金融審計程序是指審計人員從接受審計任務（項目）開始到結束的全部過程及其所采取的具體行動和步驟。研究金融審計程序，其根本目的在於提高工作效率，避免或減少工作中可能出現的疏漏和重複現象，使審計工作取得預期的效果。金融審計程序的內容按程序的先後，可劃分為準備階段、實施階段、終結階段和檔案整理階段，終結階段常常劃分為報告階段和處理階段。
一、審計準備階段
作為金融審計的第一階段，準備階段的主要工作內容是在實施審計操作之前，有計劃地根據審計任務的需要，按審計內容項目具體做好各項準備工作。
“良好的開端是成功的一半”，準備階段的工作是物質準備工作，是基礎性工作，工作的好壞直接關係整個審計監督工作的成效，不能草率從事，應該深入細致，考慮周密。金融審計人員應根據準備階段工作的內容和要求，從以下四個方麵入手，進行深入細致而又充分的準備。
（一）金融企業的業務特征
金融企業不同於一般的公司，它是有特殊經營範圍、特殊組織的企業，審計人員應充分關注金融企業的以下特征，並考慮其對財務會計報表的影響：
（1）存在大量的貨幣性項目，包括現金和可轉讓的票據，容易發生挪用和舞弊。所以，它應當建立健全嚴格的內部控製係統。
（2）業務繁雜，次數頻繁，金額巨大，這就必然需要複雜的會計係統和內部控製，以及普遍使用計算機信息係統和電子資金轉賬係統。
（3）分支機構眾多，經營網點分散，需要在職權上實行分權製和會計處理與控製職能的分散，這就難以保持統一的操作規程和會計係統。
（4）經常發生不涉及資金轉移的承諾事項，這種被稱做表外業務的項目，可能會不包含有會計分錄，因而對這類項目記錄的疏忽可能難以察覺。
（5）高負債經營，債權人眾多，與社會公眾利益密切相關，受到政府有關部門的嚴格監管和法規的嚴格約束，政策法規對金融業務和會計實務影響較大。
之所以對金融企業實施審計前需要特殊考慮，是因為：金融業務風險的特性；金融企業經營在短期內可能產生的重大風險；業務處理大量依賴計算機係統；會計製度和審計實務可能滯後於金融創新。因此，審計人員應當考慮影響金融業務的以上情況，以采取相應的審計對策。
（二）了解被審計金融企業的基本情況
審計人員在接受委托之前，應初步了解被審計金融企業的基本情況，具體內容包括：
（1）查閱上一年度的審計工作底額。
（2）查閱被審計單位業務經營資料，審計人員可通過已搜集的行業資料，閱讀金融審計和會計指南等獲得對被審計單位內部情況的了解。審計人員對被審計單位情況的了解可分為三個層次，一是了解被審計單位內部情況，如：組織機構、經營情況、財務狀況等；二是了解被審計單位在金融行業小環境的信息，如：市場供求與競爭、經營風險、行業狀況及發展趨勢、會計慣例等；三是了解經濟係統大環境的情況，如：利率和資金供求狀況，財政、稅務、貨幣體係、彙率及外彙管理等情況。
（3）詢問金融企業內部審計人員和管理當局。審計人員了解被審計單位情況的主要方法有：利用以往審計的資料與經驗；與被審計單位內部審計人員和管理人員討論；與銀行監管機構、信用評級機構及客戶等知情人討論；查閱與被審計單位相關資料；實地查看被審計單位的經營場所及設施；查閱被審計單位相關的會議記錄、以前年度的年度報告等文件；關注與被審計單位相關的各種媒體報道。
（三）組成審計組
金融審計具有政策性強、涉及麵廣的特點。因此，金融審計人員的組成應考慮的因素有：
（1）審計人員應充分掌握金融業務知識，適合從事金融業務審計。
（2）適當掌握金融企業應用的計算機信息係統知識和電子資金轉賬係統知識。
（3）審計人員與被審計單位之間不存在任何利害關係，即符合實質上的獨立條件，同時，在形式上，審計人員必須在第三者麵前呈現出一種獨立於被審計單位的身份，要他人看來審計人員是獨立的。
（4）初步評價審計風險，確定是否接受委托審計。
（四）確定方案與被審計單位簽訂審計業務約定書
一俟金融審計的資料準備和組織準備就緒，審計的方式、方案和與被審計單位簽訂審計業務約定書就應著手進行。
科學的適當的審計方式是順利完成審計任務，達到預定審計目標的必由途徑。在審計方式的確定中，必須考慮以下直接相關因素：審計期限長短和間隔，審計範圍的全麵程度或專項性質，審計的人員組成與組織形式，審核的空間劃分，審計的時間段落。審計方式的確定過程中，擇定標誌是多元的，各種方式可以適當組合，一經確定要相對穩定，但也不能絕對化，當審計對象、項目和時限變更時，應視需要與可能作出方式上的應變調整，總的來說應服從審計質量的保證和審計效率的提高這兩方麵基本要求。
製訂審計方案是準備階段的主要工作任務。審計方案是審計部門審計工作計劃的實施性文件，是具體的審計行動計劃。審計方案的主要內容應包括：被審計單位的名稱、地址、性質、審計目的、要求、範圍和重要部位，審計方式、方法和程序，審計人員配備、分工和職責，審計的日程安排以及其他有關注意事項。
審計方案確定後，就應簽訂審計業務約定書。審計業務約定書是指審計部門與被審計單位共同簽署的，以此確定雙方關係，明確審計目的、審計範圍及雙方應負責任與義務等事項的書麵合同。審計業務約定書的內容和格式，因審計業務和被審計單位不同而異，但一般應包括以下基本內容：簽約雙方名稱；審計目的；審計範圍；雙方的責任；雙方的義務；出具審計報告的時間要求；審計報告的使用責任；審計費用及支付方式；審計業務約定書的有效期間；違約責任；簽約時間；其他有關事項。
審計業務約定書經雙方簽章後，一份送交被審計單位，一份作為審計單位的審計工作底稿歸檔。
二、審計的實施階段
實施階段是按照審計業務約定書的要求，進行實際操作的過程。這是完成審計任務，實現審計目的的關鍵階段，隻有認真負責，深入細致地做好實施階段工作，才能對被審計單位作出客觀公正的審計意見書，作出實事求是的審計結果。
在審計實施階段要做好以下工作：
（一）聽取彙報和情況分析
審計組進駐被審計單位後，首先是聽取被審計單位的法人代表根據審計業務約定書中規定的範圍、內容、要求所作的自查彙報，有的是全麵彙報，有的是職能部門的專題彙報，在聽取彙報時，審計人員可針對有關問題進行質詢。然後，審計人員可對自查彙報材料，結合準備階段掌握的情況、數據事實資料，進行各種分析研究，從中發現異常情況和可疑事項。分析時，應盡可能地全麵客觀，切忌草率從事，過早地下結論，數據要核實驗算，事實要查證認定。要將監督核查與調查研究相結合，要善於發現新情況、新問題，更要在調查中掌握新動向，以便及時采取應變應急措施，防止抗拒審計甚至破壞審計的事件發生。
在進點聽取彙報過程中，應注意以下幾點：
（1）在進點前認真審查和分析所收集的資料，了解被審計單位的經營狀況；
（2）聽取彙報要有明確的目的，在彙報前可根據對被審計單位相關業務狀況的分析，擬定彙報提綱；
（3）審計組長要控製彙報的內容和時間，保證彙報不偏離本次審計的中心內容。
（二）測試和評價內部控製
由於金融企業交易數量巨大，過賬方式特殊，機構眾多，網點分散，以及廣泛使用計算機信息係統等特點，審計人員在很大程度上需要依賴銀行的內部控製係統而不能完全依賴聽取彙報。審計人員應當充分了解金融企業內部控製，並進行認真測試和評價，確定其可依賴程度，並據以確定實施階段中實質性測試的性質、時間和範圍。
1.內部控製測試的內容
對金融企業內部控製測試的主要內容有：
（1）組織結構：職責說明，包括明確的授權、決策程序和關鍵職能的分離。
（2）會計程序：對賬、控製清單、向管理層提供信息。
（3）平衡與製約（或稱雙人原則）：不同職責分離、交叉核對、資產雙重控製和雙人簽字。
（4）對資產和投資的保護：包括實物控製。
2.內部控製有效性的評價
根據金融企業內部控製內容和要達到的目標，對金融企業內部控製有效性的評價主要從以下幾個方麵進行：
（1）評價與交易和事項記錄有關的內部控製。審計人員在評價與交易和事項記錄有關的內部控製的有效性時，應當考慮以下重要因素：金融企業處理大量交易，資金數量較大，需要定期執行核算平衡和調節程序；許多交易不在資產負債表中列支，甚至不在會計報表附注中披露，金融企業需要采取控製程序保證這些交易以適當的方式被記錄和監控；金融企業不斷推出新的金融產品和服務，需要及時更新會計係統和相關的內部控製；對大多數交易的記錄必須便於金融企業內部、金融企業與客戶及交易對方核對等。