市屬社會公益類科研機構分類改革根據國務院關於科技體製改革的總體部署，1999年中共北京市委下發了《關於加強技術創新，發展高科技，實現產業化的意見》，明確提出：“社會公益型科研機構要實行分類改革，可轉為科技型企業、整體或部分進入企業、轉為企業型的中介服務機構；對於向社會提供公共服務、無法得到相應經濟回報的科研機構，在調整結構、分流人員的基礎上，按非營利機構運行和管理”，北京市科委研究確定了北京市屬科研院所體製改革的工作進度：對社會公益類院所的改革，1999年完成調研工作，並提出進一步深化改革的具體方案，2000年啟動。北京40家市屬社會公益類科研院所分屬20個主管部門，涉及醫學、環境保護、勞動保護、農林、環衛、園林、體育、公用事業、市政工程、水利、交通、軟科學等多個學科領域，具有相當的複雜性，對它們的改革，市科委采取了以試點示範引導，逐步推進的辦法。即以科學發展觀為指導，以發展為目標，以改革為手段，在改革中發展，在發展中改革；深入調查研究，實事求是，一所一策，不搞“一刀切”，政府引導，經費支持，指導院所先進行內部改革，邊探索，邊總結，邊推動；以機製、體製改革為重點，調整學科功能定位，實行開放、流動、競爭、協作機製；不盲目調整事業費，而是把改革發展和經費支持結合起來，綜合考慮；委內聯動，依靠主管部門推動改革；以製度進行規範，依據製定的管理辦法推進改革試點工作。
2000年5月16日至17日市科委召開市屬農業及社會公益類科研院所轉製和分類改革研討會，主要研討市科委起草的《關於市屬農業及社會公益類科研院所轉製和分類改革的意見》（初稿），要求大家進一步提高認識，加快農業及社會公益型科研院所轉製和分類改革工作，製訂好轉製和分類改革方案。
2000年5月22日市科委印發《關於市屬農業及社會公益型科研院所轉製和分類改革的意見》的通知，要求各有關市屬科研院所的轉製方案，經主管部門審核同意後，於2000年5月25日前報市科委。
由市轉製工作辦公室彙總審核後報市政府審批。
2000年6月12日市科委向市政府報送了《關於提請審批市屬社會公益型科研院所轉製和分類改革方案的請示》，其中北京市市政工程科學研究所等2個科研機構轉為科技企業，北京兒科研究所等23個科研機構實行“一所（院）兩製”，北京老年病醫療中心等16個科研機構按非營利科研機構管理。
2000年6月29日市政府辦公廳下達了《關於批準41個市屬社會公益型科研機構轉製和分類改革方案的通知》
，同意41個市屬社會公益型科研機構轉製和分類改革方案，要求科委盡快印發方案，並會同有關部門抓緊組織方案的實施工作，確保轉製工作順利進行。
2000年7月6日市科委發布了《關於印發41個市屬社會公益型科研機構轉製和分類改革方案的通知》。文件下發後，轉企院所辦理了企業注冊登記手續；實行“一所（院）兩製”和非營利性科研機構管理的科研院所，進行了人員結構調整和分流途徑的探索。
2001年8月科技部召開了社會公益性科研機構改革座談會，進一步明確了對公益院所體製改革的要求：
有麵向市場能力的機構（占總數的一半）要向企業化轉製；以提供公益性服務為主的科研機構，有麵向市場能力的也要向企業化轉製。主要從事應用基礎研究或公共服務、無法得到相應經濟回報、確需國家支持的科研機構，仍作為事業單位，按非營利性機構運行和管理。這類機構要優化結構、分流人員、轉變機製，按照總體上保留不超過30%工作人員的要求，重新核定編製。
2002年3月7日市科委組織召開了深化市屬公益院所體製改革工作部署會，要求各院所的上級主管部門負責，按38號文件要求，研究確定所屬公益院所體製改革的總體方案報市科委。
2003~2005年2003年6月，科委黨組審議同意《提請黨組審定啟動市科技研究院和市環保局所屬社會公益類科研機構分類改革的請示》，相繼啟動了市科技研究院、環保院、農科院、勞保所、首兒所、市政工程院、農科院畜牧獸醫研究所、老年病中心、臨床所、眼科所和體科所等單位的改革試點工作。