為加大對科技研究開發機構的支持力度，市政府對上述規定進行了修改，2002年8月26日重新頒布了《關於鼓勵在京設立科技研究開發機構的規定》。新政策的特點是：在政策的適用範圍上，對不同所有製、不同行政隸屬關係的研究開發機構一視同仁，並在自主創新、降低研究開發成本等方麵提供支持。至2005年11月，經市科委認定的研究開發機構共有72家，其中外資機構23家，部委在京機構14家，北京市屬機構20家，外省市企業在京設立的機構15家。
2005年7月，為貫徹落實《北京市鼓勵在京設立科技研究開發機構的規定》，鼓勵企業有效利用與優化配置科技資源，提高自主創新能力，推動企業成為技術創新的主體，市科委研究製定了《北京市科技研究開發機構自主創新專項資金管理辦法》，設立專項資金，采取“無償資助，擇優支持”的原則，對符合條件的研發機構給予20萬元至40萬元的資助。資助範圍包括研究開發、擁有自主知識產權或核心技術成果及有利於高效利用與優化配置科技資源的自主創新的機製與模式。
研發機構自主創新專項工作啟動後，共有23家研發機構申報2大類項目62項。經專家評審市科委確定17家研發機構、32個項目符合條件，並予以資助，資助額度共計440萬元。2005年11月16日，市科委舉行新聞發布會，向社會公布北京科技研發機構首批自主創新專項資金評審結果。
首都二四八重大創新工程
1999年12月，在北京市委的八屆四次全會上，發布了《中共北京市委關於加強技術創新，發展高科技，實現產業化的意見》，《意見》指出：“從首都經濟社會發展急需和關鍵問題出發，確定一批技術先進、有較大市場潛力的科技攻關與產業化示範項目，重點是實施‘首都二四八重大創新工程’（以下簡稱‘二四八工程’）”。
實施“二四八工程”，是北京市委、市政府麵對世紀之初新經濟的挑戰，借鑒國內外發展高科技的成功經驗，並結合北京的城市特點和比較優勢而作出的重要戰略決策。實施“二四八工程”是北京發展高科技、實現產業化的一個著力點，是創建首都區域創新體係的重大舉措，是推進首都經濟發展的根本性手段。
“二四八工程”的實施，將形成對北京高新技術產業和中關村科技園區的全麵技術支撐，並對北京產業結構調整和持續創新能力的提高產生重要而深遠的影響。
“二四八工程”包括：建立首都創業孵化體係和首都經濟創新服務體係兩大體係；建設北京軟件產業基地、北京北方微電子基地、北京生物醫藥基地和北京新材料基地四個基地；實施數字北京工程、高清晰度數字電視產業化工程、大直徑半導體矽晶片及大規模集成電路產業化工程、能源結構調整及清潔燃燒技術產業化工程、現代生物技術產品產業化工程、綠色食品及良種工程、水資源可持續利用工程和北京保護臭氧層工程等八大示範工程。“二四八工程”自身是一個有機的整體，其中建立兩個體係有利於逐步形成市場化、社會化的創新機製和環境；建設四個基地旨在建立基礎設施良好、資源人才密集的創新平台；實施八大工程則為創新成果的產業化提供了示範模式和有效途徑。
（一）建立新型的組織管理體係“二四八工程”采用了新型的組織管理體係。
首先，在行業層次建立協調機製，建立了北京信息化工作領導小組、北京生物工程和新醫藥產業領導小組等；建立了北京微電子基地建設協調會議製度、北京軟件產業基地建設協調會議製度等，負責行業領域的組織協調工作。在此基礎上，充分運用市級協調機製，通過市長辦公會、市長專題會、市級協調會等，研究製定“二四八工程”的工作計劃和政策措施，協調解決有關重大問題。形成、完善了上有市級領導決策、協調，中有相關委局辦組織推動，下有研發機構和產業部門承擔落實的網絡化的組織管理模式，為“二四八工程”的順利實施提供了組織體係方麵的保證。
（二）積極改善政策環境為了配合“二四八工程”的實施，北京市政府製定了一係列的政策措施。