淳熙五年（1178年），宰相史浩推薦朱熹知南康軍，朱熹屢辭不許，遂於次年赴任。到任不久，當地發生旱災饑荒，他全力救災，減輕了災害的損失。還於任內倡導教育，重建白鹿洞書院。白鹿洞書院是宋時全國四大書院之一，位於廬山五老峰南麓的後屏山。朱熹親自講學，親撰教規，體現了以“格物、致知、誠意、正心、修身、齊家、治國、平天下”等儒家思想為基礎的教育理念，成為南宋以後中國社會700年間書院辦學的典範，也是教育史上最早的教育規章製度之一。書院經常延攬著名學者來講學，學術空氣相當活躍。1180年，陸象山特來拜訪朱熹，請他為其去世不久的哥哥寫墓誌銘。朱熹順便請陸象山在書院講“君子喻於義，小人喻於利”之義，陸宏論滔滔，將義理發揮得淋漓盡致，當時的聽眾有很多人都感動落淚。朱熹也深受感動，特意將陸象山所講內容刻石立於院門。
1181年，浙東發生饑荒，孝宗調朱熹到浙東救荒。朱熹在浙東救災，成效卓著，貪官汙吏都因懼怕他而自動離開。不久，朱熹見政局不良，又辭職居家，一心講學。1188年他應召入朝，再度上書，說今日之中國已病入膏肓，從大腦到四肢，處處有病，勸孝宗正心以立大本，教養太子，選賢任能，振綱紀，變風俗，愛養民力，修明軍政。孝宗接到朱熹的奏章時已是深夜，但卻馬上起床，點燃蠟燭，讀完後再就寢。次日便要朱熹任官，但朱熹還是推辭未就。
宋光宗即位後，朱熹因得罪權臣韓侂胄，遭到攻擊陷害。朱子學被稱為“偽學”，朱熹的門人也被株連成了“逆黨”，他本人則被削職為民，史稱“慶元黨禍”。當時的局勢十分緊張，牽連頗廣，朱熹的大弟子蔡元定，就因為被牽連而遭貶，結果死在貶所。盡管如此，朱熹還是每天同弟子講學，有人勸他關閉書院躲一躲，他卻笑而不答。慶元六年（1200年）三月，朱熹卒於福建建陽考亭家中，享年71歲。他在逝世前兩天，還在為弟子講學，修改自己的著作，可謂鞠躬盡瘁，死而後已。
當時的大詞人辛棄疾聞朱子逝世，特作祭文：“所不朽者，垂萬世名，孰謂公死，凜凜猶生！”謂朱熹的著作會永遠流傳，朱熹的聲名將永垂不朽。
寶慶三年（1227年），宋理宗下詔，特贈朱熹“太師”稱號，追封信國公，並提倡學者習讀朱熹著作。從此，以朱熹為代表的理學成為中國的正宗思想體係。他被稱為“朱子”，也是孔廟中供奉的“四配十二哲”之一。自元、明、清以後，更被尊崇為“紹道統，立人極”的“萬世宗師”，成為地位僅次於孔、孟的又一位儒家聖人。
《四書五經》是古代中國社會正統文化儒家思想的核心著作。它所包含的內容可謂博大精深，涉及中國古代思想、政治、經濟、軍事、文化諸多方麵，形成了一個以天理為核心的思想體係。它們不僅是中國古代統治者幾千年來欽定的教科書，而且還被西方學者譽為世界四大思想寶庫（基督教思想、伊斯蘭教思想、佛教思想、儒教思想）之一。
餘英時的《朱熹的曆史世界》是關於宋代文化史與政治史綜合研究的一部專著。作者深入研究朱熹時代的曆史世界，係統而全麵地從直接史料中搜尋相關證據，重建12世紀最後二三十年的文化史與政治史。《上篇》為朱熹的曆史世界提供了一個較廣闊的背景，《下篇》則進入朱熹所活躍的曆史世界的核心地區，細心地描述了孝宗與光宗、官僚集團和理學集團以及皇權三者的互動關係。本書為專業史學家重構曆史的理想與努力做了最好的見證。