基層衛生：大力開展社區衛生服務，為20萬名糖尿病患者免費檢查血糖，對60歲以上低保全口無牙的老年人提供免費鑲牙服務，為65歲以上老年人進行眼科疾病篩查；對北京市戶籍、年滿60歲的老年人實行“三優先”服務；對無社會養老保障的老年人提供免費體檢；印製《北京市居民家庭保健手冊》100萬冊免費發放到居民家中。製訂《北京市社區衛生服務崗位績效考核指導方案》和《北京市社區衛生服務崗位績效考核手冊》，並開展了試點。反映地區健康水平的主要指標繼續保持國際先進水平。加強鄉村醫生規範化管理，完成了全市5494名鄉村醫生的執業注冊工作。推行首批30類122項農村基本醫療衛生服務免費項目，參合農民人均籌資由上年的320元提升至420元，農民參合率由上年的92.9％提升至95.7％，實現了“參合人員醫藥費平均實際補償率門診不低於30％，住院不低於50％”的目標。全市統一了“特殊病種”門診補償範圍，試行鄉鎮衛生院“零起付”補償政策，統一住院補償“封頂線”18萬元，推行“出院即報和隨診隨報”。穩步推進農村基本醫療衛生製度建設，在房山區探索實施村級基本用藥試點；整合鎮村兩級衛生資源；強化鎮級政府和村級組織屬地管理責任，實施鎮村衛生機構建設規劃並逐步完善運行機製。
婦幼衛生：落實政府為群眾辦實事項目，為戶籍適齡婦女提供兩癌免費篩查，為59342名新生兒免費篩查先天性疾病，為403012名兒童免費健康體檢。實施了農村孕產婦住院分娩每人享受政府定額補助600元的惠民政策。嬰兒缺陷發生率17.58‰，較上年無明顯增加。按戶籍人口計算，2009年嬰兒死亡率3.49‰（2008年為3.7‰），比上年下降5.68％；孕產婦死亡率14.55／10萬（2008年為18.52／10萬），比2008年下降21.44％。按常住人口計算，嬰兒死亡率2.79‰，比上年下降13.35％；孕產婦死亡率14.16／10萬，比上年下降16.26％。愛國衛生：完成農村戶廁改造22.8萬座、農村改水項目174個，農民生活環境及衛生質量得到進一步改善。在城鄉基層舉辦健康大課堂講座4260場，城鄉居民健康知識知曉率進一步提高。
啟動了健康北京滅蟑行動，完成154萬戶家庭滅蟑工作，全市有蟑家庭蟑螂密度下降率91.68％。對天安門地區進行了9次大規模病媒生物控製，蚊蠅密度大大低於國家標準，保障了國慶60周年活動的順利舉行。穩步推進創建國家衛生區、衛生鎮工作，18個區縣和3個地區（天安門、西客站、燕山）全部達到北京市衛生區標準，14個區縣成為國家衛生區（縣城），11個鄉鎮成為國家衛生鎮。本市有衛生村1423個，占全市總村數的35.9％，提前實現了“十一五”規劃目標。在東城區、西城區開展了全國健康城區建設試點。健康社區、健康促進示範村和愛國衛生紅旗單位等愛國衛生健康細胞工程繼續穩步推進。以預防各類傳染性疾病為重點，開展了第二十一個愛國衛生月、愛國衛生清潔月、環境綜合整治月等群眾性愛國衛生活動。公共場所禁止吸煙工作得到進一步加強。