國際交流接待了來自美國、英國、法國、日本、德國、香港等17個國家和地區的370名專家、學者講學、考察和學術交流。派出126人次赴國外參觀、考察、講學，5人出國留學，8人學成歸國。
基本建設改革的重點工作之一是對科室實行成本核算試點工作。到目前為止，已有9個科室（兒科、普外科、骨科、胸外科、皮科、小兒眼科、核醫學、外科監護室、輸血科）成為第一批試點科室。該院二部改造擴建工程即二部、外科病房樓及其附屬設施工程，已經北醫大、衛生部和國家計委批準，總麵積61977平方米，總投資4.41億元，其中該院自籌3100萬元，初步計劃及工程概算已獲得國家計委批準，開工前期的各項準備工作已經完成。
事業概況職工2138人，其中衛生技術人員1584人，包括主任醫師79人，副主任醫師172人，其他係列高級職稱23人，主治醫師246人，醫師110人；主管護師110人，護師330人，護士263人；技術係列517人；行政後勤人員288人。
機構設置該院設有心血管內科、消化內科、呼吸內科、肝炎科、神經內科、內分泌科、老年病科、免疫內科、腎髒內科、內科監護、普外科、骨神經科、骨腫瘤科、骨關節科、心髒外科、胸外科、乳腺外科、腦外科、泌尿外科、內鏡外科、外科重症監護科、麻醉科、婦科、產科、計劃生育科、兒科、眼科、耳鼻咽喉科、皮膚科、口腔科、中醫科、針灸康複科、急診科等34個臨床科室；設有醫學影像科、放射治療科、核醫學科、檢驗科、病理科、輸血科、藥劑科、健康教育及感染管理科、營養膳食科、統計室、病案室、醫學信息科、中心實驗室等13個醫技科室；設有血液病研究所、肝病研究所、心血管病研究所、碎石技術研究所、關節病診療研究中心、乳腺病防治中心、肝炎試劑中心、病理會診中心及為醫療、教學、科研服務的行政職能處室18個。新建了骨創傷科、熱療病房、物業管理辦公室。取消了原有的保健科、遺傳科、優生優育胎教中心，並對引航高科技中心做了調整。
醫療工作門診968458人次，急診101150人次，住院22674人次，出院22726人次，手術7228例，搶救危重病人4566人次，搶救成功率如.6%，床位周轉次數21.7次，治愈率56.29%，平均住院日16.5天。
開展新技術、新療法，多渠道、全方位為病人服務。在何申教授主持下，我國自行研製的第一台高能聚焦超聲腫瘤治療儀通過國家藥品監督管理局組織的專家複評，進人臨床應用階段，對於機載8超探察出的實體瘤有明顯療效，已治療160餘例病人，為治療癌症病人又開辟了一條新的道路。內鏡外科王永光教授在北京市率先開展了結腸醫療工作，通過局部灌洗藥物，治療結腸的炎症病變、肝昏迷、輕度腎衰，病人通過灌腸治療可改善症狀，長期便秘患者通過液體治療也有一定的保健美容作用。
承擔了全國人大、政協、國家民委、全國音協、蒙特利爾簽約協會等國家一級會議醫療保健和大型國際賽事活動的醫療保健工作，如國際汽車拉力賽、國際馬拉鬆邀請賽，並參加了殘聯組織的赴內蒙古“視覺第一複明行動”、“健康快車”醫療隊，北京市衛生局組織的“國慶50周年醫療隊”、“科技扶貧”等活動，共派出22支醫療隊，得到好評。
不斷改變醫療模式，建立新型醫患關係，努力做患者的知心朋友。呼吸科舉辦了“讓每位哮喘朋友明天生活得更美好”哮喘病人聯誼會。糖尿病中心、高血壓宣教中心、免疫科風濕患者俱樂部、婦科、神經內科等科室每月都為患者舉辦義務講座，通過有針對性的科普講座、谘詢、座談等形式與患者溝通，把科普知識寓教其中，鼓勵患者自覺地同病魔做鬥爭，樹立戰勝疾病的信心，從而達到防病治病的目的。全年共舉辦講座26期，6000餘人參加了學習。
護理工作擴大整體護理病房數建立質控標準，使整體護理朝著更寬、更深的方向發展。該院在原有11個整體護理病房的基礎上，向全院35個病房全麵展開。其中骨關節病房和婦科病房被評為“北醫大整體護理模式病房”。舉辦3期整體護理學習班，接待參觀學習649人次。該院鼓勵護士鑽研業務，有所創造。“512護士節”前夕，評出5項護理技術革新獎（多功能治療車、新式霧化吸人裝置、多袋輸血新方法、加測尿新裝置、多功能綠色操作台在護士大會上交流。此外，護理部定期向患者發放征求意見表，共計6177份，滿意率97.65%，在綜合檢查方麵，整體護理病人效果評價、消毒隔離評價、護理技術操作評價、無菌物品滅菌率、病房管理評價合格率均達100%，搶救物品合格率98.6%。
教學工作完成了橋梁課、係統課、中小科、生產實習以及定科實習5個階段及7年製二級學科培養11個班254名學生的教學任務。舉辦中青年教師講課比賽，有效地將中英文混合授課、講課與討論相結合的教學模式和現代化的教學設備運用到授課當中，收到良好效果。畢業研究生52人，其中博士研究生30人，碩士研究生22人，並有1人獲得北醫大畢業博士生優秀論文一等獎，2人獲得三等獎。貫徹落實《中華人民共和國執業醫師法》，49名考生均取得技能考試合格證。為提高全院醫師的理論水平和臨床實踐能力，每周三請專家進行專題報告和講座，每月一次英文病曆討論。此外，全年還承擔503名進修醫師的培養，除日常的學習外，每周安排1次學術活動，1次全院大講課，並為他們開辦“進修醫師計算機培訓班”和“英語學習班”，深得進修醫師的好評。
科研工作承擔科研課題22項，其中“九五”攻關項目3項，國家“863”計劃1項，衛生部產業化前期準備項目1項，國家自然科學基金4項，衛生部青年科學研究項目1項，教育部回國人員啟動基金1項，北京市科委科技項目1項，北京市自然科學基金1項，其它3項。科研成果共10項，其中北京市科學技術二等獎1項，三等獎1頂，北京市科技進步獎5項，陳嘉庚獎1項，國際交流項目一引進國外技術管理人才2項。在各類雜誌上發表論文390篇，出版著作7部。為活躍醫院學術氣氛，組織青年科研沙龍、英語沙龍。該院轉變觀念，就科研成果早日進入市場做了初步嚐試。在新的科研樓啟用過程中，改變以往畫圈古地“小作坊”式的科研格局，以全局利益為重，明確實驗空間有償使用原則，最大限度地利用科研設施，使有限資源得以充分利用。
國際交流派出113人次參加各類國際會議，發表論文20篇，10人次出國參加技術培訓，18人次參觀訪問，4人次科研合作。接待來訪專家167人次，組織國際學術活動23次。院領導為了開展肝移植，多次邀請澳大利亞國家肝移植中心專家5化；1教授等來院參觀訪問，並做了“肝炎及腫瘤病人肝移植問題”學術報告，澳方還接收該院的青年學者赴澳學習。
體製改革與管理精簡機構，提高辦事效率。7月，對職能部門進行了機構調整，調整後的醫務處與門診部合並為新的醫務處，負責醫院全麵的醫療工作，黨委辦公室和院長辦公室合署辦公。1999年是該院機構實施“醫藥分開核算，分別管理”暫行辦法的第一年，其目的是規範醫療行為，促進醫院收人結構的調整，優化補償機製，控製醫藥費用過快增長，降低藥品收人在醫院收人中所占的比重。在嚴格執行辦法的過程中，在對醫療成本和藥品成本分別進行核算的基礎上，與“總控”指標有機地結合起來，既保證了醫院也人的合理組成，又掌握了不超出“總控”指標的要求。建立了保密製度，健全保密工作。
精神文明建設為配合北京市行業文明服務達標活動，做好行業建設，院黨委采取一係列措施，收到了一定成效。4月，北京市衛生局行業達標檢查組到該院檢查文明服務工作，取得95分的好成績。8月，北京市行業達標組對該院進行了明查暗訪，對該院的醫院管理、醫療技術、文明服務等方麵的工作給予了較高的評價。9月8日，《人民日報》以“北醫大人民醫院注童醫德醫風建設”為題目做了相關報導。2月，在掛號處、收費處、中藥房、西藥房、住院處等窗口部門開展了文明服務互查活動，檢查各部門人員落實工作規範的情況，並予以打分。3月，由黨委辦公室、醫務處、護理部、門診部等處室聯合組織開展了評選“綜合達標科室”的活動。4月，向全院發放選票，開展第7屆“最佳護士小姐”的評選活動。定期到病房和門診發放“住院病人征詢意見表”和“門診病人征詢意見表”，對醫生、護士及其他工作人員的服務態度和服務質量進行調查，並做好數據分析，及時反饋。將人民來信每月整理一次，以“選編”或“摘登”的形式在《醫德醫風簡報》上刊登。設“北醫大人民醫院來訪患者反映工作人員服務態度問題登記表”，對病人的投訴詳細登記，並酌情扣除獎金或進行批評教育。每周刊出《簡報》和《醫德醫風簡報》，在全院起到了很好的宣傳作用。截止目前，簡報已出版491期，醫德醫風簡報383期。7月，以著名醫學專家鍾惠瀾、伍連德命名的講堂揭幕，意在激勵年輕學子向老一輩科學家學習，弘揚敬業精神。