；在分配製度上創造了結構工資製、內部聘任工資製、浮動工資製等做法，使科研院所改革和發展，出現了“目標一致，方式各異”的生動景象。
五、問題
北京市的科技體製改革已經走過了20年，取得矚目的成效，也遇到了前所未有的艱難，改革實踐充分證明了改革的長期性和艱巨性。由於科技體製改革是與當時的經濟、社會發展密不可分，且受其製約，不可避免的存在著一些問題，必須經過不斷完善改革，在改革和發展中不斷逐步解決，是一個由量變到質變的曆史過程，是不受人的主觀願望而轉移的。
改革初期的科技體製，是經過30年逐步建立起來的一個完整的組織管理係統，在改革中這個係統表現出強大的慣性，同時又受人們對改革的心理承受能力限製，改革本身又無成功模式可循，給改革增加了一定的難度。但在國家改革的正確方針指引下，北京市領導帶領廣大科技界，在不斷克服困難，解決各種問題中穩步前進。當前，在深化科技體製改革中存在著一些亟待解決的問題。突出表現在創新體係建設、發展與需求還不相適應，科技係統還不能更好地融入社會、經濟發展中去發揮更大作用。
（一）企業尚未真正成為技術創新的主體自主創新能力不強，缺乏具有自主知識產權的產品和核心技術，依賴進口受製於人。高技術產品高附加值占的比重小。由於市場經濟不完善，缺乏不斷創新的動力和壓力，傳統產業的要素閑置與高技術產業的資源短缺並存。
（二）科技係統在創新體係中尚不能發揮技術源泉作用
（1）社會公益性科研院所的改革尚處於起步階段，由於投入不足，創新能力較弱，不能滿足政府和社會發展對其的需求。由於改革的政策滯後，缺乏改革的動力和壓力，亟須製定與實施改革政策，加快改革速度。