高新技術企業每年用於研究開發的經費要達到年銷售額的百分之五以上。國家支持和鼓勵大型企業集團提取一定數量的資金，集中用於共性、關鍵性和前沿性重大科技問題的研究開發和產業化的投入。企業的技術改造要以市場為導向，注重發揮已有的基礎和潛力，注重與高新技術產業發展相結合。技術改造起點要高，防止邊改造邊落後。國家每年要有重點地支持一批對國民經濟有戰略意義和有市場、有效益的國有大中型企業的技術改造項目，經過科學論證並獲批準的可給予貼息支持。鄉鎮企業也要努力提高技術創新能力，在開發應用先進技術和改善經營管理方麵邁出更大的步伐。
4.推動應用型科研機構和設計單位實行企業化轉製，大力促進科技型企業的發展。進一步深化科技體製改革，全麵優化科技力量布局和科技資源配置。
應用型科研機構和設計單位原則上要轉為科技型企業、整體或部分進入企業、轉為中介服務機構等。政府將通過科技項目招標方式，繼續對這些科技型企業從事的共性、關鍵性、前沿性產業技術研究活動予以支持。
現有社會公益型科研機構要實行分類改革：對於有麵向市場能力的科研機構，要轉為科技型企業、整體或部分進入企業，或轉為企業性的中介服務機構；對於向社會提供公共服務、無法得到相應經濟回報的科研機構，在調整結構、分流人員的基礎上，按非營利性機構的機製運行和管理，政府主要通過扶持政策、競爭擇優方式提供科研項目和基地建設經費。
國務院部門所屬科研機構（包括實行企業化轉製的科研機構），除少數由中央管理外，一般要按屬地化原則管理。國家經貿委管理的10個國家局所屬科研機構已經實施企業化轉製，為整體推進科研機構體製改革提供了有益經驗。科研機構轉製為企業後，要建立現代企業製度，充分發揮麵向市場研究開發和開展技術創新的優勢，盡快形成一批擁有自主知識產權、具備國際競爭能力的高科技企業或企業集團，成長為富有活力的新的經濟增長點。
5.加強國家高新技術產業開發區建設，形成高新技術產業化基地。建設高新技術產業開發區，是我國經濟和科技體製改革的重要成果，是符合我國國情的發展高新技術產業的有效途徑。現階段要進一步加大國家高新技術產業開發區綜合配套改革的力度，增強為各類企業轉化高新技術成果提供服務的功能，營造吸引、凝聚優秀科技人員和經營管理者創新創業的良好環境，成為技術創新、科技成果產業化和高新技術產品出口的重要基地，在區域經濟發展中發揮輻射和帶動作用。
要加強對國家高新技術產業開發區以及高新技術企業的監督、評估，對於少數不再具備條件、管理不善、在發展高新技術產業方麵成效不大的開發區和企業，經評估審定後取消其國家高新技術產業開發區和高新技術企業的資格。高等學校要充分發揮自身人才、技術、信息等方麵的優勢，鼓勵教師和科研人員進入高新技術產業開發區從事科技成果商品化、產業化工作。支持發展高等學校科技園區，培育一批知識和智力密集、具有市場競爭優勢的高新技術企業和企業集團，使產學研更加緊密地結合。
國家選擇少數有基礎、有條件、有優勢的國家高新技術產業開發區，實行扶持政策，鼓勵大膽探索，率先建立新的投融資機製和激勵機製，盡快形成在國際上有影響的高新技術產業化基地，對全國高新技術產業開發區建設和高新技術產業發展提供有益的經驗。
6.支持發展多種形式的民營科技企業。民營科技企業是發展我國高新技術產業的一支新生力量，在我國經濟和科技發展中起到越來越重要的作用。國家科技型中小企業技術創新基金要對民營科技企業給予支持。要從管理製度上保證民營科技企業能夠平等地參與政府科技計劃項目的競標。各級財政部門要幫助和支持民營科技企業解決產權關係不清的問題。
對因曆史原因造成的民營科技企業與國有企事業單位的產權糾紛，要本著保護國有資產權益、有利於鼓勵成果轉化、支持科技人員創業的原則妥善解決。在企業決策、管理、分配等方麵要充分保障個人的合法權益。允許民營科技企業采用股份期權等形式，調動有創新能力的科技人才或經營管理人才的積極性。國有科研機構經有關部門批準，可以改組為股份製、股份合作製企業。
7.大力發展科技中介服務機構。
科技中介服務機構屬非政府機構，它是科技與應用、生產與消費不可缺少的服務紐帶。國家鼓勵某些性質相似的科研機構轉製為企業性的科技中介服務機構，也鼓勵科技人員創辦這類機構。
要盡快製定和完善關於科技中介服務組織的法規，規範其行業行為，加強管理。要引導各種技術創新服務機構、技術評估機構以及技術經紀機構等中介機構，為加速科技成果的轉讓提供良好的服務。積極發展信息谘詢服務機構，為企業特別是廣大中小企業提供經營管理、技術、市場營銷、信息、人才、財務、金融、法律等方麵的服務。
對以向社會提供公共服務為主的中介服務機構，經認定後可按非營利機構運作和管理。要進一步培育和健全技術市場。加強重大技術供需信息庫以及科技信息網絡等基礎設施建設。各地要根據資源和產業特點，健全區域中介服務體係，逐步實現中介服務的組織網絡化、功能社會化、服務產業化，形成全國乃至國際的電子網絡商務交易市場。
要通過改革，完善農業科技推廣服務體係，建立農業科研機構、高等學校、各類技術服務機構和涉農企業緊密結合的農業科技推廣服務網絡。農業科研機構要麵向農業生產，農業科研成果要盡快轉化為生產力。國家賦予農業科研機構包括種子等研究開發產品的自營銷售權，鼓勵它們與各類農業經營企業進行多種形式的協作或聯合。現有縣（市）、鄉（鎮）屬農業技術推廣服務機構要進一步轉變服務方式，不斷提高服務功能和水平。
要打破行政地域界限，積極發展龍頭企業、中介服務機構與農戶緊密結合的新型農業技術推廣模式，提高農業產業化經營水平，引導廣大農戶及時調整結構、根據市場需求組織生產。
三、采取有效措施，營造有利於技術創新和發展高科技、實現產業化的政策環境
8.實行財稅扶持政策。各級財政部門要加大對科技投入的力度。
財政對科技的投入方式，由對科研機構、科技人員的一般支持，改變為以項目為主的重點支持；國家科研計劃實行課題製，大力推行項目招投標和中介評估製度；建立科技型中小企業技術創新基金，為高新技術成果轉化活動提供資金支持。對高新技術產品實行稅收扶持政策。實行政府采購政策，通過預算控製、招投標等形式，引導和鼓勵政府部門、企事業單位擇優購買國內高新技術及其設備和產品。
國家對社會力量資助科研機構和高等學校的研究開發經費，可按一定的比例在計稅所得額中扣除。對技術轉讓、技術開發和與之相關的技術谘詢、技術服務的收入，免征營業稅。對開發生產軟件產品的企業，其軟件產品可按百分之六的征收率計算繳納增值稅，製定對軟件銷售企業的扶持政策，軟件開發生產企業的工資支出可按實際發生額在企業所得稅稅前扣除。對高新技術產品的出口，實行增值稅零稅率政策。
對國內沒有的先進技術和設備的進口實行稅收扶持政策。允許和鼓勵技術、管理等生產要素參與收益分配。在部分高新技術企業中進行試點，從近年國有淨資產增值部分中拿出一定比例作為股份，獎勵有貢獻的職工特別是科技人員和經營管理人員。