2001年8月，科技部召開了社會公益性科研機構改革座談會，進一步明確了對公益院所體製改革的要求：
有麵向市場能力的機構（占總數的一半）要向企業化轉製；以提供公益性服務為主的科研機構，有麵向市場能力的也要向企業化轉製。主要從事應用基礎研究或公共服務、無法得到相應經濟回報、確需國家支持的科研機構，仍作為事業單位，按非營利性機構運行和管理。這類機構要優化結構、分流人員、轉變機製，按照總體上保留不超過30%工作人員的要求，重新核定編製。
2002年3月7日，市科委組織召開了深化市屬公益院所體製改革工作部署會，要求各院所的上級主管部門負責，按38號文件要求，研究確定所屬公益院所體製改革的總體方案報市科委。
2003年6月科委黨組審議同意《提請黨組審定啟動市科技研究院和市環保局所屬社會公益類科研機構分類改革的請示》後，啟動了市科技研究院、環保院、農科院等單位的改革試點工作。
2004-2005年，在相繼啟動勞保所、首兒所、市政工程院、農科院畜牧獸醫研究所、老年病中心、臨床所、眼科所和體科所等單位改革試點工作的基礎上，經過對國內外科研院所改革情況的調查研究，根據北京市屬社會公益類科研院所的實際情況，形成了新的公益類院所改革思路：將改革重心由外部調整轉向內部機製轉變，並設立改革與發展專項，通過政策性經費的引導作用，促進院所進行以需求為導向的學科調整、以高效精簡為原則的運行機製轉變，建立固定崗位與流動崗位相結合，開放、競爭的公益科研人才隊伍，加強高技術實驗室和中試基地的建設，積極引導公益院所與其他相關社會主體建立更緊密的聯係，充分發揮公益院所凝聚中央在京科技資源的平台作用，形成資源共享、條件精良的社會公益科研體係，增強公益院所的創新能力，提高公共服務水平，更好地承擔起與現代化城市相適應的公共服務職能。
高新技術產業開發區中關村科技園區（原名北京市新技術產業開發試驗區）起源於二十多年前的“中關村電子一條街”。它是科技體製改革的產物，是在一定地域內運用各種優惠政策，促進科技與經濟結合，進行綜合改革的試驗區；是高新技術發展與產業化的示範區。多年來，中關村科技園區努力探索和實踐具有中國特色的、以自主創新為核心的高科技產業的發展道路，對北京市經濟增長方式轉變、產業結構調整做出了重要貢獻。一批具有自主知識產權的高端技術和產品持續湧現，留學人員創業企業、境內外上市企業、院所轉製企業、跨國公司等一批高新技術企業集群不斷發展壯大，善於把握技術和市場、聯通海內外的一批科技企業家脫穎而出，投融資、知識產權製度、信用體係、政府行政等領域體製機製創新的步伐加快，現代化科技園區的空間麵貌初步形成，勇於創新的中關村文化繼續得到豐富和發展。中關村科技園區“五年上台階”的主要任務和目標已經基本完成，企業的自主創新能力大幅度提升，園區的綜合競爭力和企業的核心競爭力邁上新台階。
1987年11月30日，新華社記者連續發了4篇有關“電子一條街”的報道，立即引起中央的關注。中央聯合調查組經過了2個多月的調查，完成了《中關村電子一條街調查報告》，總結了中關村的經驗，並提出建立高新技術開發區的建議。
1988年5月10日經國務院批準，5月20日北京市人民政府以京政發[1988]49號文頒發了《北京市新技術產業開發試驗區暫行條例》，中關村科技園區作為我國第一個國家級高科技園區成立，開始了第一次創業。
1999年6月5日，國務院發布了《關於建設中關村科技園區有關問題的批複》，提出了建設世界一流科技園區的戰略性任務，中關村的發展與建設跨入了一個新的曆史階段。《批複》
明確要求把中關村園區建設成為“一區三基地”，即“實施科教興國戰略和實現兩個根本性轉變的綜合改革試驗區、具有國際競爭力的科技創新示範基地、科技成果孵化和輻射基地、高素質創新人才培養基地”。
2000年12月8日北京市人大常委會通過了《中關村科技園區條例》。國務院領導和北京市委、市政府提出了園區建設要“一年一個樣，三年大變樣，五年上台階，十年創一流”的奮鬥目標，由此拉開了中關村“二次創業”的序幕。經過多年的建設，已經形成了“一區七園”且各具特色的格局。七園即：海澱園、未名園、昌平園、電子城科技園、亦莊科技園、德勝園和健翔園。
2005年7月19日溫家寶總理主持召開國家科技領導小組第三次會議，聽取並原則同意北京市人民政府《關於進一步做強中關村科技園區的彙報》，國務院各部委正共同研究支持做強北京中關村科技園區若幹政策措施。據統計，2004年，園區高新技術企業總數達到1.4萬家，比1999年增加了9500多家；實現銷售收入3692億元，是1988年的263倍，1999年的3.5倍，年均增長達到20%以上，約占全國高新區總量的七分之一；生產總值760.9億元，相當於2004年北京市地區生產總值的17.8%，比1999年增加了7.4個百分點；企業上繳稅金141.8億元，是1988年的278倍，1999年的3.5倍。
年收入超過10億元的大企業達到63家，比1999年增加了52家，收入過億元的企業達到473家，比1999年增加了363家。並湧現出了一批像聯想、方正、四通、紫光、同方、時代、用友等名牌高新技術企業和柳傳誌、段永基、王選、張本正、魏偉民、王洪德、王文京、鄧中翰等知名的科技企業家。
中關村科技園區走出了一條以企業為主體、依靠高新技術自主創新發展先進生產力的道路，率先從“中國製造”向“中國創造”邁進。園區成為我國活躍的創新企業集聚區之一，並開始參與全球高端科技和經濟資源配置。推進體製機製創新，為首都和全國實施科教興國戰略和經濟體製改革提供了寶貴經驗。中關村科技園區作為我國世界級科技園區的代表，它所麵臨的許多問題還需進一步摸索和探討。對於中關村的發展模式，中關村的科技結構和產業結構，中關村的管理體製和創新機製，中關村的創新創業支撐體係，中關村的資本市場和融資渠道，中關村的企業產權激勵機製等還需進行研究。
民營科技企業1978年黨的十一屆三中全會確立了全黨工作重點的轉移，在改革開放大潮中，民營科技企業異軍突起。它是中國知識分子的偉大創舉，率先崛起於北京中關村，開啟了全國民營科技創業先河。北京作為全國最大的科技與智力密集區，其地緣和區位優勢得天獨厚。民營科技企業率先在全國崛起，曆經二十多年的發展已經成為一支蔚然壯觀的科技產業大軍，其影響所及，遠遠超出科技界，成為北京乃至中國科技體製改革的一枝奇葩。
北京民營科技企業既是科技體製改革的產物，更是科技體製改革成功的標杆。它在解放科技生產力、促進科技成果轉化，促進科技產業的形成和高新技術產業開發區的發展，培養科技企業家人才群體，創造就業機會，創造和豐富社會主義物質文明與精神文明，創建有特色的首都經濟、加快實現北京現代化建設等方麵，都做出了不可磨滅的貢獻。經過二十餘年的風雨曆程，北京民營科技企業已經從1980年的第一家民辦科技機構，發展成2004年的15000多家，50餘萬名科技人員活躍在民營科技企業中，創造了3800多億元的技工貿總收入，約占北京地區生產總值的20%.曆史留下了這樣的足跡：