斯坦因緊張地進行《西域》一書寫作。同時，他將探險提上日程，並且與印度總督等有關要員交談過意見，計劃“從中國最西端穿過整個塔裏木盆地，再回到阿姆河源頭直到伊朗，從南邊的興都庫什河穀到北方的準噶爾和內蒙古”進行一次考古和地理考察旅行。並要求政府辦理中、俄兩國簽證。這之前，他要在阿富汗及俄屬帕米爾考察羅馬時期將絲綢運往巴爾赫大商道中的一段和其它重要佛教遺址。
正當此時，中國爆發辛亥革命，各種危言聳聽的消息不斷傳向印度。而馬繼業更為迫切的來信使他再次陷入矛盾之中：“……如果阿富汗之行可以擱置，而你又非常想重返中亞，那麼，越早動身越好。因為勒柯克正在策劃另一次考察。如果德國外交部沒有因為俄國報紙紛傳的喀什騷亂而拒發護照，說不定他已經早就到了新疆。事實上，中國人從來沒有目前這樣對英國人友好過。我敢肯定，一旦你到達，那些官衙的老朋友們會張開雙臂歡迎。”
這封信激發了斯坦因的競爭欲望。他正式向政府提交第三次中亞探險計劃，並且言辭強硬地請求盡快答複。
這個消息第一時間到達喀什“中國花園”時，蔣孝琬內心充滿憂慮。因為，就在這年的春天，銅鍾“鳴沙”突然急促地激響那天開始，暴亂在阿克蘇和喀什如同沙塵暴般地席卷而起。喀什道台曾經專程詣見馬繼業，說這是中國人內部事情，不會影響領事館工作人員安全，他甚至出示斯坦因上次離開喀什前贈送的和田玉枕，樂觀地說：“這表示高枕無憂，它會保佑我無事。”但是，三天後，傳來道台被革命黨人殺害的消息。恐怖氣氛籠罩了喀什新、舊二城。俄國領事館駐紮著60名哥薩克士兵，而英國領事館隻有工作人員和馬繼業夫人、三個孩子及家庭教師。整整半年多時間，大家都在惶恐和擔憂中渡過。
蔣孝琬判斷不清形勢，舉棋不定。革命風潮高漲時，他當即立斷，剪掉腦袋後麵長長的辮子，複辟勢力卷土重來、謠言滿天飛時，他又為自己的魯莽行為懊悔不已，恐慌地在戴英式便帽和中式圓帽之間頻繁變換。斯坦因在這種人人自危的局勢下赴湯蹈火，顯然不合時宜。截至目前，“中國花園”雖然經曆多次危難最終風平浪靜，但是，他非常了解斯坦因的堅毅性格，他根本不在乎中國政局的動蕩和混亂，眼裏隻有那些被風沙和人為破壞的寺廟、壁畫、文書和地球上最荒涼的羅布泊。
他將電報送給馬繼業，憂心忡忡地地說：“中國士兵和暴民雖然保證不傷及外國人，但是，那種口頭上的承諾沒有任何意義。唉，斯坦因隻懂得考察和寫作，從來不考慮自身安全，也從來不想著建個房子，成個家，連終生行走的駱駝都有個歇腳處呢……”
馬繼業平靜地說：“局勢在逐漸好轉。也許，對純學術考察來說，這種環境更好。”
“為什麼？”蔣孝琬經過起伏不定浪潮衝擊，顯得憔悴而又蒼老，“革命導致的風暴高潮雖然過去，但是，餘波在新疆各地仍然傳播，動亂時有發生，我真不希望他冒險。”
“貴國政策目前非常開明，對所有外國探險隊都敞開大門；但是，誰敢保證這扇大門明天或者後天不會關閉？”馬繼業話頭一轉，安慰他，“當然，事實證明你很有遠見！當初，如果你像很多師爺那樣進到清朝統治集團，那麼，在剛剛過去的那場風潮中很難保全自己和家人的性命。他們的結局太慘了。”
蔣孝琬深有同感，“潘大人從阿克蘇轉任伊塔道道尹，不久，被朝廷任命為新疆布政使，不知何故，沒赴任。風暴來臨時，大人又審時度勢，在伊犁退官。而投機鑽營的一幫家夥卻在阿克蘇暴亂中喪生。”
“大概是玄奘法師的神力保佑你們安然無恙。”
不久，馬繼業收到斯坦因洋溢喜氣的電報：“教育部秘書波特前天電報通知，第三次中亞探險計劃已獲批準，考察將於1913年8月正式開始，估計9月中下旬抵達喀什。”