另據2003~2004兩年的不完全統計，第二階段入選人員獲科技進步獎共123人次，其中國家科技進步一等獎2人次，獲北京市科技進步二等獎17人次，國家發明獎3人次，獲北京市科技進步二等獎以上55人次，入選人員以團隊的形式獲獎數量增多，共計15組。新星計劃入選人員取得了很好的成績，共發表論文1728篇，其中被SCI、EI收錄的論文729篇。在承擔科研課題方麵：入選人員承擔和參與課題任務961項，科研成果獲獎充分體現了科技新星入選人員的學術創新水平與學術帶頭作用。
科技計劃改革國家科技計劃是政府有目標、有步驟、有組織、有措施地在全國範圍內開展科學技術研究開發活動的基本組織形式之一，是實現科技資源合理配置的重要手段，是在市場經濟條件下，體現國家意誌、彌補市場不足的一項非常重要的科技管理工作。科技計劃由目標、期限、範圍、組織機構和實施方案等要素組成。
1985年以來，隨著我國政治、經濟和科技形式的不斷變化，我國的科技管理逐步從以科技規劃為核心，轉變為一係列中期和年度科技計劃為主要內容的管理方式，陸續實施了科技攻關計劃、國家重點實驗室建設項目計劃、“863”計劃、國家自然科學基金計劃、星火計劃、火炬計劃、國家科技成果重點推廣計劃、國家基礎性研究重大項目計劃（攀登計劃）、社會發展科技計劃、“973”計劃等，計劃體係逐步完善，經曆了從麵向經濟發展到支撐社會全麵發展、引領未來的深刻體製變革。
首都聚集了全國最豐富的科技和人才資源，為進一步優化首都科技資源配置，提高首都高新技術的研究、開發和產業化能力，同時適應國家宏觀政策環境的調整，北京市科委不斷加強科技計劃的規範管理，並對科技計劃體製不斷進行改革。十一屆三中全會以來，北京市實施了一係列的科技計劃：1986年開始實施星火計劃，1987年開始實施工業技術振興計劃，1988年開始實施火炬計劃、科技成果推廣計劃、“城市建設與城市管理科技發展計劃”（1995年改為“社會發展科技計劃”），並將軟科學納入科技計劃並實施專門管理。
為指導、推動和扶植應用基礎研究和高新技術的基礎研究，穩定研究隊伍，1990年開始實施自然科學基金計劃。隨著時間的推移，科技計劃體製需要不斷完善。
原來計劃體係中的科技項目和課題往往存在規模小、力量分散、麵麵俱到的問題，缺乏解決經濟、社會發展中的重大問題的能力。為克服這些弊病，根據“有所為、有所不為”、“集中力量辦大事”的精神，適應新時期首都經濟發展對科技計劃的要求，市科委於2000年正式製定了以落實市政府提出的“首都二四八重大創新工程”的基本結構為主體，以現代農業、社會發展、光機電一體化等若幹領域為補充的新的科技計劃體係，並以集中優勢資源組織重大項目的方式，於2001年開始實施科技重大項目計劃。
從2000年開始，科委在計劃管理上將分段式計劃改為領域式計劃，在處室職能設置上將行業式設置改為領域式設置。針對重點領域設置業務處室和專項計劃，如信息技術、生物醫藥、新材料、社會發展、農村發展等，將相關行業、技術綜合起來通盤考慮，在一個領域覆蓋了從研究開發到成果轉化和產業化全過程，明確了目標，突出了重點，避免了過去分段式計劃容易產生的交叉重複問題。
同時，調整支出結構，科三費、事業費統籌使用。在保證市屬公益類院所正常性經費預算前提下，所餘經費麵向全社會開放，引人競爭機製，運用財政性資金這一經濟杠杆調動全社會科研積極性，激發創新活力。這一改革極大的釋放了科技經費的潛能，便利了兩種經費的統籌使用，對重大項目形成了強有力的經費支撐。為進一步轉變政府職能，提高科技管理水平，從2005年起，市科委開始實施主題計劃，為推動經濟結構調整和增長方式轉變，促進“新北京，新奧運”戰略構想的實現提供科技支撐。
主題計劃是為落實科學發展觀，貫徹科技發展戰略，利用科技手段解決經濟與社會發展中的突出問題和主要矛盾而謀劃並實施的專門工作。實施主題計劃的實質，是調整政府科技管理模式和科技計劃體係的重心，實現由側重技術導向的科技管理方法向側重企業、市場和社會需求的科技管理方法的根本性轉變。北京的科技計劃體製改革體現了現代發展理念，就是“不求所有，但求所在”。科技計劃體製改革促進了中央科技資源、地方科技資源以及其他各種科技資源全方位、多層次、多渠道的對接和融合，加強了多元結構創新主體的構建，形成了科技創新及其產業化整體推進的態勢；促進了政府職能的轉變，政府主管部門不再參與具體的微觀研發行為，而把主要的精力放在搭建研發的基礎平台和改善科技政策環境上。
（一）星火計劃星火計劃的核心是“科技興農”，目的是要使科技人員貼近大眾，貼近農村，將先進適用的科學技術引向農村，引導廣大農民依靠科技發展農業，促進鄉鎮企業科技進步，提高勞動生產率，推動農村和農村經濟持續、快速、健康發展。
自1986年開始實施以來，產生了顯著的經濟效益，推動了鄉鎮企業的科技進步，促進了區域經濟的開發和支柱產業的形成和發展，推動了京郊工、農業和城鎮建設的整體發展，促進了農業科研開發和成果推廣，促進了人才培養和勞動者素質的提高，推動了星火科技軟科學研究和政策的落實與完善。為進一步推動星火計劃的發展，市科委加大了經費支持力度，在“十五”期間為星火投入科技經費5000多萬元，這些資金的引入，給星火計劃提供了強大的資金支持。
（二）火炬計劃為把高科技研究的成果轉化為生產力，促進高技術研究成果的商品化，推動高新技術產業的形成與發展，引導產業結構向高層次轉移，促進高新技術走國際化發展道路（即高新技術“商品化、產業化、國際化”），1988年北京市開始實施火炬計劃。
火炬計劃發展的重點領域包括電子信息、新材料、生物技術、機電一體化、新能源、高效節能及環境保護技術。火炬計劃主要內容是：創造高新技術產業發展的經濟社會環境條件；鼓勵創建高新技術企業，辦好高新技術產業開發區；組織實施火炬計劃項目；推動高新技術產業的國際化；培養適應於高新技術產業發展的經營管理人才。實施以來，北京市組織實施了十幾批近兩千項火炬計劃項目，實施項目從最初的每批不足50項到現在的每批100項以上，立項項目的科技含量也有了大幅的提高，承擔過國家自然科學基金、國家863計劃、國家攻關計劃等計劃的項目逐年增長，許多項目已達到或接近國際先進水平。北京市高新技術產業得到了長足發展，通過不斷開拓、創新，現已進入高速發展階段，產業規模迅速擴大，已初步形成了以中關村科技園區為主導、高新技術企業為主體、電子信息產業為支柱、科技創新為動力的發展格局。1997年以後，國有銀行的商業化改革使銀行放貸、特別是對發放風險較高的科技貸款更為審慎，科技貸款難度相對增加，火炬計劃項目的實施受到一定影響。
（三）科技成果推廣計劃為有組織、有計劃地將大批成熟、適用、先進、高效的科技成果，推入國民經濟主戰場；動員全社會的力量，支持科技成果推廣，在農村、企業大麵積、大範圍地組織實施，盡快形成規模效益，促進科技與經濟的結合，1988年開始實施成果推廣計劃。大批推廣項目經過推廣，在大麵積應用中顯示出很強的生命力，農業科技成果推廣已從單一技術推廣發展到向農業高產、高質、高效的配套技術係統化推廣；工業科技成果推廣，大批節能、降耗、節材新技術、新工藝、新材料在企業中得到廣泛的應用；城市建設與管理方麵的優秀科技成果推廣，為首都城市建設和發展發揮重要作用。2001年10月，根據《北京市關於進一步促進高新技術產業發展的若幹規定》，市科委、市計委、市財政局聯合印發了《北京市高新技術成果轉化項目認定辦法》，用優惠政策鼓勵高新技術成果轉化。從2003年開始，科委設立農業科技成果轉化資金，支持農業科技成果的推廣應用。