4.課題層次結構的優化。即根據當前和將來的市場需求，課題設置實行遠近結合，確保研究開發既有近期活力，又有強大的後勁。
5.運行機製的優化。即形成以市場為導向、以科技為依托，研、技、工（農）、貿一體化的運行機製，逐步形成規模經營的能力，創造盡可能大的社會經濟效益。
科研院所實行係統優化組合後，建立起了新一輪人事分配製度。具體反映在以下幾方麵：
（1）公開招聘科研院（所）長。1988年北京市在部分院所進行了公開招聘或民主選舉所長的試點，突破了一貫實行的委任製，給人事製度改革帶來了新的生機和活力。
（2）建立聘用上崗、離崗待聘、編餘安排的內部用人製度。1988年北京市科研機構中的50個單位實行優化組合，進行人員結構優化，涉及1.6萬名職工，占市屬科研機構職工總數的64%，有近2000人次屬待聘或編外之列。
（3）引入競爭機製，實行聘任製，對中層幹部確立崗位責任，答辯聘任上崗。
（二）試行全員聘任製市屬科研院所實行科技經營承包責任製後，迫切要求進行勞動人事分配製度改革，以便進一步提高院所的管理水平。實行全員聘任製，即以合同方式確定用人關係，引入競爭機製，用人單位與科技人員可以雙向選擇。在全員聘任的基礎上科研院所繼續實行優化組合的人事製度和與之相應的分配製度，從而使科研院所建立起具有內在動力和活力、幹部能上能下、人員有進有出、分配有高有低的運行機製。為確保全員聘任製辦法的實施，北京市有關部門製定並發布了三個文件，即《關於北京市市屬科研院所全員聘任製試行辦法》、《關於北京市市屬科研院所試行全員聘任製待業保險暫行辦法》和《北京市人才交流服務中心關於試行全員聘任製的科研院所待業人員管理暫行辦法》。同時進行試點，逐步推開。
（三）實施科技新星計劃在“七五”末、“八五”初期，為了解決北京市因高級專業技術人員相繼退休而出現的人才斷檔的問題，市委、市政府根據經濟社會發展的需要，從人才戰略的需求出發，決定從1993年開始由市科委組織實施北京市科技新星計劃。目的是選拔和培養一批能夠擔負起跨世紀科技創新重任的青年科技帶頭人，從而加速北京市科技骨幹隊伍的建設，促進首都經濟的發展和社會進步。
北京市科技新星計劃的實施可以分為兩個階段，第一階段：1993年~2001年；第二階段：2002年至今。
第一階段，在當時特定的曆史時期，特有的環境下，新星計劃的最初目標定為：選拔一批高水平的青年科技人才，培養成為能擔負跨世紀重任的新一代科技帶頭人。選拔的範圍是市屬科研院所、市屬高等院校及本市其他企事業單位的青年科技骨幹，年齡一般不超過35周歲。培養方式為通過資助其獨立開展科研工作，參與國際合作，促其脫穎而出。培養周期為五年。2002年為適應北京城市經濟社會的快速發展以及首都“二四八創新工程”的實施。
北京市科委不斷探索培養學科帶頭人的新途徑，在總結經驗深入調研的基礎上，修改出台了新的《北京市科技新星計劃管理辦法》，加大了計劃實施的力度，增強了資金投入，突出解決了新星計劃與北京地區國家級重大科研項目及北京市重大科技項目的結合，通過科研大項目吸引穩定青年科技人才，資助其在培訓、國際交流、個人業務素質等方麵的培養，實施人才培養與國家計劃、國際水平和重大產業的三對接，實現了新星計劃依托重大科研項目的新的人才培養方式。
新的管理辦法將新星計劃的實施目標確定為培養造就一批思想政治素質高、具有創新精神的青年科技帶頭人和科技管理專家，逐步形成優秀青年科技專家群體，並分為A、B兩類進行資助。
A類計劃是為正在承擔國家級科技項目、北京市重大科技項目、北京市自然科學基金項目的負責人或主要參加者，為其進行相關的培訓、交流、申請專利、發表論文、出版專著等提供培養經費，提高其綜合素質，促進科研項目的順利實施。使科技創新與人才培養緊密結合，做到既出成果，又出人才。
B類計劃是為具有高素質的青年科技人員獨立承擔科研項目提供啟動性研究經費，加速促進青年科技人員的成長和發展。根據建立首都區域創新體係的需要，充分發揮在京科技資源優勢，新的管理辦法增大了計劃的開放程度，擴大了資助範圍，麵向北京地區的企事業單位的青年科技骨幹，培養人數擴大到100名，培養周期調整為3年。同時采取盡可能多的手段為青年科技人才的成長營造良好的環境和氛圍，開創了新星計劃工作的新篇章。在新星計劃實施的第一階段，共有九批281人入選，其中具有博士學位的占65%，副高級以上職稱的占72%，入選人員平均年齡32歲。2002年~2005年，新星計劃共有418人入選，其中A類計劃入選255名，B類入選163名；具有博士學位的占74%，具有副高級以上職稱的占52%，非市屬單位的占46%，有80名歸國留學人員入選。
北京市科技新星計劃的實施，取得了較好成績：
（1）塑造了一批科技帶頭人。
計劃實施的頭九年中，已有一大批青年科技人才逐漸成長起來，絕大多數已在各自的研究領域裏做出了有特色、有創新的工作。他們中有的已成為863、973、國家自然基金的專家組成員；有的成為“長江學者獎勵計劃”特聘教授；有的已獲得了國家傑出青年科學基金；有的作為學科帶頭人承擔著國家重大科研項目；有的在國家級行業學會任職；此外還有部分入選人員已經為國際學術界所承認，成為國際學術機構的成員，在他們各自的領域中嶄露頭角。
（2）培養了一支科技戰線的生力軍。
新星計劃是以項目為依托的人才培養計劃，入選人員作為項目的承擔人，製定研究方案，組織實施，從而培養和鍛煉了青年科技人員的科研能力和組織管理能力。承擔項目、獨立開展科研工作的能力大為提高，科技戰線生力軍的作用逐漸顯現。
（3）達到了既出成果又出人才的目的。
（4）產生了一批優秀的複合型人才。
新星計劃的實施不僅提高了入選人員的科研能力，而且經過相關科研管理知識的培訓和實踐，一批複合型人才脫穎而出，成為既有較高學術造詣又有較強科研能力的專家。
據不完全統計，擔任局級以上領導職務的有7人，54人擔任所級以上職務，有46人在國內外學術團體擔任理事以上職務。
（5）吸引、穩定了一批海外留學人員。
海外學子是一支十分寶貴的科技創新力量，新星計劃支持那些立足國內、勇於開拓創新的人員。截止2001年底有31名入選人員是從海外留學歸國的人員，他們大部分是回國後就得到了新星計劃的支持，這給了他們極大的鼓舞，他們非常珍惜回國後得到的第一次機會，都能高質量地完成合同任務。
（6）造就了一批獻身科技事業的青年科技典範。
科技新星計劃的入選人員不僅在科研上成果顯著，而且在各自的崗位上也起到了表率作用，一些同誌還獲得了各級政府授予的榮譽稱號，其中包括全國勞動模範、“五一”勞動獎章、北京市“五四獎章”、優秀青年知識分子、國家跨世紀優秀人才等。