為促進學科建設，醫院向社會公開招聘學科帶頭人及技術骨幹。與外單位開展醫療協作11項，既滿足了病人需要，增加了醫院收人，又可填補醫療新技術的空白。對食堂進行改革，實行了承包製。
醫院的總收入比上年增長16.459%，總支出比上年增長11.79%。職工人均月收入比上年提高33.83%。繼續實施“總量控製，結構調整”的改革方案。確定新的經濟增長點，堅持動態管理，保證了總控指標的順利完成。做好公費醫療及大病統籌工作，連續7年經費支出控製在上級撥款的指標內，再次受到市公療辦公室的獎勵。
醫院信息化建設有重大發展。經充分調研，完成了“友誼醫院信息化方案”，前期綜合布線工程現已開工。遠程醫療會診係統已建立並正常運轉。更新了電腦導醫係統。協助市勞動保障局醫保中心開發了“醫療費用事前審核係統”，並成為該中心首家定點醫院。
後勤工作
後勤工作服務於臨床。被服庫將枕芯、枕套、被褥等用品更換為棉製品，定期淸洗消毒，減少了交叉感染的因素；為改善門診患者夏季就醫環境，安裝空調285台；新增指路牌、標誌牌276個，增加輪椅推車3輛，新裝磁卡電話30部，360個病室都裝上201電話。改造抽水馬桶200套，更換了100多個腳踏衝水開關。堅持對衛生和綠化的管理，連續17年被市政府授予“花園式醫院”、“衛生先進單位”。
完成了新宿舍樓、建欣園小區和院內二輪房的分配，共有520戶職工喜遷新居。優先解決了博士、碩士、科技新星、中青年臨床科技骨幹的住房問題。為購買新房，醫院又投資720萬元。
精神文明建設全麵開展規範化服務達標工作。從提高認識人手，全院2106名職工參加了15學時的培訓，並對進修生、護工、臨時工、保安員進行了培訓。院領導分工到科，責任到人，分別帶隊檢查。召開“醫療合同單位代表座談會”、“社會監督員座談會”，邀請社會監督員和局檢查組暗訪。堅持病人滿意度調查，全年醫院發放調查問卷共1500張，病人滿意度在95.89%。為病人辦實事。協調解決了住院病人的出院帶藥問題，變病人家屬跑為醫護人員跑；率先實現了病人出院當天即可得到登記住院費用的明細賬單；營養部打破多年一貫製，將病人中、晚餐時間分別延至11：30、17：45；泌尿外科增加了門診時間；擴大了散在個人體檢範圍；導醫服務於各個樓層印製了簡易指路卡，方便患者。經市衛生局檢查，醫院綜合滿意率957。，綜合得分96分，暗訪門診病人滿意度100%，被評為1999年度北京市衛生係統先進集體。
連續第16年被評為“首都女明單位”。消化內科俞力參加赴疆醫療隊。圓滿完成了建國50周年國慶
活動、澳門回歸和中華世紀壇迎千年醫療救護的任務。
以建國50周年、澳門回歸為契機，組織征文、演講、藝術展覽、體育比賽、文藝演出等活動，激發職工愛黨愛國激情。努力建設醫院文化，弘揚友誼精神，利用院慶舉辦文化周活動。宣傳教育全體黨員、職工充分認識法輪功組織的危害和實質，落實了對法輪功練習者的幫教責任製。工會抓民主管理，召開職代會，參與職工食堂的改革。團委積極推進“青年文明號”、“青年崗位能手”活動，並引導青年參加社會公益活動，被評為市級“紅旗團委”，全國“五四”紅旗團委創建單位。急診科被團中央、衛生部命名為“青年文明號”。
加強宣傳工作。《友誼通訊》創刊發行。30餘家新聞單位采用本院新聞稿件380餘篇次，新聞照片42幅，電視台播出本院錄製的新聞12條，與中央電視台、市衛生局聯合攝製的反映李桓英教授先進事跡的電視專題片《水晶心》獲市衛生局第八屆“杏林杯”電視片彙映一等獎。
北京同仁醫院
事業概況職工2082人（含眼科研究所和耳鼻咽喉科研究所其中衛生技術人員1774人，包括正高級職稱79人，副高級職稱185人，中級職稱505人，初級職稱（師、士）1005人；行政人員169人（其中有技術職稱者108人），工勤人員247人。
機構設置12月，經北京市衛生局批準，北京市耳鼻咽喉科會診中心成立；年內正式成立神經外科。
醫療工作開放病床848張。萬元以上醫療設備887台，其中本年度新購置101台。全年門診病人947595人次，平均日門診3731人次；全年急診75728人次，平均日急診207人次，急診危重症搶救346人次，搶救成功率91.62%；孕產婦死亡率0，新生兒死亡率10.450，圍產兒死亡率11.9%。住院患者15298人次，出院患者15306人次，床位使用率94.3%，床位周轉次數20.35次7年，治愈好轉率38%，死亡率1.06%，人出院診斷符合率99.5%，7日確診率79%，手術患者12180人次，其中大手術6950人次。
以高新技術創一流，保持重點學科在同行中的領先地位是醫院的重要策略。眼科積極開展新技術、新項目，引進國際先進儀器設備，建立了由國際眼病診療中心、白內障治療中心、屈光矯治中心、激光診治中心和驗光配鏡中心等部門組成的眼科醫療服務體係，使難治性青光眼、視網膜脫離、複雜眼外傷等疑難眼病的治療水平不斷提高。耳鼻咽喉科注重加強科所結合，不斷提高綜合實力，建立了由鼻內窺鏡診療中心、鼻眼相關疾病診療中心、臨床聽力學中心和睡眠呼吸監測中心等部門組成的耳鼻咽喉科醫療服務體係；在耳顯微外科的中外耳畸形手術、耳神經外科的人工電子耳蝸植入術、聽神經瘤手術，鼻科的鼻竇炎和鼻息肉內窺鏡治療，咽喉科的喉顯微手術和氣管異物的診治、頭頸外科等方麵，顯示出雄厚實力，成功地將內窺鏡技術應用於顱底手術，邁進了世界先進行列。
醫院既重視重點學科建設，又注重努力創造條件支持發展其它學科，如血液內科在異體同基因幹細胞移植治療重症血液病方麵，取得突破性進展；外科開展30項新技術，突破了曆史最高記錄，其中神經外科與眼外傷科合作，做經顱神經管減壓術60餘例，達到國內、國際先進水平，胰島細胞移植技術在北京市處於領先水平；放射科在五官科影像學方麵居國內先進水平等。