（2）檢查凡是對要求輸入計算機進行業務處理的會計業務事項，是否均有合法的會計憑證或者根據經業務主管人員蓋章的書麵通知辦理，是否存在輸入無憑證的數據及非法操作，以及憑電話或口頭通知進行輸入數據的情況，嚴防違法行為；檢查時應注意通知開銷戶、增減利息積數、調整利率、衝正錯賬、修改計息賬號等涉及修改賬戶信息的業務，是否經會計主管人員簽字蓋章後輸入機器進行處理。所有會計憑證是否堅持按時序記賬的原則輸入計算機。
（3）衝正存、貸款記賬串戶的憑證，應檢查原誤記賬戶和衝正賬戶是否對應相符，計息的存、貸款賬戶的串戶衝正，是否相應調整了計息積數，誤記賬戶的原因除看錯外是否還有別的原因。
（4）檢查單位存款賬戶開戶手續是否完備，符合要求，審計有無內外勾結非法利用外單位開設的存款賬戶進行索賄受賄等犯罪活動；審計有無利用賬戶套取現金、轉移或占有他人儲蓄的假賬戶。
（5）檢查業務處理的整體性，未經允許是否存在擅自修改數據和程序的現象，以防止信息破壞，防止操作失誤，保護磁存貯設備中的數據和程序，防止複製資料和非法輸入數據。
（四）操作運行的審計
（1）開機與日終處理檢查。每天營業前和營業後的日終處理，是計算機業務處理的主要內容。審計部門應安排既懂業務又懂操作的人，定期到各上機點檢查此類操作。檢查的內容應根據各處係統的情況而定，通過審計可防止舞弊行為和減少由誤操作而帶來的損失。
（2）操作運行合法性、準確性的檢查。業務操作無論舞弊和失誤，都必須與計算機操作密切相關，非法的操作勢必會引起事故的發生。為此應臨機檢查業務操作的合法性、準確性和有無非法更改文件。在這裏可以采用計算機對計算機審計的方法。利用運行中的應用程序，在修改分戶賬、總賬、計息賬號、利率、利息區分等信息的程序中加上複寫修改前後內容至某文件（審計文件）的功能。則在運行這些修改信息程序時，其修改前後內容就自動記錄至該審計文件中，這個文件就是審計檢查的依據。開發與原有程序進行比較的審計文件，它反映係統的整個運行過程。該文件可以將非正常業務和正常業務作業的異常結果編輯打印，並能自動記錄下人為修改賬務信息的經過和變化部分，以備檢查，還能自動審計作業運行過程中是否合法。在程序內編製使用係統資源的限製，以限製使用某程序、某設備的範圍，從而達到審計控製的目的。
（3）按照業務審計的目的和流程，編製特定的計算機審計程序，然後監察並記載計算機運行情況，檢查其安全薄弱環節。
（五）業務數據的審計
（1）檢查備份數據（分戶賬、日結單、日記表、總賬等）與機內儲存數據是否相符，機內各分戶賬軋平總餘額與總賬餘額是否相符。
（2）模擬計算機工作過程，用手工進行某天賬務處理，並將手處理結果與計算機處理的結果核對。
（3）在應用係統副本下運行業務數據。根據某月底或某結息日數據文件，然後利用每日軟盤備份上的流水賬（其各科目日結單與當天傳票數據核對，以證實是否相符），采用故障恢複手段，利用流水賬恢複分戶賬，重作日終處理。依此下去核對十天或月末各種數據（如餘額、積數）；並可與臨櫃機內數據核對。且可在審計部門微機上重新進行計息處理，然後抽查一些賬戶核對，從而有效地控製計算機犯罪。