由於周圍２５０餘條河流的大量淡水注入，波羅的海海水並不太鹹，鹽度隻有千分之六至七，而正常海水一般在千分之三十左右。
波羅的海與外界的聯係隻能通過一條既窄又淺的水道——厄勒海峽，因此交流很困難。海水長期停滯在內部，每４０年才能更新一次，而且本身的垂直交流也很差，海水層化現象明顯。
波羅的海原來很健康的，那裏從來沒有出現過像火山噴發、颶風和龍卷風之類的自然災害，也沒有發現過吃人的鯨、鯊以及使人中毒的魚類和其他生物，更沒有破壞水下建築物的船蛆和別的鑽孔生物，汙損生物也很少。
２、症狀概要
波羅的海“肥胖症”的主要症狀是：
（１）沿岸水域浮遊生物數量大大增加，海水的透明度不斷下降；
（２）淺海區藍綠藻大量繁殖，沿海城鎮附近及河口區藻類開花現象日益增多；
（３）底棲動物群變化非常明顯，表現為種類逐漸減少，但單個種類的生物數量卻越靠近汙染源越多，直到汙染源附近隻剩下個別耐汙的種類；
（４）魚類的構成也發生變化，重要的肉食性魚類有所減少，傳統的經濟魚類被一些不能食用的種類所代替。
（５）由於波羅的海海水鹽度很低，一些適應富營養化條件的淡水生物趁機侵入。在某些地區出現了多樣的淡水植物、魚類、底棲動物和水禽，如蝸牛、中國河蟹、北美麝鼠、水貂等；
（６）海水含氧形勢每況愈下。１９００年在蘭瑟特海淵底層水域測得每升海水含氧2.5毫升，到了１９５０年僅為１.５毫升。此後，有好幾次根本測不出氧。波羅的海其他深水區情況也類似。結果在海區中部形成一個巨大的生物學上的“荒漠”。20世紀６０至７０年代，由於缺氧造成底棲生物全部死亡的地區估計有１０萬平方公裏，約占波羅的海總麵積的四分之一。
３、病因分析
首先，波羅的海較小的麵積，較大的水深，以及近封閉的形態和與外海水交換不暢等自然環境特點，使它很容易受到人類活動的影響。
其次，波羅的海周圍地區農業和林業十分發達，不少地區工業化程度也很高，因此波羅的海就成了沿海城市和工業的巨大納汙場所。
在海區周圍有瑞典、芬蘭、波蘭、德國、丹麥和前蘇聯的俄羅斯、愛沙尼亞、拉脫維亞、立陶宛等國家，大約有２０００萬人居住在沿海城市，另有４０００萬人在波羅的海的彙水區內生活。
據統計，波羅的海彙水區內幾類工業的年生產能力為：氨５６８萬噸，磷酸１２０萬噸，紙漿１４００萬噸。每年由陸上排入海區的汙染物有幾百萬噸，其中有機質１３０萬噸，氮３１萬噸，磷２６萬噸以及大量其他有害物質。它們一半以上是河流攜帶進來的。據另一項統計，進入波羅的海的營養鹽中，隻有５％的磷和３２％的氮來自農業排放，其餘則是生活汙水和工業廢水排放的結果。
進一步分析波羅的海北部的波的尼亞灣發現，灣的沿岸分布著許多城鎮、港口和工業（主要是造紙工業、紙漿工業、冶金工業和化學工業），在港口附近地區，造船業也比較發達。沿岸１２０萬人口的城市汙水直接排入波的尼亞灣，其中有５％的汙水未經任何處理。因此由城市汙水排入灣中的氮有4500噸，磷400噸，BOD5900噸；由工業汙水排入的氮4500噸，磷6000噸，BOD519400噸；由河流搬運進來的氮84600噸，磷5600噸,BOD5268000噸；由大氣輸入的氮50000─70000噸；磷1500─2300噸。