後勤與基建4月，衛生部機關辦公樓及醫院科教樓落成投入使用。根據衛生部的要求，該院承擔通用設施運行、設備維修、人員就餐、衛生保潔和安全保衛等行政後勤工作。為此，醫院以總務和保衛部門為主，成立了衛生部辦公樓及醫院科教樓物業管理辦公室。裝修後的職工餐廳整潔舒適，徹底改變了醫院沒有正式餐廳的狀況，配備完善的餐廳給了職工家的感覺。全院職工統一使用就餐卡，就餐過程快捷有序，同時為衛生部局級幹部和職工就餐提供服務，以其豐富的食物，可口的佳肴獲得了部領導及職工的好評。順利完成了鍋爐房、洗衣房、熱力站搬遷工作，經過短期精心設計安裝調試，正常運轉，保證了醫院工作的順利進行。完成了小西天宿舍樓采暖燃煤改燃油鍋爐改造工作。建立醫院單身職工及研究生宿舍，實行公寓化管理，並配套了相應的服務。物資供應部門為科教樓實驗室、圖書館及餐廳配齊了各種形式的家具，做到不同場所不同家具配置標準。根據產計科病人的特點，按照現代病房裝修的設計思路，完成了產計科病房的裝修。在盡量不影響科室收人的情況下，使病房裝修後達到了整潔、溫馨、美觀、實用。
事業概況職工1701人，其中衛生技術人員1330人，包括教授（主任醫師、研究員）99人，副教授（副主任醫師、副研究員）166人，主治醫師（講師、助理研究員）187人，住院醫師（助教、研究實習員）186人；護理人員577人；醫技人員與藥劑人員、其他技術人員等283人；黨政管理人員（含技術職稱人員）211人；工人160人。
機構設置設有內科、外科、婦產科、婦女保健科、兒科、兒童保健科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮膚科、醫療美容科、傳染科、腫瘤化療科、急診醫學科、康複醫學科、運動醫學科、職業病科、麻醉科、預防保健科、醫學檢驗科、病理科、醫學影像科、中醫科等23個臨床科室；行政管理和黨群機構設有院辦公室、黨委辦公室、人事處、保衛處、醫務處、門診部、護理部、教學辦公室、研究生辦公室、科研辦公室、財務處、醫學工程處、總務處、基建辦公室、改革辦公室、監察室、審計室、離退休辦公室、外事辦公室等19個職能處（科）室和工會辦公室、團委辦公室。現有5個研究所、5個研究中心和9個研究室；4個重點學科，其中國家級重點學科2個，“211”工程重點學科2個。
醫療工作病床編製1025張，實際開設864張。有重症監護病房4個，中心手術部1個。全年人院17330人次，出院17330人次；門診1089617人次，平均日門診4500人次；急診117627人次；住院病人手術6920人次；平均住院日17.4天，病床周轉次數20.8危重病人病房搶救成功率80%。該院是接受全市公費醫療最多的醫院之一，大病統籌單位1492個，268829餘人。投入100萬元進行了環境改造。6月，對骨科、神經科、婦產科、職業病科和腫瘤化療與放射病科病房和病床進行了調整。7月，對住院處、門診藥房、收費處和掛號處進行了改造，改建後的窗口拉近了醫患之間的距離，便於患者監督醫務人員工作，提高服務質量。該院第二門診部為滿足小區居民的需求，開設了口腔門診和計劃生育手術；護理人員分別安排回院輪訓，強化基本功，提高綜合能力。
進一步完善了有關方麵的規章製度，使任務明確，責任到人，嚴格把關，有獎有罰，賞罰分明，促進了整個醫療工作的發展：編印《北京醫科大學第三醫院醫德醫風手冊》，製定有關醫德醫風建設的規定；編印《住院病人指南》，使住院病人了解醫院概況和有關規定。健全臨床、醫技科室相互評價的製度，為減少檢驗、檢查的預約時間提供保證。明確規定外科各個科室的手術台數及開台時間不得超過上午8點45分。製定了急症病人住院與科室空床的調配製度。聘請院外監督員，及時聽取反饋意見，推動醫院精神文明建設。為加強醫院的規範化管理，提高醫生的責任意識，從4月1日開始，正式啟用該院醫務人員印章，取消了進修醫生的處方權。製定有關門診處方、檢驗單、檢查申請單等書寫要求，明確規定處罰標準。製定和完善平均住院日及危重、疑難病人住院係數的評分與獎金分配掛鉤關係。加強病曆質量管理，進一步明確病曆質量的檢查結果與科室獎金掛鉤。精神文明領導小組采取多種形式開展“優質服務，廉潔行醫”等活動，及時檢查，及時通報，每月召開一次會議，對反映出來的醫德醫風問題，在認真調查、核實的基礎上，做出通報批評、扣發獎金等相應處理，對表現突出的醫護人員給予書麵和物質獎勵。
根據衛生部在《醫療機構設置規劃指導原則》中明確提出的，要充分利用現有醫療、預防、保健資源，加強發展社區衛生服務的指導原則，對預防保健科的機構和功能進行了重新調整，醫院感染辦公室和計劃生育辦公室從預防保健科分出來，分別劃歸醫務處和院長辦公室管理。強調預防保健科要突出社區保健功能，加強隊伍建設，占領社區醫療保健市場。信息管理中心與有關部門通力合作，醫院計算機網絡建設取得可喜成績：門診劃價收費程序全麵啟用；啟用新的財務運行程序；病房醫囑上線工作基本完成，為規範收費、堵塞漏洞、對醫療保險的全麵實施打下了堅實的基礎；醫學情報檢索係統正式啟用；舉辦醫囑上線培訓班，培訓護士200餘人。1999年，該院門診量、急診量仍然保持著較高的水平；住院病人、手術病人比過去增加；醫療糾紛減少；該院平均住院日達到醫院在年初提出的17.5天的目標。
科研工作順利完成了研究生的培養計劃。對全院各學科發展的方向、計劃、梯隊建設進行了調研；對籌建北京醫科大學第三醫院國家藥物臨床研究基地作了大量工作；加強了科研用房的有償和滾動使用；積極推廣循證醫學。1999年，該院獲得國家自然科學基金、教育部博士點基金、教育部回國人員啟動基金和“863”高科技基金等資助13項，累計金額134萬元，橫向經費46萬元。獲各類科研成果6項，其中衛生部科技進步三等獎2項，國家體育總局體育科技進步獎2項（一等獎1項、二等獎1項），北京市科技進步三等獎1項，中醫藥科技進步三等獎1項。該院運動醫學專家曲綿域教授榮獲“全國百名優秀醫生”稱號。全年發表論文197篇，據1998年度中國科技論文統計與分析新聞發布會提供的資料，該院在全國醫療機構發表論文排名第16位，論文被引用排名第11位。