①年度純收入——反映科研機構對社會的貢獻和經營水平；
②技術性純收入——反映技術商品化水平和科技轉化為社會經濟效益的程度；
③市內橫向聯合組織（包括進入企業）獲技術性純收入——反映為首都現代化建設定向服務的社會經濟效益。
（2）保科技水平。具體考核獲國家發明獎、自然科學獎、國家和部市兩級科技進步獎，以及獲準專利的數量和水平，采取分檔計分辦法。
（3）保科技後勁。具體考核對本單位職工提高智力和新購儀器、裝備等投資計劃的完成數額。
關於院（所）長任期目標責任製，是為了使其在任期內不隻是對完成本所承包的各項指標負責，而且應根據全市國民經濟發展的規劃，製訂出研究院所的中期、長期總體發展目標，以避免短期行為的產生。以上“三保一掛”內容，主要是指技術開發類科研機構。但“包幹製”（社會公益類）和“一所兩製”（企業一製，科研一製）的科研機構均參照此精神實施，隻是側重點不同。對技術開發類機構，突出經濟收入和科技成果轉化為生產力的社會經濟效益的指標。鼓勵這些院所逐步減少事業費，麵向首都經濟建設，增加技術出口創彙。對經費包幹的院所，突出科技成果的水平、推廣應用以及社會經濟效益。對於實行“一所兩製”的院所，要求創收、水平、社會經濟效益並重。例如，對農業科研機構重點考核為首都大農業發展副食品基地建設等方麵的成果及社會經濟效益；對醫學科研機構重點考核科技成果在臨床、醫療、預防等方麵的推廣應用；對軟科學單位重點考核其成果為各級政府部門管理、決策服務的數量、質量（被采納程度）及效益等等。
1990年年初，市科委對市屬科研院所改革和發展的情況進行了認真的分析。提出了“八五”期間“深化改革、強化發展、突出外向”的指導思想。對科研院所的二期承包提出了“鞏固、完善、前進”的總體思路。為了順利進行第二期承包，市科委與市體改辦、市財政局、市人事局、市稅務局等綜合部門共同簽發了《關於北京市市屬科研院所深化改革的若幹意見》，市科委與人事局共同簽發了《關於北京市市屬科研院所第二期“三保一掛”科技承包責任製實施細則》。明確規定繼續實行以所（院）長負責製和所（院）長任期目標責任製為前提、以宏觀的經濟效益和社會效益為主要考核指標、以“三保一掛”為主要內容的科技承包經營責任製，繼續執行一期承包的各項政策，其指導思想、承包形式、原則和政策措施不變。二期承包在總結一期承包經驗的基礎上，對考核指標的內容又進行了完善。
主要有：（1）在“保社會經濟效益”指標中，新增對科研院所的科技成果在本市的企業、科研生產聯合體和本單位形成的技術產品銷售額、出口創彙額等進行考核，考核結果直接與科研院所的工資總額或獎勵基金掛鉤，以引導科研院所進一步為首都的經濟建設服務。（2）在“保科技水平”指標中，新增對科研院所承擔國家、部、市重點項目完成情況的考核，要求院所進一步嚴肅認真地執行縱向科技計劃，確保完成各級政府下達的科研任務。（3）在“保科技後勁”指標中，新增對科研院所吸收新大學生、研究生及以自有資金投入後勁科研課題情況的考核，以增加後續科技人才和科技項目的儲備。（4）二期承包與一期承包相比，主要承包指標提高了30%到80%.
1990年，市屬科研院所“三保一掛”科技承包經營責任製第一期（1987-1900年）的指標按時全麵完成。根據進入承包的96個院所的統計，五項主要考核指標中，純收入完成2.33億元，超過計劃指標的84%；技術性純收入完成1.05億元，超過計劃指標53%；橫向聯合的技術性純收入1875萬元，超過計劃指標69%；後勁投入1.3億元，超過計劃指標96%.
1994年底提前一年完成了第二期（1991-1995年）“三保一掛”科技承包經營責任製的99個院所，提前超額完成了4項主要承包指標。1991-1994年實現技術產品銷售額26.2億元，超過五年承包指標的79%；實現純收入3.3億元，超過五年承包指標的26.3%；科技後勁投入2.1億元，超過五年承包指標的75%。
國家科委1991年5月13日以（91）國科發政字第337號文《關於轉發北京市市屬科研院所實行科技承包經營責任製的有關文件和領導講話的通知》向全國推廣。通知指出，北京市實行“三保一掛”科技承包經營責任製之所以取得顯著成效，關鍵是堅定不移地貫徹中央科技體製決定精神，保持改革的連續、穩定。北京市的做法值得借鑒，具有普遍推廣意義。
實行“三保一掛”科技承包經營責任製，其作用表現在：
（1）鞏固和支持了科研責任製和撥款製度改革的成果，進一步轉變了觀念，轉變了機製，增強了科研院所的活力承包製使科技人員的競爭觀念、風險觀念、經濟觀念、市場觀念、經營觀念和價值觀念都發生了深刻的變化。科研工作從選題立項開始，就注意適應經濟建設和市場的需要，從商品交換的可能性及其價值出發，運用市場調節原理，確定轉化為生產力的可行性和時效性，減少了科研工作的盲目性，增強了為經濟建設服務的主動性。據對83個市屬院所統計，1985年承接橫向科研任務564項，1990年達到約800項。科研院所的運行機製發生顯著變化，實現了從單純科研型向科研開發型的轉變，跳出了原來的“科研——試製樣品——論文（展示）”的模式，逐步向“科研——技術開發——生產——經營服務”即研、技、產、貿、服一體化轉變，科研院所直接進入首都經濟建設的主戰場，活力不斷增強。院所組織的收入逐年遞增。1986年國家撥款1元，科研院所組織收入1.6元-2.8元，即1:1.6-1:2.8；現在這個比例達到1:2.8，院所組織收入已達到上級撥款的兩倍多。
（2）推動了科研院所出成果、應用成果，科技成果水平明顯提高市屬83個科研院所承包前（1984-1986）年均出成果809項，承包後（1987-1989）年均出成果862項，承包後比承包前增6.6%.成果推廣應用的數量也逐年增加。
1986年是782項次，1988年是988項次，1989年是1299項次。1989年在本市推廣904項次，占當年總推廣項次的74%，1987-1989年三年年均獲獎成果數比1984-1986年三年年均獲獎成果數增8%，在此期間出了一批重大科技成果，1987-1990年間，科研院所共獲市科技進步獎一等獎212項，二等獎129項，並有48項科技成果獲國家級科技進步獎。
（3）科技承包經營責任製引導科研院所多形式、多渠道地為經濟建設服務科研院所在實現科技與經濟相結合的實踐中，探索出多種行之有效的形式。如進入企業集團、領辦或承包企業、技術轉讓、合作研究開發、接受企業委托科研項目等，為企業開發新產品、新技術、建立發展高新技術產業的生長點，為調整企業產品結構服務，為首都高新技術商品化、產業化服務，為區縣綜合開發服務，並發展國際經濟技術合作，推動技術產品出口等。
（4）科技承包經營責任製增強了科研院所的經濟實力和發展後勁在這段時間，全市科研院所的技工貿總收入以年均42.8%的速度遞增，到1990年超過3億元，是1986年的0.72億元4倍多；院所的固定資產（原值）以年均5000萬元的數量增加，由1986年的5.1億元上升為1990年的7.2億元。