（一）內控製度建設缺乏統一規範
在實地調查中發現，高校雖然對內控製度建設的重要性有所認識，但有些高校對內控是什麼？內控製度建設目標是什麼？到底應建成什麼樣？應包括哪些製度內容？不是很清楚。目前，高校內控製度建設主要是基於兩個方麵的動力：一是上級要求建立相關的製度；二是學校為了解決工作中的相關問題而出台製度。高校內控製度的建設大多為應急之需，缺乏明確的內控目標指向，缺乏頂層設計，尚未建立較權威和可行的高校內部控製建設指導規範，缺乏高校內控製度體係的基本內容體係。如，有的高校內控製度的銜接缺乏科學性和係統性，僅以一般財經規章製度代替內部控製製度，僅就經費開支範圍、標準、程序實施控製，對業務流程控製過於簡單甚至無從涉及，出現問題時缺乏統一規範的處置依據和標準。有的高校認為內控即會計控製，意即內控隻是財務部門的職責，在實際工作中缺乏係統規劃，有的製度之間還存在相互打架的現象，製度更多地呈現出“部門化”，內控製度難以落實；有些高校對內控的認識還僅停留在概念層麵，不清楚高校內控製度建設的內涵及邊界。
（二）內控製度建設環境有待改善
近年來，高校在不斷加強內控製度建設的工作，但“領導重視，部門協作，全員參與”的內控製度建設環境還沒有完全形成。問卷調查顯示：70%以上的受訪者認為內控製度對高校的財務管理重要或很重要。但從實際製度的建立及實地調研的情況看，高校領導很少專門召集相關部門係統研究學校內控製度建設的整體框架設計，學校也很少開展內控方麵專門培訓。高校財務部門大多較為重視內控製度的建設及執行，但學校的資產管理、資產經營、基建、後勤等管理部門對內控製度的建設積極性不高，有些重要的業務領域仍按慣例或內部的規定執行，沒有製定專門的內控製度。教職工特別是一些學科專家、學者甚至領軍人物等對內部控製的重要性認識不足，對高校內控製度的建立與執行不太支持，在科研項目經費使用，專項資金執行等方麵表現的尤為突出，從而影響了高校內部控製的推行速度，也使高校的內部控製評價難以順利開展。另外，高校普遍還沒有明確內控製度建設的責任主體。一般都認為分管財務、紀委、審計等部門的校領導對此項工作負有領導責任，但沒有明確到底是哪位領導主管此項工作。相應地也沒有明確具體部門負責內控製度的建立、完善、評價。因此，學校沒有組織機構及相關製度保證學校內控製度建設工作。
（三）內控製度建設工作進展不平衡
首先，從不同學校之間的情況來看。有些學校的製度比較全麵，包括了學校事業的各個方麵，有的高校缺少“財務部門崗位職責、貨幣資金管理、基建財務管理、收費及票據管理、內部審計”等方麵的主要內控製度，有的高校的內部控製製度散見於各種內部日常事物性的管理文件之中，沒有形成體係。有些學校比較注重根據上級精神及學校實際及時修訂內控製度，有些學校超過10年未修訂的內控製度數量較多。有些高校在合並多年後仍未完成內控製度的整合。從製度的規範性看，絕大部分高校的內控製度比較規範，程序明確，但也有極個別高校的個別內控製度存在與國家法規政策明顯不相符的情況。其次，從內控製度建設的內容來看。不少高校的內控製度建設存在一些薄弱之處。如，資金管理控製還存在一定的製度風險點，突出表現在對外投資、代管款項、銀行對賬、合同管理、收費規範、政府采購、結算支付等管理環節；財務管理控製方麵的製度存在不均衡，往往重視校級財務管理控製製度建設，而忽視二級單位、後勤集團、資產經營公司等單位的財務管理控製製度建設；資產管理方麵製度建設重有形輕無形，重大輕小，尤其是科研成果、各種權證方麵製度不夠健全，小額低耗和危險性資產製度建設不到位；財務會計基礎性製度有待加強，會計基礎規範缺失，決算工作重視不夠；監督製度有缺位，內控製度缺乏評價，預算決算缺乏審計監督，分析考核缺指標、缺方法，等等。
（四）內控製度執行缺乏監督評價機製
教育部在開展直屬高校校長經濟責任審計時均對高校內控製度的建立與執行情況進行了評價，但由於很多事務所的審計人員對高校實際情況特別是高校的核算體係和管理內容並不十分熟悉，很難進行科學評價，提出有針對性的意見。從高校內控製度調查看，75所高校中有50所高校製定了《內部控製製度評審辦法》；問卷調查顯示，有81.36%的受訪者認為學校建立了內部監督機製並對經濟活動的重要環節開展定期和不定期檢查；56.57%的受訪者認為，學校開展了對內部控製設計和運行的有效性進行評價。但經實地調研，絕大多數高校沒有單獨的評審辦法，大多是在其他製度中有少量涉及，雖然有些高校製定了一些製度但也並未完全落實，基本上沒有開展專門的內控製度有效性評價，因為高校沒有專門的內部控製監督、檢查機構。如果進行內控製度評價，目前最合適的部門當屬審計處。但是由於高校內部審計機構獨立性和人員配置等原因，學校內部審計機構的職能僅僅局限於審計會計賬目，而在內部稽查、評價內部控製製度是否完善和高校各部門職能執行效率等方麵，未能充分發揮應有的作用。甚至有的學校的審計人員還沒有樹立起內部控製的意識，對內部控製評審的內容不熟悉，也沒有掌握應有的評審技術。