當金融危機襲來之時，那些具有自主創新能力的中小企業終於躲過了這場滅頂之災，也給眾多的中小企業做出了表率，讓中小企業明白增強自身的創新能力是應對危機的最好出路。然而，對於一般中小企業來說，要提升中小企業自主創新能力，必須解決以下製約和阻礙中小企業創新的四大瓶頸問題。
第一，創新意識不強，創新動力不足
中小企業作為創新主體，企業的主要管理者，特別是企業的老板的創新意識和創新思想直接影響著整個企業的創新行為。中小企業創新能力低的原因是多方麵的，其中“頭頭”問題是最主要的，這與中小企業管理者的文化素質較低，缺乏以創新精神為核心的企業家精神有直接關係。小農經濟和傳統觀念的影響使相當數量的企業經營者缺乏探索和創新能力，“小富即安”較為普遍。認為創新神秘，創新高不可攀，創新是大企業的事情；對創新認識片麵，認為隻有技術創新才是創新，因而忽略了投入較少但效果很明顯的管理創新、營銷創新和意識創新；認為創新風險大，怕“折了老本”。在投資取向上，更願意向風險較小的勞動密集型產業投資。我國規模以上工業企業研發投入占銷售額的比重僅為0.78%，而國外企業一般都在4%左右，甚至更高。
第二，創新環境不佳，創新體係不健全
創新環境不佳主要表現在：社會化服務體係不健全，缺乏創新人才流動、缺乏技術交流、缺乏產權交易等高效平台；知識產權保護不力，侵權的不法行為嚴重挫傷企業創新積極性；市場秩序不規範，市場競爭不公平，存在較為普遍的地方保護、惡性競爭和要素價格失真等現象。拿知識產權保護問題來說，由於創新產品的外部效應較強，中小企業創新產品很容易被其他企業模仿、假冒，利益被侵占。在外部製度環境不完善，尤其是在知識產權和專利製度得不到有效保護的市場環境中，企業進行自主創新的動機就會減弱，而跟風、跟隨與模仿的動機和“免費搭車者”則會增多。
創新體係不健全主要表現在“產學研”結合尚不緊密。長期以來，我國把高等院校和科研機關作為創新的主體，導致科研成果與企業需求“掛不上鉤”、“對不上號”，阻礙了創新的發展。近年來，國家強調企業是創新的主體，但中小企業的實力有限，很難獨立設置科研機構，據介紹，全國規模以上工業企業擁有技術開發機構的比例隻有25%。對於中小企業來講，與高等院校和科研機關建立緊密的合作關係，共同進行創新，不僅是解決中小企業創新實力不足的有效辦法，而且有利於長久、持續地創新。但是，目前中小企業與高等院校和科研機關的“創新聯姻”尚缺乏一個有效的平台，而且一些高等院校和科研機關“架子”很大，往往要的報酬很高，弄得中小企業“心有餘而力不足”。
第三，創新人才不足，知識資源缺乏
創新的基礎是知識，沒有知識儲備，沒有足夠的知識資源是製約中小企業創新的最大瓶頸。有關部門曾向企業家進行過調查，影響企業創新最主要的問題是什麼？有59.4%的企業經營者認為是“創新人才缺乏”；認為“創新資金引進渠道不暢”的占40.7%；認為是“缺乏鼓勵創新的社會環境”的占36.8%。可見，人才和資金是影響企業創新能力的兩個關鍵因素，這也符合當前我國企業的實際情況。
長期以來，中小企業是在社會偏見中生存發展的，具有創新能力的人才不願意到中小企業就職，中小企業也無力留住人才。最主要的是中小企業缺乏創新意識和專業技術背景，存在急功近利的經營思想，對技術創新顧慮重重，畏縮不前，致使屈指可數的技術人才不能發揮應有作用。沒有“梧桐樹”怎能招來“金鳳凰”？有些中小企業缺乏長遠眼光，缺乏有效的激勵機製，使創新人才覺得沒有“奔頭”。在這種情況下，人才流失就成為不可避免的事情了。尤其是一些關鍵的技術人才和高層管理人員的“跳槽”和“另立門戶”的現象更為常見。
第四，創新資金不足，融資借貸無門
創新需要有足夠的資金投入，因為創新是要經受時間和失敗的考驗的，創新時間一長，創新資金就會“斷檔”，創新一旦失敗，如果不能堅持，原來投入的資金就可能打“水漂”。總之，中小企業不敢貿然創新的一個重要原因，就是資金問題。“財大”才能“氣粗”。誰都明白“勝利往往在再堅持一下的努力之中”的道理，然而缺少了資金，往往會功虧一簣，正所謂“一分錢難倒英雄漢”。中小企業自身的“內源融資”是很有限的，捉襟見肘是常有的事情。中小企業的“外源融資”現在是道路“坎坷”。據統計，目前中小企業的貸款規模僅占銀行信貸總額的8%左右，這與中小企業創造的生產總值、工業增加值、出口創彙和為國家財政提供的收入等是極不對稱的。