基礎設施建設：重點項目建設進展良好。友誼醫院幹部保健樓和北京老年醫院門診樓及附屬用房已交付使用；北京急救中心改造工程和潮白河骨傷科醫院改造工程已經完成；安貞醫院門診綜合樓和積水潭醫院回龍觀院區的主體工程完成外部裝修；安定醫院門診樓及附屬用房工程、兒童血液腫瘤中心工程、宣武醫院改擴建一期工程、市衛生監督所業務用房裝修改造工程等9個工程已批複立項，正在推進開工前的準備工作；天壇醫院遷建、北京老年醫院醫療綜合樓、回龍觀醫院門急診綜合樓、疾控中心業務樓翻擴建、小湯山醫院二部基礎設施改造和朝陽醫院京西院區改擴建等6個項目完成申報工作。啟動了北京同仁醫院經濟開發區院區擴建工程、北京胸科醫院改擴建工程等項目的規劃論證工作。按照2009年市政府節能減排折子工作的要求，共完成40萬平方米的建築節能改造工作。
加快建設10個區域醫療中心。大興區醫院完成建設任務；門頭溝區醫院、房山良鄉醫院、通州潞河醫院、順義區醫院、昌平區醫院、平穀區醫院已開工建設；懷柔區醫院、密雲縣醫院完成項目前期審批工作，即將開工建設；延慶縣醫院完成立項手續。社區衛生服務機構標準化建設基本完成，覆蓋城鄉的社區衛生服務網絡已經形成。“十一五”時期本市規劃設置的3304個社區衛生服務中心（站）（其中社區衛生服務中心351個、社區衛生服務站2953個），已建設完成3243個（其中社區衛生服務中心328個、社區衛生服務站2915個）占規劃總量的98.2％。中醫藥事業：年內，成功研發出了治療甲型H1N1流感的中藥——金花清感方，印製並發放《甲型H1N1流感中醫藥防治常識》20萬份和《首都市民居家防治流感中醫藥》100萬冊，做好中醫醫院中藥儲備工作。頒布了貫徹《關於促進首都中醫藥事業發展的意見》的6個配套文件，全市政府舉辦的中醫、中西醫結合醫院實行績效考核與財政補償掛鉤，將中藥門診煎藥費、中藥配方顆粒劑等納入基本醫療保險報銷範圍，鼓勵中藥製劑的研發、使用，製發了中醫類別執業醫師多地點執業的管理辦法。
進一步規範對中醫、中西醫結合醫院的績效考核，出台了《傳統醫學師承和確有專長人員醫師資格考核考試辦法》，組織開展了第二屆北京中醫藥文化宣傳周。創建國家級、市級中醫藥特色衛生服務示範區（縣）。開展了社區衛生服務中心中醫特色診區建設。開展社區中醫慢病防治試點單位建設工作，在社區衛生服務站建立了150個社區中醫慢性病防治試點單位。建立中醫專家對口支援巡診製度，100％的區縣開展了中醫專家進社區的巡診工作。啟動第二輪“網絡攜手工程”建設，建立61個攜手工程網點。深入開展中醫“治未病”工作，擴大了中醫“治未病”試點範圍。加強中醫藥人才隊伍建設，啟動了北京市社區中醫藥人才培養“回歸紮根”工程。
藥品監督管理：完善藥品抽驗機製，重點抽驗高風險品種、違法廣告品種、社區零差價品種，藥品抽驗合格率98％。逐步完善藥品追溯係統，基本實現了票據可查詢、藥品可追溯。建立起六部門聯席打假製度，取締“黑診所”、“黑藥店”1161個。建立藥品違法廣告監測體係，實行藥品違法廣告“黑名單”製度，成功破獲了“4·14”特大製售假藥案，搗毀10個隱蔽製售假藥窩點，查扣涉案藥品10餘噸。建立全市統一的藥品集中采購平台，完善了集中采購相關管理辦法。製訂了2009～2011年本市大型設備配置規劃、基本藥品集中采購工作方案及北京市基層醫療衛生機構用藥增補目錄。落實了“達菲”等防控甲型H1N1流感重要藥品及醫用防護用品的采購與儲備，形成“達菲”和中成藥各200萬人份的儲備規模；提前介入疫苗研製生產工作，向疫苗生產企業派駐廠監督員，保障本市甲型ＨＩＮＩ流感疫苗質量可靠、供應及時。
醫藥衛生體製改革：根據國家醫藥衛生體製改革意見和方案，開展了醫師多地點執業、民營醫療機構發展政策、醫院法人治理結構等方麵的專題研究，完成了《北京市2010～2011年深化醫藥衛生體製改革實施方案》，確定了醫藥衛生體製改革成立二個機構、完善四大體係、改革六個機製、實現四個目標的工作內容。並經市政府專題會議和市委常委會議討論通過。組建北京市醫療衛生體製改革專家谘詢委員會，並召開會議聽取專家對醫改的意見和建議。與市財政局共同製訂了以醫院成本核算為基礎的新型財政補償機製，並啟動了試點工作。啟動了北京地區疾病預防控製機構建設標準編製工作，開展醫師多地點執業、民營醫療機構發展政策、醫院法人治理結構等方麵的專題研究，推動醫療服務付費機製的改革。推進衛生事業單位崗位設置工作，調整市衛生局內設機構設置。