科技承包經營責任製的實施，院所的“三保”指標與職工的工資或資金掛鉤，使得職工特別是科技人員的生活有了改善。據對25個技術開發型科研機構統計，1987年的工資總額為2127.88萬元，到1990年達到2627萬元，增長了26.3%.並基本體現了按勞分配的原則，初步改變了平均主義吃大鍋飯的現象。當然科技承包經營責任製也存在一定的局限性。例如，強調了經濟指標，有的單位就不太重視科研水平的提高，項目趨向“短、平、快”；有的研究院所出現了層層往下承包，甚至夫妻店的現象，這是執行中的問題。又如承包製促進了研究院所的自我發展和自我完善，但是不能解決宏觀結構調整問題，不能解決同類科研機構重複設置、科研課題在較低水平上的重複等弊端。還有考核指標不能完全反映科研工作的特點，科研工作具有積累性、不確定性和超前性，承包者往往隻追求眼前利益。
“一定兩改三高”工程目標責任製在“穩住一頭，放開一片”方針的指導下，中共中央、國務院《關於加速科學技術進步的決定》和國務院《關於“九五”期間深化科學技術體製改革的決定》明確指出，推動科研院所更好地調整結構，分流人才，轉換機製，提高科技水平，增強科技後勁，推動科技力量以多種形式、多種渠道進一步進入經濟建設主戰場，引導院所為經濟建設、社會發展和科技事業發展做出更大的貢獻。
從1996年起，在市屬科研院所實行“一定兩改三高”（簡稱一、二、三）工程目標責任製。1994年第二期“三保一掛”科技承包經營責任製提前一年完成，為了很好貫徹上述《決定》，完善科技承包經營責任製，市科委會同市體改委等七個部門頒發了《關於北京市市屬科研院所實行一定兩改三高工程目標責任製暫行辦法》。
“一定”即根據首都經濟建設和社會發展的需要，結合自身的優勢和特色等實際情況，找準位置。“兩改”即進行結構調整、人才分流和轉換機製兩項改革。“三高”是在“一定”的指導下，通過“兩改”實現的具體目標。“三高”的內容和指標包括：高水平的科技成果、高素質的科技人才和高的社會經濟效益。各院所要按照“一定兩改三高”的要求，根據自身的實際情況，製定出“九五”期間實施“一定兩改三高”工程目標責任製的方案，經主管局（總公司）審核後，報市科委批準。由市科委、主管局（總公司）與院所簽訂“一定兩改三高”工程目標責任製協議書。“一、二、三”工程目標責任製頒布以後，受到院所積極響應。到1996年底有76家院所與科委簽訂了協議書，1997年又有30家院所簽訂了協議書。
1996年3月17日市科委會同市體改委等部門頒布了《關於北京市市屬科研院所實行一定兩改三高工程目標責任製暫行辦法》。
1998年3~4月，為了促進北京市科研院所進一步解放思想，轉變觀念，深化改革，加快科技體製改革和發展的步伐，組織市太陽能所、農科院、自動化研究院等23個科研院所的院所長，對11個省及直轄市的科技體製改革情況進行調研考察，學習和借鑒外省市深化改革的經驗和好的做法。
1998年10月30日市科委會同市體改委等七個部門發布了關於印發《關於進一步貫徹“國務院關於‘九五’期間深化科技體製改革的決定”深化市屬科研院所體製改革的若幹意見》的通知。
1998年10月製定了科技係統結構調整的總體規劃。為了搞好科技係統的結構調整，起草了科技係統結構調整的總體規劃，對中央和市屬科研院所、高等院校和企業科技在新的體製、體係中的定位進行統籌研究，探索有效結合，發揮作用的新模式，加強科技資源的綜合優化配置。
（1）總體規劃的主要內容建立30~40個新型科研機構（高技術實驗室），成為我市科學研究體係的骨幹力量。
（2）推動技術開發類科研院所以多種形式實現企業化或企業化管理，成為我市技術開發體係的中堅力量我市約有60個技術開發類科研院所，其中：──有10個左右院所創辦科技企業集團──有10個左右院所進入企業集團──有30個左右院所，成為為中小企業、鄉鎮企業服務的科技服務組織──有10個左右小型科研院所，采取租賃、出售、兼並、承包經營等多種形式轉為科技企業，或改組為股份合作製科技企業。
（3）推動農業和社會公益類科研院所分類改革“一、二、三”工程目標責任製調動了廣大科研人員的積極性，取得了很好的效果。據統計，1997年院所技工貿總收入達到26億元；獲國家部市獎230人次，比1996年提高64%；上交稅金4200萬元，比1996年增長17%；培養高素質人才484人，比1996年增長75%.以上種種措施的結果，為1999年開發類科研院所轉製作好了思想和組織準備。
中試基地建設北京市屬科研院所通過幾年的改革，“麵向”首都經濟建設的意識明顯提高，“麵向”的作用也日益得到發揮。但是，由於市屬科研院所“麵向”能力不足，尤其是中間試驗環節薄弱，極大地限製了院所“麵向”能力的提高。為此，市委、市政府決定支持市屬科研院所中試基地建設。中試基地建設對科研院所深化改革、促進科技成果轉化發揮了積極的作用。
（一）北京市屬科研院所中試基地的三個發展階段
1.基礎建設階段中試基地從一開始就按照改革的內容和要求予以十分明確的功能定位，一是加速成果轉化，使科學技術由潛在生產力迅速轉化成現實生產力；二是麵向市場、開拓市場，在試驗與實踐中，增強科技創新能力的物質基礎。實踐證明這個方針是正確的、富有成果的。中試基地在這個階段主要以自身的基礎建設為主，主要任務是：明確自身科技優勢和中試內容、健全組織機構、配齊人員、落實資金和場地、完善儀器設備等，使中試基地正常投入運轉並取得一定的經濟效益。
在中試基地的改革與發展上，明確要求中試基地：①為科研院所改革探路，特別是科研院所在市場經濟條件下的運行模式；②培養人才，特別是經營管理型的複合型人才；③為科研院所創造更大的經濟效益。
2.續建階段對一部分科研院所的中試基地進行了續建。續建的目的是進一步完善中試成果或擴大中試內容，進一步為向產業化過渡創造條件。
3.工業性試驗和產業化階段中試基地在實踐中已突破“中試”原有的概念和功能，其內涵和外延在不斷的充實和擴展。工業性試驗階段是為中試技術產品產業化做最後準備，其標誌是產業化的工藝不再調整，而是連續大量生產，中試是對工藝的考驗和驗證。
（二）北京市中試基地產品的產業化形式的大致模式
1.在院所係統內另建產業基地許多中試基地由於地理位置、場地麵積和周圍環境的製約，現有的生產條件也很難滿足產品上規模，進而影響其產業化。為了產業化，一些院所另辟新地，組建以接受中試基地為主要產品來源的產業化基地。
例如：北京醫療器械研究所將中試成熟的技術、產品輸送到位於昌平園區的產業化基地，使其上規模，形成規模效益。這種模式是許多院所正在采用和準備采取的。
2.中試基地自身發展成產業基地對中試基地自身具有產業化條件的采用此模式，這樣可以縮短規模化周期，節約資金。
如北京太陽能研究所以熱管─真空管太陽能集熱器中試基地為基礎，成立桑普公司，就地實現產業化。