（二）為院所轉製解決了許多關鍵問題在推進院所轉製的過程中，市政府十分重視轉製優惠政策的落實，成立了由市科委、市體改委、市人事局、市勞動和社會保障局、市工商局、市國稅局、市地稅局、市編辦、市財政局、市經委、市技術監督局等11個有關部門組成的轉製工作辦公室。
（1）關於轉製院所加入企業養老保險問題的解決辦法我市的實際情況是，67個轉製院所中有33個沒有事業費，因此不能完全按照勞社部發（2000）2號文的辦法實施。市勞動局、市科委、市財政局根據市政府京政辦發（1999）76號文件中關於原有的事業費繼續撥付，主要用於解決離退休人員的社會保障問題的精神，決定用34家院所保留的離退休人員事業費解決了67家轉製院所的養老保險統籌問題。
（2）關於稅收政策的落實轉製院所從2000年1月1日起至2004年底止，五年內免征企業所得稅、免征科研開發自用土地的城鎮土地使用稅。
（3）為轉製院所解除不良資產的包袱為使轉製院所輕裝進入市場，市財政局按有關規定，核定批準40個轉製院所核銷資產2.63億元。
（4）市屬院所企業化轉製中的注冊登記工作得到了市工商局領導和有關處室的熱情支持和具體幫助。市屬轉製院所企業注冊登記采取集中時間，集中辦理的形式，為轉製院所注冊登記節省了時間。轉製院所注冊登記和變更登記工作，按期完成。
（5）在2001年底，經市政府同意，市科委出台了《關於市屬轉製科研院所離退休人員執行事業單位離退休費政策的具體意見》。補貼所需經費，轉製前有保留科學事業費關係的轉製院所，由科技經費給予部分補助。沒有事業費的自收自支轉製院所，補貼所需經費由單位自籌資金解決。
（6）2002年，市科委積極采取措施，推動轉製科研機構深化產權製度的改革。這大大推動了轉製院所積極進行股份製改造工作。
北京市屬轉製科研機構實現產權製度在做法上有兩個特點：一是轉製與改製分兩步走，先轉製後改製。二是轉製院所改製根據各自的特點和實際情況采取了不同的改製模式。如北京市機電研究院以京城機電控股公司為主發起人，聯合有實力的首創科技投資公司、北京控股公司等發起設立了北京機電院高技術股份有限公司，於2002年7月18日正式掛牌。北京粉末冶金研究所的國有股全部退出，實行全民營的股份製改造方案已經主管部門批準，2003年3月底完成工商注冊。北京橡膠研究院由民營企業收購。北京製藥工業研究所轉製為北京雙鶴現代醫藥科技有限公司後，又於2001年底改製為雙鶴研究院，成為上市公司——雙鶴藥業的研發中心等。
（三）轉製取得了較好的效果
（1）產業化規模穩步擴大，經濟效益明顯增加。近些年產品銷售收入以20%~30%的速度增加。
（2）科技創新能力增強，發明專利大大增加，取得了一批重大科技成果，創新投入研發經費保持在近一億元（其中橫向及自籌占60%以上）的水平。
（3）科技人員的收入每年以10%~15%速度增長，科技人員相對穩定。
（四）轉製院所存在的困難與問題
（1）吸引並穩定優秀科技人才的能力不足，主要還是這些單位的經濟實力不足。
（2）在建立現代企業製度，實現產權製度改革時仍然麵臨一些體製性障礙，科研院所缺乏改革的自主權，上級行政主管部門往往是改革的關鍵。
（3）科研經費難以得到保障，在增強持續創新能力的投資上大為減少，科研開發的後勁不足，仍然處於“求生存”的階段。
（4）產業化麵臨資金和經營管理經驗不足。因此，科研院所的高新技術產業仍然存在規模不大的問題。
（5）科研與產業化均缺乏對優秀人才的激勵機製，難以最大限度地調動科技骨幹和經營管理骨幹的積極性。
（6）富餘人員缺乏適當分流安置的渠道，仍然是轉製院所的沉重負擔。
市屬社會公益類科研機構分類改革根據國務院關於科技體製改革總體部署，1999年中共北京市委下發了《關於加強技術創新，發展高科技，實現產業化的意見》，明確提出：“社會公益型科研機構要實行分類改革，可轉為科技型企業、整體或部分進入企業、轉為企業型的中介服務機構；對於向社會提供公共服務、無法得到相應經濟回報的科研機構，在調整結構、分流人員的基礎上，按非營利機構運行和管理”的要求，北京市科委研究確定了北京市屬科研院所體製改革的工作進度：對社會公益類院所的改革，1999年完成調研工作，並提出進一步深化改革的具體方案，2000年啟動。
北京40家市屬社會公益類科研院所分屬20個主管部門，涉及醫學、環境保護、勞動保護、農林、環衛、園林、體育、公用事業、市政工程、水利、交通、軟科學等多個學科領域，具有相當的複雜性，對它們的改革，市科委采取了以試點示範引導，逐步推進的辦法。即以科學發展觀為指導，以發展為目標，以改革為手段，在改革中發展，在發展中改革；深入調查研究，實事求是，一所一策，不搞“一刀切”，政府引導，經費支持，指導院所先進行內部改革，邊探索、邊總結、邊推動；以機製、體製改革為重點，調整學科功能定位，實行開放、流動、競爭、協作機製；不盲目調整事業費，而是把改革發展和經費支持結合起來，綜合考慮；委內聯動，依靠主管部門推動改革；以製度進行規範，依據製定的管理辦法推進改革試點工作。
2000年5月16日至17日，市科委於召開市屬農業及社會公益類科研院所轉製和分類改革研討會，主要研討市科委起草的《關於市屬農業及社會公益類科研院所轉製和分類改革的意見》（初稿），要求大家進一步提高認識，加快農業及社會公益類科研院所轉製和分類改革工作，製訂好轉製和分類改革方案。
2000年5月22日，市科委印發《關於市屬農業及社會公益型科研院所轉製和分類改革的意見》的通知，要求2000年5月25日前，各有關市屬科研院所的轉製方案，經主管部門審核同意後，報市科委。由市轉製工作辦公室彙總審核後報市政府審批。
2000年6月12日，市科委向市政府報送了《關於提請審批市屬社會公益型科研院所轉製和分類改革方案的請示》，其中北京市市政工程科學研究所等2個科研機構轉為科技企業，北京兒科研究所等23個科研機構實行“一所（院）兩製”，北京老年病醫療中心等16個科研機構按非營利科研機構管理。
2000年6月29日，市政府辦公廳下達了《關於批準41個市屬社會公益型科研機構轉製和分類改革方案的通知》，同意41個市屬社會公益型科研機構轉製和分類改革方案，要求科委盡快印發方案，並會同有關部門抓緊組織方案的實施工作，確保轉製工作順利進行。
2000年7月6日，市科委發布了《關於印發41個市屬社會公益型科研機構轉製和分類改革方案的通知》。文件下發後，轉企院所辦理了企業注冊登記手續；實行“一所（院）兩製”和非營利性科研機構管理的科研院所，進行了人員結構調整和分流途徑的探索。