自4月29日開始，對5653名入境或歸國人員進行7天健康隨訪，共計34811人次；對116名甲流確診病例的密切接觸者進行居家觀察共465人次；對8名甲型流感輕症患者進行了居家隔離治療；對37名集體發熱的大學生進行現場觀察和谘詢，並采取了隔離、觀察和治療措施。協助區疾控中心處理疫情，尋找甲型流感確診患者及其密切接觸者，並指導學校教室及宿舍的消毒共計12次。11月14～15日，醫院抽調60餘名工作人員利用休息日在綜合體育館為本校本科生、研究生進行甲型流感疫苗接種。谘詢8000餘人，接種本科生3486人、研究生2730人。全年集中接種29次，完成預防注射17320人次。
預防保健。全年各類體檢32045人次，其中教工體檢11474人次、學生體檢13640人次、辦健康證體檢2324人次、求職體檢3114人次、兒童體檢1493人次。各種疫苗接種35354針次，其中甲流疫苗9671人次、兒童接種2988人次、大學生接種8974人次、民工接種1143人次、有價疫苗6778人次、成人流感疫苗5800人次。
在體檢工作中，確診惡性腫瘤14例，其中7例為早期、3例為癌前病變，高度懷疑惡性病變15例，發現良性腫瘤47例、其他重要疾病38例，發現心血管急症64例、高血壓308例、血脂異常2210例、高尿酸血症125例、脂肪肝1005例。檢出貧血患兒107例、肥胖兒76例，ＤＤＳＴ智力篩查可疑13例、異常2例、智力障礙1例、神經心理發育遲緩2例，髖關節半脫位1例，房間隔缺損2例，左心室假腱索1例，卵圓孔未閉7例。所有檢出的疾病都通過科內轉診進入相應科室進行係統治療，所有腫瘤患者均通過與三級醫院建立的綠色通道得到及時救治，所有高度可疑的人員進入健康跟蹤係統，進行長期跟蹤服務。
醫院感染管理。每月對各科室的環境監測、衛生學檢測、檢查抗生素的使用情況，檢測臨床院內感染的發生情況，發現問題及時與臨床溝通，采取有效措施，降低醫院感染發病率，避免院內感染暴發。製訂感染性疾病科的消毒隔離製度、工作流程，並利用業餘時間對內科醫生、放射科、檢驗室的工作人員、保潔員等進行了甲流防控的培訓。全年醫院感染率5％。
健康教育。對本院醫護人員進行傳染病知識培訓6次；為社區居民開展健康教育講座29場（包括給學生授課），受教育12940人次；健康教育處方使用40種以上，發放健康教育處方2415份；進行健康教育谘詢服務449人次；開展常見病、多發病防治谘詢、義診活動1次。《健康指南》報出版2期，發放10000份。新建宣傳板27塊。全年發放各種宣傳材料46000餘份。舉辦重點衛生日活動8次，黑板報15塊次，橫幅5條。完成網站《尋醫問藥》欄目的答複40餘人次。
傳染病管理。完成法定傳染病網絡直報434例，訂正傳染病報卡3張。傳染病訪視158人次，處理附小集中發熱及幼兒園手足口病事件3次。為旅店、招待所、工地負責人進行傳染病防治知識培訓1次，院內傳染病法規及腸道傳染病知識培訓各1次。精神病、結核病管理。全年專家門診精神科病1800人次，結核科320人次，心理谘詢324人次，內科病房精神障礙患者會診13人次。更換精神衛生個人健康檔案97份，其中新發現、新建檔8人。訪視約360人次。報告、轉診肺結核25例，篩查密切接觸者104人。完成3336名本科新生結核菌素檢查，篩查率98.6％，複查率98.1％。舉辦結核病防治知識健康教育講座3場。對ＰＰＤ強陽性的2008級和2009級新生908人拍片檢查，拍Ｘ光片率100％；其中400人分別驗血2次、發化學預防藥2次。護理工作：年內，圍繞“護理安全”主題建立健全護理工作製度，修訂製度5項，新增製度13項：自願上報不良護理事件製度、護理不良事件持續改進製度、護理風險評估表、護理操作前告知製度、危急值班報告製度、病人腕帶識別標誌製度等。成立了護理質量安全控製管理小組、繼續教育管理小組、護理差錯事故管理小組、護理技術操作考核培訓管理小組。
嚴格審核新調入護士執業資格，及時變更新調入護士執業地點。對護理應屆畢業生專人帶教，建立培訓考核記錄，考核合格方可獨立值班。製訂新調入護士培訓計劃，規範培訓形式和內容，護理部培訓與科室臨床帶教結合。開展低年資護士基礎護理操作培訓、考核，全院護士《徒手心肺複蘇》技術操作培訓、考核，全體護士長參加了區衛生局舉辦的護理管理崗位培訓班，2名護理骨幹參加了中華護理學會專業培訓，護士進修2人，組織區級護理繼續教育基地講課12次、護理業務講課3次、全院護士徒手ＣＰＲ培訓和考核各1次、低年資護士“三基”培訓和考核各4次。
繼續教育：年內，舉辦了北京市高校全科醫師急診診療技能專題培訓班。堅持每周四的常規業務知識培訓。組織醫院急救小分隊，利用每周三下班之後進行為期6周有針對性的應急搶救培訓。組織院內學術講座40次；派出6人到三甲醫院進修培訓一年，短期培訓17人次；開展科內健康教育、業務學習23次。全院醫護人員全部完成了繼續教育學分。全年在各種正式期刊發表論文22篇。
教學和科研工作：大學生《衛生與保健》課程建設不斷貼近學生的需求，教學效果顯著。開展了多種形式的健康教育，重點針對社區居民慢性病、常見病、新的健康理念開展講座29場（包括給學生授課），受教育居民12940人次，編印健康教育處方40種以上在全校發放。
年內，醫院有2項第一項目負責人的科研項目：“清華大學教工慢性病患病狀況前瞻性研究”、“利用數控加工技術對牙體大麵積缺損的保持修複”，改變了以往一直是科研合作單位的身份，為醫院以後開展科研工作創立了新的局麵。
編寫出版大學生《衛生與保健》教材，並被收入高校保健醫學分會20年會慶宣傳手冊。
信息化建設：12月31日晚，醫院為信息管理係統（HIS）更新切換做了最後的準備；2010年零點，醫院HIS係統準時切換，隨後進行了掛號、看病、收費、取藥等一係列測試。
後勤與基建：6月，口腔科增加綜合治療台2台、更新1台，將室內布局、地麵、環境、供氣線路等進行了改造；新建口腔科供氣泵房；整修南三樓體檢中心平台；裝修、改造通往三樓體檢中心的通道，實現了體檢人員與患者分流；藥房進行了內部裝修和改造；更換改造了汙水地下管道；整修後院地麵，方便患者安全行走。
為實現醫院電子處方，整理、新建、開通醫院網口百餘個，自行安裝插座百餘個、網線百餘條。整理改造了醫院機房的電話線、網線、數據線，並為其分層歸類貼上標誌。