1.明確目的
明確研究是以廣泛探索危險因素為目的，還是以檢驗某個病因假設為目的，還是以後者為主兼顧前者，例如以檢驗吸煙為肺癌的病因為主，同時探索環境汙染、職業種類、食物營養等與疾病的關係。
2.選擇適宜的對照形式
依據對照選擇方式可將病例對照研究分為病例與對照不匹配型及病例與對照匹配型，頻數匹配和個體匹配除此之外還有一類研究方法，即巢式病例對照研究，這是將隊列研究與病例對照研究相結合的一種研究方法。
3.對象的選擇
（1）病例的選擇與確定
確定病例的診斷標準及選擇標準，入選病例組的病人應該能夠代表該病的病人總體。病例必須有暴露的危險，應排除那些沒有暴露可能性的病例。病例的類型有三種，即新發病例，現患病例與死亡病例，應該盡量選擇新發病例。病例的來源有兩種：醫院病例集中，容易獲得，合作好，信息較完整準確，但代表性差，選擇偏倚難以控製；社區來源的病例代表性好，但不易得到。
（2）對照的選擇與確定
對照的診斷標準與病例相同，為確認為不患該病的人。對照應是全人群的一個無偏樣本，或是產生病例的人群中全體非患該病的一個隨機樣本。對照必須有暴露的可能性。對照的來源有：同一或多個醫療機構中診斷的其他病例；社區或社會團體人口中的非病例或健康人群；鄰居對照及親屬對照等。
4.樣本含量
病例對照研究適用於少發病的研究，這時選取病例往往采用醫療機構或社區中的全部病例，所以一般不存在抽樣問題。研究設計要求匹配時，由於匹配條件的約束，往往也談不上抽樣。如果在隨機不匹配、或者成組匹配、或者某些個體匹配中選擇病例或對照需要抽取一個樣本時，其抽樣方法仍然離不開單純隨機抽樣或係統抽樣等方法。但是，所有病例對照研究都存在一個樣本量問題。
①欲研究因素在對照人群中的估計暴露率。②估計研究因素引起的相對危險度（冊）或暴露的比值。③希望達到的檢驗顯著性水平，即統計學檢驗假設所允許犯假陽性錯誤的概率。④希望達到的檢驗把握度。為統計學檢驗假設所允許犯假陰性錯誤的概率。
三、資料分析
（1）原始資料的再核查
收集資料的過程最後要經過核查、糾正、驗收、歸檔等一係列步驟。歸檔後用來整理分析的資料，往往先要經過再次核查，目的是為了盡可能地發現問題，並全麵熟悉資料，便於安排整理分析工作。
（2）資料的分組、歸納，或編碼、輸入計算機
這一步驟是使原始數據係統化和條理化，在此基礎上計算各種指標，描述分布的特征，進行深入分析。