賴斯、布什政府其他官員和國會的共和黨議員迅速發起了一場“消毒”行動，對克拉克的動機提出了種種質疑，共和黨陣營甚至提出要解密克拉克以往在國會秘密作證時的證詞，以證實他在“說謊”。然而，地震已然發生，由共和與民主兩黨議員和司法人員組成的國會特別調查委員會不可能對克拉克的指責視而不見。3月29日，委員會主席、共和黨議員托馬斯·基恩正式要求賴斯出席公開的國會聽證會，並在作證之前發誓她所說的每一句話都是真的。基恩提出這一要求很正常：一是既然克拉克說反恐在“911”事件之前不是布什政府安全政策的突出重點，而布什政府又竭力否認，那麼，賴斯作為負責國家安全的主管就有責任配合委員會繼續調查；二是連國務卿鮑威爾都上了公開的國會聽證會，賴斯也沒有理由拒絕。基恩強調，當前最重要的是“讓能公開的都公開”。
白宮和賴斯本人都不想直接參加國會的公開聽證會，因為公開作證中說的所有話都將記錄在案，並由國家公共政策電視頻道實況直播。而聽證會擁有半數民主黨成員，當然不會放過這次機會來狠狠地利用克拉克的證詞“修理”布什政府，甚至提出讓布什政府更加難堪的問題。在這種情況下出席國會公開聽證會，等於是讓個性極強、能言善辯但又在事實迷霧中的賴斯“百口莫辯”。更重要的是，公開聽證會要宣誓答問的每一句話都是真實的，否則，一旦發現有任何不實之詞，根據美國法律是要追究“偽證”罪的。
在經曆了一段時間的僵持後，賴斯於3月30日不得不同意前往美國國會參加“911”獨立調查委員會的公開聽證會，接受“911”事件獨立調查委員會的公開質詢。賴斯曾於2月7日就布什政府的反恐政策問題接受了調查委員會部分成員的非公開質詢。此後，賴斯以國會無權要求她作證為由，一直拒絕委員會要她接受公開質詢的要求，招致調查委員會和國會兩黨議員的不滿與批評。因此，與其說賴斯頂不住輿論的壓力而同意，倒不如說是白宮頂不住壓力，把賴斯推上了“火線”。
站在布什國家安全事務助理這個重要職位上，賴斯也許是所有美國人中唯一能夠阻止“911”恐怖事件爆發的人。作為美國國家安全事務助理，賴斯可以獲得來自情報、外交政策、國防以及法律事務機構等等這一切共同承擔反恐任務機構的信息。在國家安全問題上，小布什對賴斯相當倚重，無論是處理“911”危機、打擊“基地”組織，還是美國先後對阿富汗和伊拉克用兵，都有她的身影。
賴斯對於自己在國際事務問題某些領域裏背景的缺乏非常清楚。2000年6月，當時作為小布什競選顧問的賴斯在接受采訪時曾經承認自己“一下子掉入了不熟悉的領域，不得不去理解以前並不在自己研究和擅長領域之內的世界問題”。而在那些她所不熟悉的領域中就包括中東和南亞正在日益猖獗的恐怖組織問題。在賴斯剛剛上任國家安全事務助理的時候，一位長期與賴斯共事的白宮前高級官員曾經這樣評價：“賴斯私下裏一直在為自己在國際事務上沒有積累一個非常廣的背景而感到苦惱，尤其是在她所不熟悉的領域。自從賴斯上任後，在反恐問題上，她一直相當倚重自己的副手斯蒂芬·哈德利。
盡管在“911”恐怖襲擊事件前幾個月，已經有越來越多的情報顯示基地組織有可能攻擊美國，但是賴斯似乎仍然沒有把反恐“放在心上”。賴斯在“911”恐怖襲擊事件前所有的公開講話都集中在了她所熟悉的正統外交事務政策領域，比如中美、美俄關係以及伊朗和伊拉克對美國造成的威脅等等這些問題上。