2000年6月，市政府辦公廳發布了“首都二四八重大創新工程實施綱要”。“綱要”論述了“二四八工程”的重要意義以及與首都經濟的關係，闡明了工程的目標、內容和任務，確定了工程組織實施的方法與手段，成為指導“二四八工程”實施的重要文件。隨後又發布了《關於加快科技企業孵化器發展若幹規定》和《首都經濟創新服務體係建設綱要》，以指導兩個體係的建設。在此期間，市政府發布的相關政策規定還包括《關於貫徹國務院鼓勵軟件產業和集成電路產業發展若幹政策的實施意見》、《北京市軟件開發生產企業和軟件產品認證及管理辦法》、《北京市政務與公共服務信息化工程建設管理辦法》等，這些政策法規的頒布為“二四八工程”的順利實施營造了良好的政策環境。
（三）取得一批重大成果三年來，“二四八工程”組織實施重大項目，取得了一批重大技術突破和成果。
研製成功了基於LINUX的第一代共享桌麵操作係統揚帆1.0版和2.0版，結束了我國無法自主選擇操作係統的曆史；方舟1號、方舟2號，龍芯1號、眾誌等一批具有自主知識產權的芯片相繼研發成功，使我國在微電子領域取得重大突破；高溫超導線材成功進入國際市場，使我國與美國、丹麥一起成為世界上僅有的三個擁有高溫超導線材核心技術和生產能力的國家；中芯國際投資12.5億美元建設8-0.18微米、12-0.13微米生產線，為北京微電子產業發展奠定了重要基礎；創紀錄地組織17家大醫院和科研機構開展“病毒性肝炎”聯合攻關，打破了醫學研究“個體化”的傳統；2003年底完成了20輛電動公交樣車，確定了城區和密雲兩條線路並已投入試運行，電動汽車的研發與應用走在了全國的前麵；化學品相關緊急事故處理及決策支持信息係統、公眾緊急救助995係統的研究為我市防災體係建設提前進行了準備；農業信息化體係經過兩期建設已經在京郊建立了覆蓋到村的信息化網絡，在戰勝SARS、預防禽流感工作中發揮了重要作用。
（四）凝聚各方創新力量，創造了首都發展的新活力“二四八工程”實施以來，廣泛動員和發掘各種創新力量，形成了各類創新資源彙聚北京、積極參與首都建設的生動局麵。
中央與地方資源充分融合，合作態勢良好。市政府與中國科學院、中國工程院、國防科工委及清華大學、北京大學等十一家中央在京單位簽署了全麵合作協議。北京-清華工業開發研究院等一批麵向北京、服務首都的機構相繼成立。同時還吸引了200多家中央在京單位承擔科技研究任務，爭取到了國家主要科技計劃11.3億元的支持。
一個轉變、兩個加強、三大行動2003年底，市科委在深化“二四八工程”的基礎上，提出了“一二三”的科技工作思路，在全國率先進行了以企業為主體的創新機製、以需求為導向的科技管理改革的全麵探索。
“一二三”的主要內涵是：“一”即一個轉變，實現由院所、高校為中心的技術主導型的科研體製向以企業為中心的市場主導型的科研體製轉變；“二”即兩個加強，加強科技創新資源向郊區縣的輻射、擴散，加強科技對城市建設、城市管理和社會發展方麵的支撐；“三”即三大行動，重點實施提高企業競爭力和支持產業發展的“引擎行動”，實施促進科技向區縣流動、提升區縣活力的“湧泉行動”，實施利用奧運契機、以科技手段提高城市建設和管理水平的“科技奧運行動”。
“一二三”工作思路，重在推動科技管理工作由主要著力於組織科技項目向發掘、整合首都科技資源轉變，變科技資源優勢為首都發展的競爭優勢，不斷提高自主創新能力，使科技創新真正成為推進北京市現代化進程的先導力量。這一思路的實施，使北京在推進科技體製改革、加強區域創新體係建設方麵走在了全國的前列。2005年6月，國務院常務會議審議《國家中長期科學技術發展規劃綱要（草案）》時提出，“突出企業技術創新的作用，把以企業為主體、產學研結合的技術創新體係作為全麵推進國家創新體係建設的突破口”。