此時的朝廷裏，分成帝黨與道子黨兩派，各路軍閥都是混戰一片，具體的有東江的王渝，荊州的殷仲堪，郗恢，豫州的瘐楷，京口的王恭，益州的毛璩，總之天下是一片大亂，各路軍閥都想殺入中央去做第二個桓溫。
398年，王恭起兵作亂，劉牢之率領北府精兵輕鬆滅掉王恭，從此徹底掌握北府軍的軍權，地方上還剩下桓玄，楊佺期，殷仲堪三位軍閥，中央與地方進入一個相對平靜的時期。
隻是朝中掌權的道子黨首領司馬元顯犯了一個大錯誤，他為了對抗地方的軍閥，決定擴軍，這個想法是沒有錯的，隻是他的行動方針就有待商榷了。他下令把三吳地區的地主家的佃家改為軍戶，軍戶是什麼，軍戶是隻要入了軍藉，你的子孫都要為皇家種地，大部分的產出還要交給國家，自己還吃不飽，這樣一來，地主不願意了，你把我的人抽走了誰幫我種地啊？佃戶們也不願意了，入了軍戶以後子孫都要成奴隸了，誰願意幹啊？故此三吳的人民果斷的揭竿起義了。
此時，劉裕霸業上的第一顆踏腳石出現了。
孫恩，其叔父為孫泰，孫家東漢末期起就世代為五鬥米教世家，孫泰在398年王恭之亂中造反，以為晉朝天下就要完了，他曾對侄兒子孫恩說，“侄兒啊，如今北府軍的首領王恭作亂，朝廷是氣數已盡啊，合該我孫家取得天下。”可惜，這家夥隻會些裝神弄鬼的本事，沒多久就為朝廷所殺，連同的還有他的六個兒子。孫恩逃出海外，孫家就剩下他一條根了，可見起義也不是什麼人都能做的。起碼也需要一定的專業知識。（注：《晉書·孫恩傳》）
孫恩在海上嘯聚了一幫水匪，合有幾千人，天天操練。司馬元顯犯了眾怒，惹得群情激憤，三吳百姓起義了，他一看大喜，好機會啊。
於是，在399年孫恩率眾從海上登陸，第一站是上虞縣，那些飽受征兵之苦的貧苦大眾一看救星來了，紛紛加入孫恩的隊伍，“天師，您就是我們全家的指路明燈啊，請允許我們全家都加入您的隊伍吧，我們也想做長生人。”孫恩起義後，他的隊伍就被稱為長生人。
有一次，一位七十多的老人，頭發花白，兩腳顫抖，後麵還有他的老婆和兩個小孫子，與其說是加入起義軍，不如說是找口吃的，可是孫恩毫不猶豫的答應了，其他人一看連七十多歲了快要進棺材的老家夥都要，那我還這麼年輕，天師肯定會要吧。
榜樣的力量是無窮的，或許那個老頭是孫恩找的群眾演員，可是孫恩的目的已經達到了，大量的人從四麵八方趕過來投奔他，勢力大增的孫恩接著就攻占了江南大郡會籍，司馬道子大怒。他本來爵封會籍王，會籍就是他的封地，這可是道子黨的根本之地啊。
攻占會籍時還出了個搞笑的事情。當時的會籍長官是也是個名人，他是“書聖”王羲之的次子，王獻之的哥哥，王凝之，他的妻子乃是謝玄之妹謝道韞。可是他王凝之卻是個書呆子，並且還是個不折不扣的五鬥米道徒，孫恩大軍壓境，他不思率軍抵抗，居然在道觀裏求神拜佛，做起法事來，可想而知，他的下場是如何淒慘。（注：《晉書·孫恩傳》）
攻下會籍郡後，孫恩的勢力猛增。會籍可是大郡，人口眾多，戶數在五萬戶以上。之後他的攻勢可以用勢不可擋來形容，一連攻下吳郡（注：今江蘇蘇州）、吳興（注：今浙江湖州）、義興（注：今江蘇宜興）、臨海（注：今浙江臨海）、永嘉（注：今浙江溫州）、東陽（注：今浙江金華）、新安（注：今浙江淳安）八個州郡。
這時候，朝廷反應過來了，派了名將謝琰來剿滅孫恩。謝氏家學淵源，兵法熟稔，一出手就連下義興，吳興兩地，斬了孫恩兩員大將。這時候已經是都督六州軍事的劉牢之看著眼熱，主動請纓上前線，不等帝國話事人也就是司馬元顯答應，他就進兵了。劉牢之的第一站是吳郡，而此時的吳郡太守是孫恩任命的陸瓌，派了幾千人在城外遊弋，做戰場覆蓋，掃除郡城周圍的偵察兵。
劉裕入了劉牢之門下後雖說做了參軍，可是實權卻不高，參軍，什麼叫參軍，就是參讚軍務，就是隻有建議權，沒有執行權的那種，再說他從軍以來還沒有遇見過親自打仗的機會，再加上這次劉牢之進兵三吳，根本就不是為了為國盡忠，而是為了發財來的，北府軍所過之處，人仰馬翻，掠財無數，劉裕也是貧苦人家出身，自然看不過眼，但以自己的身份又沒有在劉牢之麵前說話的資格，他就主動請纓到劉牢之的兒子劉敬宣手下做探路先鋒，也就是俗稱的探馬。一蹦子探出幾十裏，到了吳郡附近，後麵還有數千北府軍主力。