2.工程產權不清。責任不明
我國農村飲水工程產權不清晰的主要包括兩類工程：一類是通過政府出資、農民投資投勞而建立起來的農村飲水安全工程，其產權非常模糊。第二類則是因為新建飲水工程是多種投入主體的結合，進而使得產權界定不清。工程產權不清晰經常導致工程管理責任不明確，而政府則包攬過多的事務。與此同時，也使得受益農民認識上存在誤區。認為飲水工程是國家的。是沒人負責的。
3.用水戶參與度不夠
受我國長期的計劃經濟體製影響，不少政府部門在工程規劃至運行過程中一直都存在行政命令的色彩，很多用戶對工程的參與程度不高甚至是沒有參與。除此之外，由於農村居民缺乏對飲水工程自主管理的認識，因此使得用戶在監督權、知情權以及決策和參與權方麵都非常薄弱。根據我國水利部2004年的調查，很多地方的農村飲水安全工程農民參與程度偏低，其主要表現在參與麵不廣，參和內容不全麵。在其所調查的1836戶農戶當中，38.7%的農戶表示從未參與過工程管理，40%的農戶對水價、水費以及工程管理方式不清楚。
4.人員專業水平低，服務體係不完善
存在一些供水廠和供水站不嚴格按照水利部頒布的《村鎮供水站定崗標準》實行定編和定崗，一方麵由於管理人員過多，使得工程供水成本較高。另一方麵因超編水廠專業人員無法進來。在我國目前的農村飲水工程管理人員當中，除了少數人經過專門培訓外很多都缺乏專業技術培訓。尤其是單村供水工程的管理人員，不僅未專業技術培訓，而且業務素質低，因此無法適應工程日常管理工作要求。
四、健全農村飲水工程管理的對策
1.進一步明確飲水安全工程的性質
安全可靠的飲用水對人民群眾的身心健康和生活質量產生直接影響，同時它也對我國全麵建設小康社會宏偉目標的實現產生影響。因此，從政府的角度來講，農村的飲水安全工程是一項準公益性或準公共性的工程。是農村公共衛生體係與農村公共基礎設施的重要組成部分.所以需要公共財政給予更大扶持力度。
2.解決工程產權歸屬問題
飲水工程的一般產權原則是誰建誰有，是由國家投資建設的工程，則屬國家所有，屬市水利部門所有，可自行管理或者是委托經營；由集體自建的飲水工程，則應歸集體所有，可組建法人實體經營或者合作組織；由業主開發的新建工程，政府除了要給予扶持意外還需規範其水費標準及其服務行為。
3.提高管理人員素質，進一步完善服務係統
飲水工程的管理無法離開管理的主題，即人的組織和執行。因此，農村飲水工程要想不斷得到完善和優化，則必須要做到堅持以人為本的理念，實施人性化的管理模式，不斷加強對單位人才的培養，提高人員的工作能力及服務水平。以此來使其全身心的投入日常工作，並找尋到工作給其帶來的快樂與希望。如此便可使工程管理人員的工作作風及思想觀念得到有效的規範，進而為工程管理提供良好的保障。