（2）技術開發型科研院所轉製後尚存在很多實際問題。有些院所在轉製初期，經濟實力不強，產權製度改革難以進行；技術創新投入不足，產業化規模仍然不大，影響到科技發展，尚需社會保障體係和人事製度等改革配套進行。
（3）科技中介服務機構還不能發揮應有的作用。服務水平、質量和人員素質偏低缺乏競爭力。政府部門轉變職能還不到位，對科技中介機構的管理存在錯位，缺乏促進和規範科技中介機構發展的政策法規體係，存在著市場秩序不規範等問題。雖然北京市的科技中介服務谘詢機構林立，但力量分散，大多未形成規模，服務水平不高，缺少信譽，不能滿足科技與經濟、社會發展的需求，起不到應有的作用。
（4）科技宏觀管理體製仍然束縛著科技資源發揮出更大作用。在產、學、研之間、部門之間和軍民之間，體製分割，自成體係的現象較為普遍，不利於凝聚科研力量，優勢資源難以共享和集成，在一定程度上削弱了政府的宏觀調控能力。北京市的科技優勢資源多在科學院、高等院校和各部委，如何利用這些資源為首都經濟建設服務，尚缺乏有效措施。改革中出現的問題，是隨著改革深入而產生並解決的，因此每個時期均存在著不同的問題，需要我們不斷探索和創新，以推動改革持續穩步進行。
六、啟示經過20年科技體製改革的實踐，有力地證明，改革必須緊跟時代發展和科技進步的形勢，從體製、機製上研究和解決深層次的問題，不斷探索不斷創新，才能促進科技、經濟、社會的協調發展。回顧走過的改革曆程，得到的啟示是多方麵的。根據當前首都的發展戰略，科技、經濟、社會對科技體製改革的要求，北京科技體製改革和科技發展應堅持遵循市場經濟規律和科技發展規律，貫徹國家中長期科技發展規劃綱要和北京城市總體規劃要求，大力實施以中關村科技園區建設為核心的首都創新戰略，提高自主創新能力，促進企業提高核心競爭力。建立以企業為主體的產學研結合的創新機製，形成以自主創新帶動首都經濟增長，達到實現“創新型城市”建設目標。為實現上述目標，必須構建和完善首都區域創新體係，使各創新主體找準在創新體係中的功能定位，參加到社會、經濟大循環中去，發揮其應有作用。
（一）促進企業成為技術創新主體科技體製改革以來，始終是把加強企業科技進步作為改革的重點，因為隻有企業成為技術創新和投資主體，科技與經濟才能有實質性的結合，才能變首都科技優勢為競爭優勢。
1.支持以企業為中心形成新型產、學、研模式20世紀80年代科技體製改革初始，就是從簡單的產、學、研聯合體開始的，促進了科技與經濟的結合。實踐證明了這是一種有效的機製。
在新的形勢下，要求這種模式應由以院所為中心向以企業為中心轉變；由技術導向向市場導向轉變，理順市場與應用主體和研發主體之間的關係，從根本上建立起提高科技研發效率和促進成果轉化的體製保障。通過科技政策、科技計劃的導向和示範帶動，大力支持和引導科研院所與企業、基礎研究與產業應用、研發資本與實業資本之間的多種形式的結合，全麵形成以企業為中心的新型產學研結合機製，使科研院所在支持企業創新中得到自身發展
2. “以大帶小、以用帶研”重點支持企業做大做強重點支持一些骨幹企業突破關鍵技術並拿出科研經費麵向中小企業招標，共同開展研發活動。形成骨幹企業實力強勁，中小企業蓬勃發展的局麵。
3.激勵民營企業更快發展民營科技企業是科技體製改革的生力軍，並將逐步成為高新技術產業的主體和重要技術資源。要繼續製定和落實鼓勵民營科技企業發展政策，激勵民營科技企業平等參與政府計劃項目的競標和基金的申報，進一步支持高新技術企業推進產權製度改革，建立技術、管理等生產要素參與分配的創新激勵製度。
（二）充分發揮科技係統創新源泉作用科技係統改革應按創新體係的功能定位，從各個方麵、各個層次上進行改革，使科技資源達到最大的優化組合和集成互動創新，為社會經濟發展做出大的貢獻。
1.重點推動公益類科研院所的改革社會公益類科研院所的改革是一項複雜的係統工程，是政策性很強的工作，北京40家市屬社會公益類科研院所分屬20個主管部門，涉及多種學科領域，因此要充分探索借鑒開發型院所體製改革的經驗，試點先行、穩妥推進，在深化改革中持續發展。