2003年，是科技部確定的科技中介機構建設年。為全麵貫徹黨的十六大關於完善科技服務體係、推進國家創新體係建設的精神，科技部提倡建設麵向社會開展技術擴散、成果轉化、科技評估、創新資源配置、創新決策和管理谘詢等服務活動，有效降低創新創業風險、加速科技成果產業化進程，大力推進科技中介機構建設。
2003年2月24日，北京市人事局頒發了《北京市留學人員專項資金管理辦法（試行）》的通知，進一步貫徹落實《北京市鼓勵留學人員來京創業工作的若幹規定》，營造更好的創業環境，規範北京市留學人員專項資金的管理工作，提高專項資金在鼓勵留學人員來京創業工作或為國家服務、開展科技創新方麵的效益。
2003年8月1日，北京市科委頒發了新的《科研計劃項目研究成果知識產權管理辦法》。
新《辦法》規定，項目承擔者在申請項目時，要提出該項目的創新之處，將其納入日後的考核內容，並隨時對階段性的科研成果采取有效的知識產權保護措施。未履行保護措施的項目，北京市科委今後將不予受理，且該項目的承擔者兩年之內原則上將不得再承擔政府科研項目。
2003年5月16日，北京市成立知識產權服務中心。該中心是經市編辦批準成立的事業單位，主要從事：專利信息服務、專利技術查新檢索、知識產權法律谘詢服務、專利申請谘詢服務、專利技術的分析評估、涉外知識產權糾紛、專利侵權行為的舉報投訴和案件登記移送、知識產權訴訟代理、知識產權宣傳培訓，等等。據不完全統計，到2003年北京地區有科技中介機構近5000家，其中53家是以促進科技成果產業化為宗旨的科技企業孵化器，30多家是以科技型中小企業為服務對象的生產力促進中心，以及科技人才服務中心、工業設計中心、新材料中心、軟件促進中心、生物和新醫藥中心、可持續發展中心、農村服務中心等一批專業化服務中心。從業人員16萬餘人，涉及技術、信息、法律、融資、會計等20多個領域，中關村科技園區已擁有百餘個為高新技術企業、科研院所、高校提供服務的中介機構，具有區域鮮明特色的服務網絡已在地區形成，各區縣也根據自身的特點建設中介服務網。北京科技中介機構的行業協會作用日趨明顯，全行業創造的服務增加值已占北京市GDP的2.66%.這一階段，北京市科技中介機構得到了蓬勃發展，科技中介機構的總體框架開始初步形成，科技中介機構進入了經濟發展的各個領域，一些重點科技中介領域已經初具規模，並開始與國際接軌，為首都經濟的發展奠定了堅實的基礎。
鼓勵在京設立科技研發機構隨著科技體製改革的進一步深入，在市場經濟體製下培育新型的研發機構體係，逐步列入政府的重要議事日程。北京擁有得天獨厚的科技資源優勢，市政府抓住機遇，製定優惠政策，吸引了越來越多的跨國公司、國內外知名企業在京設立研發機構。初步統計，至2004年年底，北京地區擁有各類研發機構約1500家。其中，以國家級在京科研機構為主體的國有科研機構的人均科研經費大幅提高，基礎研究能力得到增強；市場導向特征明顯的企業研發活動大幅增加，企業用於R&D的經費占全地區R&D經費的比重2004年已增長到了43.7%，成為科技轉化為生產力的重要支撐；跨國公司和外埠企業集團競相進入，成為北京研發活動的新生力量，已經有390家跨國公司在京設立研發機構，其中192家開展了研發活動，2004年投入R&D經費比2000年增長了194.6%，成為提高北京研發水平、壯大高新技術產業的重要力量。北京的研發創新格局展示了良好的勢頭，研發體係呈現主體構成多樣化、科技經費來源多樣化、研發活動國際化、研發隊伍本地化、研發競爭態勢強勁化的特征，一個國際化、多元化的技術創新體係正在北京形成。
為發揮首都人才聚集、科教資源豐富的優勢，營造各類研究開發機構發展的良好環境，促進科學技術進步，增強區域創新能力，加快知識型服務產業發展，提高首都經濟的質量和效益，使北京能夠形成一個全國研發產業的聚集地，1999年6月11日北京市人民政府出台了《關於鼓勵在京設立科技研究開發機構的暫行規定》。