第十二條
理事會下可設立科研工作評議小組、財務工作評議小組、科技改革和科學管理評議小組。這些小組由有一定權威的專家組成，受理事會委托，定期對實驗室的，科研開發、體製改革、科學管理、經費使用等進行評議，並向理事會報告。
第十三條
實驗室主任和首席專家可由依托單位的人員擔任，也可聘請外單位人員擔任。實驗室主任和首席專家的任職條件：1在所從事的學科技術領域內有較高的知名度，是本學科或技術帶頭人。具有高級專業技術職稱。2學風民主、作風正派、辦事公正。3.勇於開拓進取，敢於改革創新。4.具備較強的科研組織管理能力。
第十四條
實驗室實行“開放、流動、競爭、協作”的運行機製。人員實行聘用製。實行固定編製與流動編製相結合、專職與兼職結合的人事製度，實行崗位工資與項目（課題）工資相結合的分配製度。實驗室的流動編製人數要逐步達到全室人員的二分之一至三分之二。
實驗室要建立和完善對人員的招聘、考核和獎懲製度，定期對所有人員進行嚴格的考核，實驗室人員的報酬要與其工作業績和效益掛鉤。實驗室應根據需要，積極聘用國內外客座專家，吸收和接納有成就的國內及出國人員到實驗室工作。
第十五條
實驗室要充分利用北京地區高等院校和科研單位知識密集、技術密集、人才密集和設備先進的優勢積極開展合作研究、聯合攻關和技術交流。實驗室用的大型儀器設備，盡量借用北京地區大型儀器設備協作共用網儀器設備。必須購買的大型儀器設備，在充分保障完成本科研任務的基礎上，允許為社會服務。其服務收入歸實驗所有，扣除直接消耗後，其餘部分主要用於實驗室儀器設備的維修和購置。
第十六條
實驗室在研究開發業務方麵相對獨立，實驗室與依托單位的關係不變，依托單位應為其提供行政、後勤等保障。實驗室受依托單位監督。
第四章科研項目（課題）和成果管理
第十七條
實驗室要建立科學的科研計劃管理製度，重點科研項目（科題）要逐步實行招標製，具備條件的實驗室可建立實驗室專項資金，專項用於資助非實驗室人員的科研工作。要建立和完善科研項目（課題）考核評估製度。
第十八條
實驗室的科研項目（課題）采用合同製管理。1實驗室於每年第四季度，向實驗室學術委員會提出下年度科研項目（課題），並填寫開題申請書（格式見附件四），由實驗室學術委員會進行可行性評審，通過評審後，報市科委科研機構管理處。市科委科研機構管理處根據需要，可組織專家進一步進行可行性論證。所有項目（課題）需經實驗室理事會同意、市科委批準後，方可立題，並由實驗室及其依托單位與市科委、上級主管部門簽訂科研項目（課題）合同書。（格式見附件五），列入下年度實驗室科研計劃。2實驗室科研項目（課題）合同書是實驗室計劃任務書的組成部分。實驗室的科研項目（課題）在執行過程中如需調整，須經理事會同意，報市科委批準。3項目（課題）完成後，實驗室應按北京市科委《北京市科技項目管理辦法》，辦理結題手續。
第十九條
根據國家有關法律和規定，實驗室所形成的一切科技成果、專利發明等知識產權均為實驗室與投資各方所共有，任何個人不得據為己有。實驗室工作中所形成的實驗記錄、實驗報告等要及時交實驗室歸檔。成果二次開發的權益和責任由各投資方協商確定。實驗室及其依托單位要製定和完善有關的管理製度，保護好知識產權。
第二十條
根據國家科技保密有關規定，實驗室及其依托單位要及時劃定所形成科技成果（含某些技術資料）的密與非密，並按有關規定進行管理。實驗室應與受聘到實驗室工作的人員簽訂保密協議。
第二十一條
實驗室人員發表論文，須經室主任批準，並須在論文上署上實驗室名稱。
第五章經費管理
第二十二條
實驗室建設所需資金，采取市科委、依托單位及其上級主管部門等共同出資的原則。歡迎國外、境外投資建設實驗室。組建實驗室的資金主要用於科研業務：購置必要的關鍵儀器、設備；引進必要的科技專家、技術軟件；實驗室改造以及科技隊伍建設等。市科委對實驗室的撥款，原則上不用於實驗室的基本設施建設。
第二十三條
實驗室計劃任務書中在確定的經費數額為預算數額，實際支付的經費由理事會根據計劃任務書、科研項目（課題）合同書和實驗室研究工作具體情況等進行核定，並報市科委批準。市科委按規定程序辦理撥款手續，每年元月三十一日前，實驗室應向理事會報告上年度工作總結和經費使用決算，同時申報本年度工作計劃及經費預算。
第二十四條
實驗室的經費必須專款專用，任何部門、單位和個人不得以任何形式截留、挪用或擠占。實驗室若需調整經費用途，須事先報理事會，經理事會同意市科委批準後方可調整。實驗室經費實行單獨立賬並受市科委和上級主管部門的監督。
第二十五條
實驗室由市科委撥款購置的儀器、設備，統一納入國有資產管理渠道，受市科委監督管理。依托單位、上級主管部門處置（如出售、調撥等）實驗室的任何儀器設備等，須事先征得市科委同意。
第二十六條
實驗室對市科委的有償撥款，在實驗室全麵驗收後，依托單位應按計劃任務書（合同書）規定期限如數償還。
第六章考核驗收
第二十七條
實驗室的科研工作實行月、季、半年、全年彙報檢查製和重大事項隨時報告製。各實驗室須於每月日前報告上月進展情況；每年四月十日及十月十日前報第一、第三季度進展情況；每年七月十日及十二月二十日前報半年、全年計劃任務執行情況及工作總結。實驗室半年、全年計劃任務執行情況及工作總結須經依托單位和上級主管部門簽署意見後，報市科委。
第二十八條
市科委對實驗室按照計劃任務書規定的任務和目標，進行階段評價和全麵驗收。1在計劃任務書的執行中期（2-3）年，由市科委組織專家，對實驗室的建設和科研進展情況進行階段評價。實驗室連續兩年未完成計劃任務書規定的進度和年度考核指標，或把資金挪作他用，市科委有權停撥經費，撤銷立項，收回已購置的儀器、設備及經費，並追究責任。2實驗室完成組建任務後，由市科委組織專家按計劃任務書進行全麵驗收。對驗收合格者，正式授予“北京高技術實驗室”稱號，並懸掛牌匾。對研究工作取得突破性進展的，經理事會提議，市科委酌情對有關人員進行獎勵。對於提前完成實驗室計劃任務書中規定的任務和指標的，經上級主管部門審查，並經理事會同意，可申請市科委提前組織驗收。逾期未完成組建任務的，由實驗室提出申請，理事會同意，並經市科委批準，可進行適當調整，但要酌情追究責任。
第二十九條
通過五年組建期，經考核驗收合格的實驗室進入正常運轉，市科委繼續與其簽訂五年一期的計劃任務書，繼續按本辦法進行管理。
第三十條
市科委對實驗室實行年度績效考評製。對正在組建和已完成組建任務的實驗室，每年分別進行一次考核。由市科委會同有關部門，聘請有關專家組成考評委員會，對各實驗室的體製改革、運行機製、科技水平、科研成果、隊伍建設、人才培養、對外開放、科學管理、經費收支、成果轉化等情況進行綜合評價，根據評價結果進行排隊，對績效突出的給予表彰和獎勵；對績效較差的，要求限期改正。對已完成組建任務、考評結果處倒數第1、2、3名位置的給“黃牌”警告。連續三次考評處倒數第1名位置的，將取消其“北京高技術實驗室”稱號，並酌情收回市科委有關投入，調出有關儀器、設備。