第一節 不同品係家蠶中腸組織對BmNPV接種後差異蛋白
腸組織中表達的700個左右的蛋白點，大部分蛋白集中於pH 5~8之間區域。抗BmNPV的 NB、BC9和感BmNPV306品係3個樣品之間不同的蛋白點所在區域用方框指示，根據NB、BC9和306品係之間蛋白點的平均濃度比率，蛋白點的豐度差異比大於3或小於1.5，不同表達的蛋白點分別由數字1~5標識，這些蛋白在不同品係中表達的差異在重複實驗中得到了一致的結果，其他的差異蛋白被排除。其中1和2為抗性品係NB和抗性近等基因係BC9表達或表達量遠高於在感性品種的表達；3、4、5為感性品種在306中表達，而在抗性品係中不表達或表達量低。
另外，這5個蛋白點進行質譜鑒定後Mowse分數都大於79（P
第二節 不同品係家蠶血淋巴組織對BmNPV接種後差異蛋白
血淋巴2DE膠上有大約360個不同的蛋白點。主要是尋找在NB和BC9樣品的濃度明顯高於306樣品的蛋白點。同時，對那些在306樣品中是高濃度，而其他2種樣品中是低濃度的差異表達的蛋白也進行了比較。樣品之間的差異用方框標識。根據NB、BC9和306品係之間蛋白點的平均濃度比率，有2個蛋白點的豐度差異比大於3或小於1.5，此2個蛋白點被鑒定為差異表達的蛋白。
第三節 不同品係家蠶脂肪體組織對BmNPV接種後差異蛋白
在脂肪體組織的2DE膠上大約有480個蛋白點。在此，對那些在表達豐度有10倍以上（膠染色的濃度）差異的蛋白點做了分析。4個蛋白被鑒定出來，它們在NB和BC9品係家蠶樣品中表達豐度遠遠高於在306中的豐度（>10）。
第四節 質譜數據分析
一、中腸組織差異蛋白
從中腸二維凝膠上切取的5個差異蛋白點，用質譜分析後得到的質譜。比對的數據庫主要有NCBI的蛋白數據庫和BGI家蠶基因組數據庫（http://silkworm.genomics.org.cn/），以及筆者實驗室構建的適合本地Mascot程序的家蠶EST數據庫。但遺憾的是從中腸2DE膠上切取的這5個蛋白點，經質譜鑒定、數據比對，沒能找到可信的可與之匹配的蛋白或EST。
為了驗證質譜數據是否有差錯，將圖651方框中的Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ這3個蛋白點在同樣的條件下進行了二級質譜鑒定，卻得到了很好的比對結果，其中Ⅰ和Ⅱ分別對應家蠶的甘油醛3磷酸脫氫酶（glyceraldehyde 3 phosphate dehydrogenase）（NCBI登錄號：gi|109119903）和家蠶的細胞質型蘋果酸脫氫酶（cytosolic malate dehydrogenase）（NCBI登錄號：gi|114052561），得分分別為199和122，P值遠遠小於0.05。
上皮組織，如圍食膜和消化道的中腸上皮細胞是鱗翅目昆蟲抵禦杆狀病毒的第一道防線。我們鑒定了中腸組織5個差異表達的蛋白，其中1號和2號在抗性品係NB和BC9表達量高於306，可能與抗NPV的特性相關，而3號、4號和5號這3種蛋白在306中表達較高，是否感性品係因某種蛋白表達量較高而導致其感性提高，這3個蛋白數據庫中沒有匹配的蛋白序列信息。隨著家蠶基因組和蛋白質組的進一步解析，家蠶序列數據庫的不斷完善，相信這些質譜數據很快就會找到與之匹配的蛋白。另外，應該注意的是，家蠶抗BmNPV的蛋白也可能是病毒感染後引起表達量的變化，在沒有接種病毒時品種之間也可能並沒有變化，因此，盡管可能會造成病理反應使得品種間的差異拉大。
二、血淋巴差異蛋白
從血淋巴2DE膠上切取了2個差異蛋白點。蛋白1號點和2號點在3個品係中有明顯的表達差異，它們在NB和BC9樣品中的濃度遠高於在306樣品中的濃度。標準化之後的蛋白點濃度（mg/LOD*Area） 。蛋白點的平均濃度比率：1號點，NB/306=5.57，NBA/306A=6.90，BC9/306=5.73，BC9A/306A=6.69；2號點，NB/306=15.58，NBA/306A=14.11，BC9/306=8.43，BC9A/306A=8.03。
它們經質譜鑒定的數據。詳細的數據列於表651。1號蛋白點被鑒定為家蠶βN乙酰氨基葡萄糖苷酶（beta N acetylglucosaminidase 2），NCBI登錄號為：gi|153791228［488］。2號蛋白點被鑒定為家蠶氨基酰化酶（aminoacylase），NCBI登錄號為：gi|114052174。它們的Mowse分數大於79，分別為157 和 102（P